Mange egyptiske guder og gudinder startede et sted og havde gennem hele deres historie deres egen by, hvor de blev tilbedt, og mange store byer er kendt som deres gud eller gudindes hjemby. Der er imidlertid ikke fundet nogen lokale byer, hvor Isis blev tilbedt; gennem hele hendes tidlige historie er der ingen kendte templer til hende. Tilbedelse af Isis begyndte ikke før så sent som i det 30. dynasti; indtil da blev Isis tilbedt i templer for andre guder eller gudinder. Men selv i det 30. dynasti blev Isis tilbedt sammen med Horus og Osiris. Templer til Isis blev almindelige i den romerske tid. Der blev bygget et tempel til hende i Philae.
På dette tidspunkt begyndte templer til Isis at sprede sig uden for Egypten. Mange steder overtog hendes tilhængere tilbedelsen af den semitiske gudinde Astarte, på grund af navnesammenfaldet. I den hellenistiske æra blev hun også den gudinde, der beskyttede sømænd.
I alle dele af den græsk-romerske verden blev Isis en af de vigtigste figurer i “mysteriereligionerne”, og mange klassiske forfattere skrev undertiden om hendes templer og tilhængere. Der blev bygget templer til Isis i Irak, Grækenland, Rom og endda så langt mod nord som England, hvor resterne af et tempel blev fundet ved Hadrians Mur. I Philae blev hun tilbedt indtil det 6. århundrede, efter kristendommens fremkomst. Det siges normalt, at hendes templer faldt, hvilket markerer afslutningen på det gamle Egypten.
