John Donne blev født som søn af en velhavende jernhandler i London (også kaldet John Donne) i 1572. Donne-familien var katolske, og den unge John blev opdraget af jesuitter. Hans far døde, da han var ung, og han blev opdraget af sin mor, Elizabeth.
I en alder af 11 år gik John Donne på Hart Hall på Oxford University, hvor han studerede i tre år og derefter fortsatte han til Cambridge University i yderligere tre år. Donne tog ikke en eksamen på nogen af universiteterne, fordi han som katolik ikke kunne aflægge den krævede ed om overherredømmet ved eksamen.
Efter Cambridge studerede Donne jura på Lincoln’s Inn i London. Hans tro blev alvorligt rystet, da hans yngre bror Henry døde i fængslet, hvor han var blevet sendt hen for at have givet husly til en katolsk præst. Donnes første litterære værk, Satires, blev skrevet i denne periode. Det blev efterfulgt af Songs and Sonnets. en samling af kærlighedsdigte, der havde betydelig succes gennem privat cirkulation.
Donne fik en komfortabel arv, som han fortsatte med at bruge på en ødsel måde på “vin, kvinder og sang”. Han deltog i jarlen af Essex’ angreb på Cadiz i 1596 og i en ekspedition til Azorerne det følgende år.
Når han vendte tilbage, blev Donne privatsekretær hos Sir Thomas Egerton, Lord Keeper of the Great Seal. Hans chancer for karrierefremgang blev ødelagt, da han i hemmelighed giftede sig med Anne More, datter af sir George More. Annes rasende far fik Donne smidt i Fleet-fængslet i flere uger, og Egerton afskedigede ham fra sin stilling.
Donnes ægteskab var et lykkeligt ægteskab, trods konstante økonomiske bekymringer. Med typisk skarp humor beskrev Donne sit liv med Anne som “John Donne, Anne Donne, Undone”. Endelig, i 1609, blev George More overtalt til at give efter og betale sin datters medgift. I mellemtiden arbejdede Donne som advokat og udgav Divine Poems (1607).
Donnes endelige brud med sin katolske fortid kom med udgivelsen af Pseudo-Martyr (1610) og Ignatius his Conclave. Disse værker vandt ham kong James’ gunst, som pressede ham til at tage anglikanske ordener. Donne indvilligede modvilligt, og i 1615 blev han udnævnt til kongelig kapellan, og året efter fik han stillingen som lektor i guddommelighed ved Lincoln’s Inn. Her blev Donne med sin skarpe vid og lærdom en af sin tids populære prædikanter.
Så døde Anne Donne i 1617 under fødslen af parrets 12. barn. Hendes død påvirkede Donne meget, selvom han fortsatte med at skrive, bl.a. Holy Sonnets (1618).
I 1621 blev Donne udnævnt til dekan af St. Paul’s, en stilling, som han havde resten af sit liv. I sine sidste år afspejler Donnes digte en besættelse af sin egen død, som indtraf den 31. marts 1631.
John Donne huskes for sin vid og poetiske poesi, selv om han i sin egen tid var lige så kendt for sine hypnotiserende prædikener og sin prædikestil.
Som en sidebemærkning var Donnes mindesmærke i St. Paul’s Cathedral det eneste, der overlevede den store brand, der ødelagde den gamle katedral i 1666. Det kan i dag ses i den nye St. Paul’s.