Efter at have taget sin eksamen fra Notre Dame i 1978 begyndte Weis sin trænerkarriere på Boonton High School i New Jersey. Han tilbragte de næste fem sæsoner på Morristown High School i New Jersey som football-assistent, hvor han udviklede spillere som Michael Landsberg. I 1985 blev han ansat af cheftræner Joe Morrison på University of South Carolina, hvor han fik sin kandidatgrad i pædagogik, mens han arbejdede som graduate assistant position coach og assisterende rekrutteringskoordinator. Han var i fire sæsoner ansat i Gamecocks stab, indtil Morrison døde i 1989. Han vendte derefter tilbage til New Jersey som cheftræner på Franklin High School og dirigerede Franklin Township til statsmesterskabet i New Jersey, mens han også assisterede i New York Giants’ professionelle personaleafdeling.
Tidlige årRediger
Weis indledte sin professionelle trænerkarriere i 1990, da han blev udnævnt til offensiv assistent og assisterende special teams træner under Giants’ cheftræner Bill Parcells. Giants vandt Super Bowl XXV i slutningen af den sæson, da de slog Buffalo Bills med 20-19.
Efter at Ray Handley overtog posten som cheftræner i 1991, blev Weis ved som running back coach i to sæsoner. I 1991 hjalp han med at lede 2nd year running back Rodney Hampton til 1.059 yards og 10 touchdowns på jorden. Giants sluttede på 6. pladsen i rushing yards og 7. pladsen i rushing touchdowns i NFL. Året efter udnyttede Weis både Hampton (1.141 yards og 14 touchdowns) og Jarrod Bunch (501 yards og 3 touchdowns) til at danne en potent running back-kombination. Giants sluttede på 6. pladsen i rushing yards og 2. pladsen i rushing touchdowns i NFL.
Efter det begyndte han et fireårigt ophold hos New England Patriots. I de første to år (1993-1994) fungerede Weis som tight end coach. I 1995 ville han skifte til running back coach og sluttede 1996 som wide receiver coach. I 1993 hjalp han Ben Coates med at bryde igennem med 659 yards og 8 touchdowns. Marv Cook viste sig også at være en pålidelig blocker. I 1994 havde Coates en af de bedste sæsoner for en tight end nogensinde med 96 catches, 1174 yards og 7 touchdowns. I 1995 var Weis med til at gøre rookie Curtis Martins år til en Pro Bowl-sæson med 1487 yards og 14 touchdowns på jorden. Dave Meggett og Sam Gash viste sig også at være pålidelige receivers ud af backfield med tilsammen 78 catches. Terry Glenn brød ud med 90 catches for 1.132 yards og 6 touchdowns. Weis hjalp også wide receiver Shawn Jefferson med at lave 771 yards og 4 touchdowns sammen med at udvikle Troy Brown til en solid rollespiller med 21 catches for 222 yards.
I 1997 blev Weis offensiv koordinator for Jets, ud over opgaverne som holdets primære receivers coach. I sit andet år som offensiv koordinator sluttede Jets på fjerdepladsen i National Football League i offensiven. Weis var holdets offensive koordinator fra 1997 til 1999.
New England PatriotsRediger
Weis vendte tilbage til New England Patriots efter Parcells’ annoncerede pensionering efter 1999-sæsonen. Han fungerede som offensiv koordinator under cheftræner Bill Belichick fra 2000 til 2004, hvor han installerede Erhardt-Perkins’ offensive system og hjalp Patriots med at vinde tre Super Bowl-sejre (XXXVI, XXXVIII, XXXIX).
Notre DameRediger
Den 30. november 2004, efter at have afsluttet sin fodboldsæson med en 6-5-rekord, fyrede Notre Dame cheftræner Tyrone Willingham. Efter at førstevalget Urban Meyer havde accepteret cheftrænerstillingen på University of Florida, ansatte Notre Dame Weis den 12. december 2004 som den 28. fodboldtræner i skolens historie med en seksårig kontrakt til en anslået værdi af 2 millioner dollars om året. Han var den første Notre Dame-uddannede til at bestride stillingen siden Hugh Devore (en 1934-uddannet) fungerede som midlertidig træner i 1945 og 1963, og den første alumne til at fungere som irsk fodboldtræner på et fuldgyldigt grundlag siden Joe Kuharich (en 1938 Notre Dame-uddannet), der trænede i South Bend fra 1959 til 1962.
2005
I sin første sæson som cheftræner for Fighting Irish blev Weis bredt citeret for at have fortalt sit hold, at de ville have en “decideret skematisk fordel” mod deres modstandere, tilsyneladende i den tro, at hans skemaer og strategier udviklet i NFL var overlegne i forhold til de skemaer, der blev kørt af andre collegetrænere. Faktisk blev holdets spil, især af junior quarterback Brady Quinn og junior wide receiver Jeff Samardzija, forbedret betydeligt. Samardzija, der tidligere var en lidt brugt wide receiver, blev Quinns foretrukne mål og en hyppig spiller, og han satte skolerekorder for flest modtagelser af touchdowns i en sæson (15), flest modtagne yards i en sæson (1 249) og flest kampe i træk med modtagelser af touchdowns (8), efter at han ikke havde modtaget nogen touchdowns i sine to foregående år i Notre Dame. Notre Dame tabte til Michigan State i et dramatisk nederlag i overtid. Weis blev citeret for at sige, at de aldrig mere ville tabe til Michigan State under hans ledelse. Han gik 2-3 mod Spartanerne i løbet af sin karriere.
Med en rekord på 9-2 sluttede hans hold den regulære sæson på sjettepladsen i Bowl Championship Series (BCS), hvilket gav dem en plads i 2006 Fiesta Bowl i Tempe, Arizona, den 2. januar 2006, som de tabte til Ohio State Buckeyes med en score på 34-20. The Irish sluttede på niendepladsen i den endelige AP Poll og på ellevtepladsen i Coaches Poll. Hans holds succes på banen var med til at gøre Weis til vinder af 2005 Eddie Robinson Coach of the Year Award, udvalgt af Football Writers Association of America.
Den 29. oktober 2005, knap halvvejs gennem det første år af en seksårig kontrakt, og med en 5-2 rekord, underskrev Weis en kontraktforlængelse med Notre Dame. Den nye 10-årige aftale, som begyndte med 2006-sæsonen, og som skulle have en værdi af 30-40 millioner dollars, ville holde Weis i Notre Dame indtil 2015.
2006
I løbet af 2006-sæsonen førte Weis Fighting Irish til et 10-2 resultat i den regulære sæson og en anden BCS-plads i træk, denne gang tabte de 41-14 i Sugar Bowl til LSU Tigers. Dette nederlag var det andet bowl-nederlag i træk under Weis og det niende bowl-nederlag i træk for irerne. Irerne sluttede som nr. 17 i den endelige AP poll og som nr. 19 i den endelige Coaches’ Poll. Selv om denne sæson kunne betragtes som en skuffelse på baggrund af Notre Dames placering som nr. 2 før sæsonen, førte Weis irerne til deres anden sæson i træk med ni sejre eller mere, hvilket ikke er sket siden 1992- og 1993-sæsonerne under Lou Holtz. Også for andet år i træk sammensatte Weis en top 10 rekrutteringsklasse, herunder årets nationale spiller Jimmy Clausen.
2007
I 2007-sæsonen gik Notre Dame 3-9, hvor de eneste sejre kom mod UCLA, Duke og Stanford. Deres nederlag til Navy den 3. november knækkede en NCAA-rekord på 43 sejre over Midshipmen, der går tilbage til Roger Staubachs Heisman Trophy-vindende periode på Naval Academy, hvor han vandt Heisman Trophy. Holdet lå tæt på bunden af Division I FBS i både rushing yards pr. kamp og total yards pr. kamp. Ud over at ligge tredjesidst i antal scoringer pr. kamp blev holdet lukket ud to gange på vejen til sin første sæson med ni nederlag nogensinde. Weis tilskrev holdets nedtur sine egne fejltagelser, herunder hans manglende evne til at bruge træning i fuld hastighed og til at udvikle sine spillere ordentligt, hans installation af to separate offensive systemer, et for hver potentiel startende quarterback, samt at stjernequarterbacken Brady Quinn gik ud af holdet. På trods af den dårlige sæson, som var Notre Dames dårligste nogensinde (efter tab), lykkedes det Weis alligevel at rekruttere en af de bedste rekrutteringsklasser i landet.
2008
I 2008 startede irerne 4-1, men afsluttede den regulære sæson med et 6-6 resultat, herunder et 24-23 nederlag til Syracuse, hvilket var første gang, at Notre Dame var faldet til et hold med otte nederlag. De tilsammen 15 tab fra 2007 til 2008 markerer de fleste tab for en toårig periode. Trods spekulationer om, at universitetet måske ville fyre Weis, blev det kort efter afslutningen af den regulære sæson meddelt, at han ville forblive cheftræner i 2009. Weis’ Notre Dame-mandskab sluttede sæsonen på en positiv måde ved endelig at bryde irernes NCAA-rekord på ni tabte bowls i ni kampe ved at slå Hawaii med 49-21. I den proces scorede Notre Dame sit højeste pointtal i sæsonen, sit højeste pointtal nogensinde i en bowlkamp og slog 8 andre bowlrekorder. Bowlsejren hjalp også Notre Dame til at opnå et slutresultat på 7-6, hvilket var den 102. vindende sæson i 120 års football og Weis’ tredje på fire år. Notre Dame sluttede året med en top 15 rekrutteringsklasse, herunder underskrivelse af den bedste forsvarsspiller i nationen.
2009
The Fighting Irish sluttede den regulære sæson 2009 med et 6-6 resultat. En dårlig rekord for sæsonen ud over de høje forventninger til holdet i forsæsonen, herunder en preseason top 25 placering, forårsagede udbredte spekulationer om, at Notre Dame ville fyre Weis. Weis blev fyret den 30. november 2009. Han blev efterfulgt af Brian Kelly.
Kansas City ChiefsRediger
Weis blev udnævnt til offensiv koordinator for Kansas City Chiefs for 2010. I Weis’ første år forbedrede Chiefs sig fra en rekord på 4-12 til 10-6 og vendte tilbage til slutspillet efter at have vundet AFC West Divisionen. Med Weis som offensiv koordinator havde Chiefs NFL’s bedste rushing attack med et gennemsnit på imponerende 165 yards pr. kamp på jorden. Offensivt lå Chiefs på 9. pladsen i total offensiv, 11. pladsen i point pr. kamp og 1. pladsen i rushing, men 28. pladsen i passing. Chiefs sendte dog også fire spillere i angrebet (WR Dwayne Bowe, RB Jamaal Charles, QB Matt Cassel og OG Brian Waters) til Pro Bowl. Cassel, Bowe og Charles kom for første gang nogensinde med i Pro Bowl. Weis er også blevet krediteret for forbedringen af Cassel, der havde et karriereår, hvor han kastede 27 touchdowns og kun 5 interceptions i 14 kampe.
FloridaEdit
Den 31. december 2010 rapporterede ESPN, at Weis var målrettet af Florida Gators til at blive den næste offensive koordinator under den nye cheftræner Will Muschamp. Den 2. januar 2011 meddelte Chiefs-træner Todd Haley, at Weis rent faktisk ville forlade stillingen som offensivkoordinator i Florida med virkning fra slutningen af sæsonen. Weis’ embedsperiode blev bredt kritiseret, efter at holdet sluttede på en 102. plads på landsplan med kun 334,17 yards pr. kamp.
KansasRediger
Den 8. december 2011 blev Weis udnævnt til hovedfodboldtræner for University of Kansas som erstatning for Turner Gill. Han erklærede i første omgang, at han ikke ville blive længere end varigheden af sin femårige kontrakt, som ville være udløbet i 2016, men skolens embedsmænd overtalte ham til at overveje et længere ophold. Hans 2012-hold kæmpede sig til en 1-11-rekord i det, der blev betegnet som et genopbygningsår. Weis’ 2013-hold viste tegn på forbedring. Selv om de kun opnåede en 3-9-rekord, afsluttede Weis’ Jayhawks en 27-spilters nederlagsstime i Big 12 Conference med en 31-19 hjemmesejr over West Virginia i november 2013. Weis blev fyret den 28. september 2014, fire kampe inde i sæsonen. Skolens ledere mente ikke, at Jayhawks havde gjort nok fremskridt på banen i løbet af Weis’ embedsperiode. Ifølge ESPN var de også bekymrede over faldende tilskuertal. Trods opfordringer fra Weis kom der kun 36.900 mennesker til det, der skulle blive hans sidste kamp i Lawrence, mod Texas.
