Mubarak byl zraněn při atentátu na prezidenta Sadata v říjnu 1981 vojáky vedenými poručíkem Khalidem Islamboulim. Po Sadatově smrti se Mubarak stal čtvrtým prezidentem Egypta.
Do pozastavení členství Libye v Lize arabských států na začátku libyjské občanské války byl Egypt jediným státem v historii této organizace, kterému bylo pozastaveno členství, a to kvůli mírové smlouvě prezidenta Sadata s Izraelem. V červnu 1982 se Mubarak setkal se saúdskoarabským králem Fahdem, což znamenalo počátek egyptsko-saúdského sbližování. Vzhledem k tomu, že Egypt je nejlidnatější arabskou zemí a Saúdská Arábie nejbohatší, představovala saúdskoegyptská osa v arabském světě mocnou sílu. Na summitu Ligy arabských států později v roce 1982 ve Fezu předložila Saúdská Arábie egyptský mírový plán, podle něhož by výměnou za to, že Izrael vyřeší izraelsko-palestinský konflikt povolením vzniku palestinského státu, uzavřel celý arabský svět mír s Izraelem.
Iránská islámská republika si od roku 1979 činila nárok být vůdcem islámského světa a zejména ajatolláh Chomejní vyzýval ke svržení vlád Iráku, Saúdské Arábie, Kuvajtu a dalších arabských států na jižním pobřeží Perského zálivu a označoval tyto státy za nelegitimní. Tvrzení ajatolláha Chomejního, že je právoplatným vůdcem islámského světa, a jeho pokusy exportovat íránskou revoluci tím, že bude pracovat na svržení vlád, které Chomejní považoval za neislámské, vyvolaly hluboké znepokojení a strach ve vládách, které byly cílem útoku, jako například v Iráku a Saúdské Arábii. Tváří v tvář íránské výzvě vzhlížely ostatní arabské státy k Egyptu jako ke spojenci. Pro saúdskoarabského krále Fahda a další vůdce arabských států Perského zálivu ustupoval izraelsko-palestinský konflikt do pozadí a hlavním zájmem byl odpor proti íránským nárokům na vůdce islámského světa, což znamenalo, že Egypt nemohl být ignorován.
Během íránsko-irácké války v letech 1980-1988 Egypt vojensky a ekonomicky podporoval Irák, přičemž v Iráku pracoval milion Egypťanů, kteří nahrazovali irácké muže sloužící na frontě. V prosinci 1983 Mubarak přivítal Jásira Arafata z OOP na summitu v Káhiře, což znamenalo sblížení s OOP, a od té doby se Egypt stal hlavním spojencem OOP. V roce 1985 způsobil únos letadla Achille Lauro velkou krizi ve vztazích, když americké letectvo donutilo letadlo společnosti EgyptAir s únosci Achille Lauro do Tuniska přistát v Itálii; jinak by bylo letadlo sestřeleno. Mubarak na tiskové konferenci 12. října 1985 prohlásil: „Jsem velmi zraněn. V důsledku tohoto incidentu nyní panuje chlad a napětí.“ Egypt byl ostatními arabskými státy ostrakizován za to, že v roce 1979 podepsal dohody z Camp Davidu, ale váha Egypta v arabském světě vedla k tomu, že do roku 1989 získal Egypt zpět své „ústřední místo v arabském světě“. V roce 1989 byl Egypt znovu přijat za plnoprávného člena Ligy arabských států a sídlo Ligy bylo přesunuto na původní místo v Káhiře.
Styl vládnutí
V průběhu 80. let Mubarak zvýšil výrobu cenově dostupného bydlení, oblečení, nábytku a léků. V době, kdy se stal prezidentem, byl Mubarak jedním z mála egyptských představitelů, kteří odmítli navštívit Izrael a slíbili, že budou k normalizaci vztahů s izraelskou vládou přistupovat s menším nadšením. Za Mubaraka izraelští novináři často psali o „studeném míru“ s Egyptem a konstatovali, že izraelsko-egyptské vztahy jsou přinejlepším mrazivé. Mubarak rychle popíral, že by jeho politika vedla v budoucnu k potížím v egyptsko-izraelských vztazích.
Izraelský historik major Efraim Karsh v roce 2006 napsal, že v Egyptě „…v nesčetných článcích, vědeckých pracích, knihách, karikaturách, veřejných prohlášeních a rozhlasových a televizních pořadech jsou Židé vykreslováni v těch nejčernějších barvách, jaké si lze představit“. Karsh obvinil Mubaraka z osobního antisemitismu a napsal, že „zřejmě sdílí premisy“ jeho propagandy.
Silná závislost Egypta na americké pomoci a naděje na americký tlak na Izrael v zájmu palestinského urovnání pokračovaly i za Mubaraka. V tichosti zlepšil vztahy s bývalým Sovětským svazem. V roce 1987 Mubarak vyhrál volby na druhé šestileté funkční období.
V prvních letech své vlády Mubarak rozšířil Egyptskou státní bezpečnostní vyšetřovací službu (Mabahith Amn ad-Dawla) a Ústřední bezpečnostní síly (jednotky pro boj proti nepokojům a zadržování osob). Podle Tareka Osmana mu zkušenost, že viděl svého předchůdce zavražděného „přímo před očima“, a jeho dlouhá vojenská kariéra – která byla delší než u Násira nebo Sadata – možná vštípily větší soustředění a pohlcení bezpečností, než se zdálo u posledních hlav státu. Mubarak nehledal rady a důvěru u předních ministrů, vyšších poradců nebo předních intelektuálů, ale u svých bezpečnostních šéfů – „ministrů vnitra, armádních velitelů a šéfů mimořádně vlivných zpravodajských služeb“. Po celá 80., 90. a 2000. léta bylo porušování lidských práv ze strany bezpečnostních služeb v Egyptě Amnesty International označováno za „systematické“. V roce 2007 Amnesty International uvedla, že egyptská policie se běžně dopouštěla „bití, elektrických šoků, dlouhodobého věšení za zápěstí a kotníky ve zkroucených polohách, vyhrožování smrtí a sexuálního zneužívání“. Stát zůstal za Mubaraka rozsáhlý, zaměstnával 8 milionů lidí ze 75 milionů obyvatel.
Pro své postoje proti islámskému fundamentalismu a diplomacii vůči Izraeli byl Mubarak terčem opakovaných pokusů o atentát. Podle BBC Mubarak přežil šest pokusů o atentát. V červnu 1995 došlo k údajnému pokusu o atentát s použitím jedovatých plynů a egyptského islámského džihádu, když byl Mubarak v Etiopii na konferenci Organizace africké jednoty. V září 1999 byl údajně také zraněn útočníkem s nožem v Port Saidu.
Válka v Zálivu v roce 1991
Egypt byl členem spojenecké koalice během války v Zálivu v roce 1991; egyptská pěchota se jako jedna z prvních vylodila v Saúdské Arábii, aby odstranila irácké jednotky z Kuvajtu. Účast Egypta ve válce upevnila jeho ústřední roli v arabském světě a přinesla egyptské vládě finanční výhody. Ve zpravodajských médiích byly zveřejněny zprávy o odpuštění dluhů v hodnotě až 20 miliard USD. Podle časopisu The Economist:
Program fungoval jako kouzlo: učebnicový případ, tvrdí . Ve skutečnosti stálo štěstí na straně Husního Mubaraka; když USA lovily vojenskou alianci, která by vytlačila Irák z Kuvajtu, egyptský prezident se bez váhání připojil. Po válce mu bylo odměnou, že Amerika, arabské státy Perského zálivu a Evropa odpustily Egyptu dluh ve výši zhruba 20 miliard dolarů.
Stanovisko k invazi do Iráku v roce 2003
Prezident Mubarak se vyslovil proti invazi do Iráku v roce 2003 s tím, že nejprve měl být vyřešen izraelsko-palestinský konflikt. Řekl také, že válka by způsobila „100 Bin Ládinů“. Jako prezident však nepodpořil okamžité stažení USA z Iráku, protože se domníval, že by to pravděpodobně vedlo k chaosu.
Volby v roce 2005
Prezident Mubarak byl čtyřikrát po sobě zvolen většinou hlasů v referendu na další funkční období v letech 1987, 1993 a 1999. Pokaždé si Mubarak zajistil svou pozici tím, že se nechal nominovat parlamentem a poté potvrdit bez odporu v referendu.
Volby v září 2005 byly volbami s více kandidáty, nikoliv referendem, ale volební instituce a bezpečnostní aparát zůstaly pod kontrolou prezidenta. Dne 28. července 2005 oznámil Mubarak svou kandidaturu. Volby byly naplánovány na 7. září 2005; podle občanských organizací, které volby pozorovaly, byly poznamenány masovými falšovatelskými aktivitami. V rámci kroku, který byl všeobecně vnímán jako politická perzekuce, byl Ajmán Núr, disident a kandidát strany El-Ghad („Strana zítřka“), 24. prosince 2005 odsouzen za padělání dokumentů k pěti letům nucených prací.
Korupce ve státní správě během Mubarakova prezidentství
V době, kdy byl Mubarak ve funkci, dramaticky vzrostla politická korupce na ministerstvu vnitra. Politické osobnosti a mladí aktivisté byli vězněni bez soudu. Byla zřízena nelegální, nedokumentovaná a skrytá vazební zařízení a kvůli politickým názorům byli odmítnuti zaměstnanci univerzit, mešit a novin.
V roce 2005 nevládní organizace Freedom House, která se zabývá výzkumem demokracie, uvedla, že egyptská vláda za Mubaraka rozšířila byrokratické předpisy, registrační požadavky a další kontroly, které často živí korupci. Freedom House uvedla, že „korupce zůstala významným problémem i za Mubaraka, který sliboval, že udělá mnoho, ale ve skutečnosti nikdy neudělal nic významného, aby ji účinně řešil“.
V roce 2010 hodnotila zpráva Transparency International o indexu vnímání korupce Egypt skóre CPI 3,1 na základě vnímání míry korupce ze strany podnikatelů a analytiků země, přičemž 10 znamená velmi čistý a 0 velmi zkorumpovaný. Egypt se umístil na 98. místě ze 178 zemí zahrnutých do zprávy.
Majetek a obvinění z osobní korupce
V únoru 2011 ABC News uvedla, že podle odborníků se osobní majetek Mubaraka a jeho rodiny pohybuje mezi 40 a 70 miliardami USD z vojenských zakázek uzavřených v době, kdy byl důstojníkem letectva. Deník Guardian uvedl, že Mubarak a jeho rodina mohou mít majetek v hodnotě až 70 miliard USD získaný z korupce, úplatků a legálních obchodních aktivit. Peníze byly údajně rozptýleny na různých bankovních účtech, včetně některých ve Švýcarsku a Velké Británii, a investovány do zahraničních nemovitostí. Deník uvedl, že některé informace o majetku rodiny mohou být deset let staré. Podle Newsweeku jsou tato tvrzení nedostatečně podložená a nevěrohodná.
Švýcarská vláda 12. února 2011 oznámila, že zmrazuje švýcarské bankovní účty Mubaraka a jeho rodiny. Dne 20. února 2011 egyptský generální prokurátor nařídil zmrazení Mubarakova majetku a majetku jeho manželky Suzanne, jeho synů Alaa a Gamal Mubarakových a jeho snach Heidi Rasekh a Khadigy Gamal. Generální prokurátor rovněž nařídil egyptskému ministru zahraničí, aby o tom informoval další země, kde by Mubarak a jeho rodina mohli mít majetek. Tento příkaz přišel dva dny poté, co egyptské noviny informovaly, že Mubarak podal své finanční prohlášení. Egyptské předpisy nařizují vládním úředníkům předkládat finanční výkaz, v němž je uveden jejich majetek a zdroje příjmů při výkonu vládní práce. Dne 21. února 2011 egyptská vojenská rada, které byly po revoluci z 25. ledna 2011 dočasně svěřeny prezidentské pravomoci, uvedla, že nemá námitky proti soudnímu procesu s Mubarakem na základě obvinění z korupce.
Dne 23. února 2011 egyptské noviny Eldostor uvedly, že „dobře informovaný zdroj“ označil příkaz generálního prokurátora zmrazit Mubarakův majetek a hrozbu soudního řízení za nic jiného než signál pro Mubaraka, aby opustil Egypt poté, co byla učiněna řada pokusů přimět ho k dobrovolnému odchodu. V únoru 2011 Hlas Ameriky informoval, že nejvyšší egyptský státní zástupce nařídil zákaz cestování a zmrazení majetku Mubaraka a jeho rodiny, protože zvažuje další kroky. Dne 21. května 2014 odsoudil káhirský soud Mubaraka a jeho syny za zpronevěru ekvivalentu 17,6 milionu USD ze státních prostředků, které byly určeny na renovaci a údržbu prezidentských paláců, ale místo toho byly odkloněny na modernizaci soukromých rodinných domů. Soud nařídil vrácení 17,6 milionu USD, uložil trojici pokutu 2,9 milionu USD a odsoudil Mubaraka na tři roky vězení a každého z jeho synů na čtyři roky.
Prezidentské nástupnictví
V roce 2009 velvyslankyně USA Margaret Scobeyová uvedla, že „navzdory neustálým šeptandám nikdo v Egyptě nemá jistotu, kdo nakonec Mubaraka nahradí ani za jakých okolností“. Uvedla, že nejpravděpodobnějším nástupcem je prezidentův syn Gamál Mubarak; někteří se domnívali, že by o funkci mohl usilovat šéf zpravodajské služby Omar Sulejman nebo by mohl kandidovat generální tajemník Ligy arabských států Amr Músá. Prezident Mubarak a jeho syn to popřeli; uvedli, že „volební systém s více kandidáty zavedený v roce 2005 zprůhlednil politický proces“. Novinář listu Nigerian Tribune Abiodun Awolaja označil případné nástupnictví Gamála Mubaraka za „dědičnou pseudomonarchii“.
Národní demokratická strana Egypta nadále prohlašovala, že Hosni Mubarak měl být jediným kandidátem strany v prezidentských volbách v roce 2011. Mubarak 1. února 2011 prohlásil, že nemá v úmyslu kandidovat v prezidentských volbách v roce 2011. Když toto prohlášení nezmírnilo protesty, Mubarakův viceprezident prohlásil, že Gamal Mubarak nebude kandidovat na prezidenta. S eskalací demonstrací a Mubarakovým pádem Hamdy El-Sayed, bývalý vlivný představitel Národní demokratické strany, prohlásil, že Gamal Mubarak má v úmyslu uzurpovat si prezidentský úřad za asistence tehdejšího ministra vnitra Habiba El-Adlyho.
Izraelsko-palestinský konflikt
Během svého prezidentství Mubarak podpořil smlouvu z Camp Davidu, kterou v roce 1978 podepsaly USA a Izrael. Mubarak také příležitostně hostil setkání týkající se izraelsko-palestinského konfliktu a několikrát se pokusil sloužit jako prostředník mezi nimi. Mubarak se obával, že mu rabín Menachem M. Schneerson v této otázce nedůvěřuje, a zvažoval setkání s ním v New Yorku.
V říjnu 2000 uspořádal Mubarak v Šarm aš-Šajchu mimořádný summit, na němž se jednalo o izraelsko-palestinském konfliktu. Zúčastnili se ho mj:
Mubarak se angažoval v Lize arabských států a podporoval arabské snahy o dosažení trvalého míru v regionu. Na summitu v Bejrútu 28. března 2002 přijala liga Arabskou mírovou iniciativu, Saúdy inspirovaný plán na ukončení arabsko-izraelského konfliktu.
V roce 2006 Mubarak odsoudil izraelský vojenský útok v Libanonu, ale také nepřímo kritizoval Hizballáh za poškozování arabských zájmů.
V červnu 2007 se Mubarak setkal na summitu v Šarm aš-Šajchu s jordánským králem Abdalláhem II. a prezidentem Mahmúdem Abbásem a premiérem Ehudem Olmertem. Dne 19. června 2008 vstoupilo v platnost Egyptem zprostředkované přerušení nepřátelských akcí mezi Izraelem a Hamásem. Podle deníku The New York Times ani jedna strana plně nedodržovala podmínky příměří.
Dohoda vyžadovala, aby Hamás ukončil raketové útoky na Izrael a prosazoval příměří na celém území Gazy. Výměnou za to Hamás očekával ukončení blokády, obnovení obchodu v Gaze a obnovení dodávek kamionů na úroveň roku 2005. Izrael spojil zmírnění blokády s omezením raketové palby a postupně znovu otevřel zásobovací trasy a povolil vjezd přibližně 90 nákladních automobilů denně do Gazy. Hamás kritizoval Izrael za pokračující blokádu, zatímco Izrael obviňoval Hamás z pokračujícího pašování zbraní přes tunely do Egypta a poukazoval na pokračující raketové útoky.
V roce 2009 Mubarakova vláda zakázala Káhirskou protiválečnou konferenci, která kritizovala jeho nedostatečné kroky proti Izraeli.
.
