Kabuki-za blev oprindeligt åbnet af en journalist fra Meiji-æraen, Fukuchi Gen’ichirō. Fukuchi skrev kabuki-dramaer, som Ichikawa Danjūrō IX og andre spillede hovedrollen i. Ved Danjūrōs død i 1903 trak Fukuchi sig tilbage fra ledelsen af teatret. Teatret drives nu af Shochiku Corporation, som overtog det i 1914.
Den oprindelige Kabuki-za var en træbygning, der blev bygget i 1889 på en grund, som enten havde været Hosokawa-klanens i Kumamoto i Tokyo eller Matsudaira-klanens i Izu i Tokyo.
Bygningen blev ødelagt den 30. oktober 1921 ved en elektrisk brand. Genopbygningen, som blev påbegyndt i 1922, blev designet til at “være brandsikker, men alligevel bære traditionel japansk arkitektonisk stil”, samtidig med at der blev anvendt vestlige byggematerialer og belysningsudstyr. Genopbygningen var endnu ikke afsluttet, da den igen brændte ned under det store Kantō-jordskælv i 1923. Genopbygningen blev endelig afsluttet i 1924.
Theatret blev endnu en gang ødelagt af allierede bombninger under Anden Verdenskrig. Det blev restaureret i 1950 med bevarelse af stilen fra genopbygningen i 1924 og var indtil for nylig en af Tokyos mere dramatiske og traditionelle bygninger.
Strukturen fra 1950 blev revet ned i foråret 2010 og genopbygget i løbet af de efterfølgende tre år. Som begrundelse for genopbygningen anføres bl.a. bekymringer om bygningens evne til at overleve jordskælv samt problemer med tilgængelighed. En række afskedsforestillinger med titlen Kabuki-za Sayonara Kōen (歌舞伎座さよなら公演, “Kabuki-za Farewell Performances”) blev afholdt fra januar til april 2010, hvorefter kabuki-forestillinger fandt sted i det nærliggende Shinbashi Enbujō og andre steder indtil åbningen af det nye teaterkompleks, der fandt sted den 28. marts 2013.
