Komplementeringstest
I nogle tilfælde observeres der flere mutationer af en enkelt vildtypefænotype. Det relevante genetiske spørgsmål, der skal stilles, er, om nogen af mutationerne er i et enkelt gen, eller om hver enkelt mutation repræsenterer et af de flere gener, der er nødvendige for, at en fænotype kommer til udtryk. Den enkleste test, der gør det muligt at skelne mellem de to muligheder, er komplementationstesten. Testen er enkel at udføre — to mutanter krydses, og F1-produktet analyseres. Hvis F1’eren udtrykker wild type-fænotypen, konkluderer vi, at hver mutation er i et af de to mulige gener, der er nødvendige for wild type-fænotypen. Når det genetisk er påvist, at to (eller flere) gener kontrollerer en fænotype, siges det, at generne udgør en komplementationsgruppe. Alternativt, hvis F1 ikke udtrykker vildtypefænotypen, men snarere en mutantfænotype, konkluderer vi, at begge mutationer forekommer i det samme gen.
Disse to resultater kan forklares ved at overveje genernes betydning for den fænotypiske funktion. Hvis to separate gener er involveret, vil hver mutant have en læsion i det ene gen, mens den bevarer en vildtypekopi af det andet gen. Når F1-produktet produceres, vil det udtrykke den mutante allel af gen A og den vildtypeallel af gen B (hver især bidraget af en af de mutante forældre). F1 vil også udtrykke vildtypeallelen for gen A og mutantallelen for gen B (som den anden mutantforælder har bidraget med). Fordi F1 udtrykker begge de nødvendige wild type-alleler, observeres wild type-fænototypen.
Omvendt vil hver homolog, hvis mutationerne er i det samme gen, udtrykke en muteret version af genet i F1. Uden et normalt fungerende genprodukt i individet opstår der en mutantfænotype.
Øjenfarve hos Drosphila er en god model til at demonstrere komplementationstesten. Der er blevet undersøgt en bred vifte af spontane mutationer. Disse forsøg viste, at fem gener (hvid, rubinrød, vermillion, granat og nellike), der kontrollerer øjenfarven, befinder sig inden for 60 cM af hinanden på X-kromosomet. Den dominerende wild type allel for hvert gen giver de dybrøde øjne. Mutantallelerne giver en anden farve. Hvis mutanter fra et af disse fem gener krydses, vil F1-produktet udtrykke dyb rød øjenfarve (wild type-fænotype).
Fem forskellige alleler (buff, coral, abrikos, hvid og kirsebær) er også kendt for det hvide gen, som hver især repræsenterer en mutation på en anden position i genet. Hvis muterede fluer for en af de fem hvide alleler krydses, vil F1-afkommet have en muteret øjenfarve. Derfor supplerer to gener, der er involveret i udtrykket af en fænotype, hinanden. Men komplementering mellem to alleler af det samme gen forekommer ikke.