Konflikten begyndte den 3. maj 1919, da afghanske tropper krydsede grænsen ved den vestlige ende af Khyberpasset og indtog byen Bagh. Bagh var strategisk vigtig for briterne og inderne, da den leverede vand til Landi Kotal, som på det tidspunkt kun var garnisoneret af to kompagnier af tropper fra den britisk-indiske hær. Selv om angrebet i første omgang blev betragtet som en mindre grænseovertrædelse, var det faktisk en del af en større invasionsplan. Af en eller anden grund var angrebet dog blevet iværksat før tid, for Amanullah havde oprindeligt haft til hensigt at planlægge det til at falde sammen med et oprør, der var planlagt i Peshawar til den 8. maj. Dette tjente til at advare den britiske chefkommissær for North West Frontier, Sir George Roos-Keppel, som var blevet opmærksom på planen, og som følge heraf var han i stand til med succes at overbevise vicekongen, Lord Chelmsford, om behovet for at reagere på besættelsen af Bagh, før den førte til yderligere uro i Peshawar.
Som reaktion herpå erklærede den britisk-indiske regering Afghanistan krig den 6. maj og beordrede en generel mobilisering af de britiske og indiske styrker. Derefter blev det besluttet, at de to kompagnier af sikher og gurkhas, der var blevet sendt til Landi Kotal, skulle forstærkes, men mobiliseringsprocessen var kun lige begyndt, og på det tidspunkt var der kun én bataljon til rådighed til dette, så den 7. maj blev 2. bataljon, Somerset Light Infantry, bragt op i al hemmelighed gennem Khyberpasset om bord på en konvoj af 37 lastbiler.
I mellemtiden blev der kastet en afspærring omkring Peshawar, og der blev stillet krav til befolkningen om at udlevere oprørslederne i oprøret. Under trusler om, at byens vandforsyning ville blive afbrudt, adlød indbyggerne, og ved daggry den 8. maj var situationen i byen under kontrol, og truslen om et oprør aftaget.
På dette tidspunkt var der flere forstærkninger til rådighed, og garnisonen i Landi Kotal voksede til brigadestørrelse med ankomsten af resten af 1. infanteribrigade under brigadegeneral G.D. Crocker. Den 9. maj indledte de britiske og indiske tropper et angreb på de afghanere, der havde indtaget Bagh i den foregående uge. Angrebet mislykkedes imidlertid, da brigadechefen besluttede at opdele sine styrker og løsrive næsten halvdelen af sin styrke for at beskytte sin flanke, og som følge heraf var han ikke i stand til at opnå den nødvendige koncentration af kræfter til at erobre alle sine mål. Samtidig med dette gennemførte tre BE2c-fly fra Royal Air Force et bombeangreb på Dacca i Afghanistan, hvor de angreb en gruppe fjendtlige stammefolk.
I forlængelse heraf blev 2. og 3. infanteribrigade fra 1. infanteridivision sendt af sted fra Nowshera og Abbottabad og koncentreret ved Jamrud og Kacha Garhi. Samtidig rykkede 6. Brigade fra 2. Infanteridivision op til Peshawar fra Rawalpindi for at hjælpe med at dæmpe urolighederne der. To dage senere, den 11. maj, blev der foretaget endnu et angreb på Bagh af 1. og 2. infanteribrigade under generalmajor Fowler, og denne gang var det vellykket. Angrebet, der blev støttet med 22 maskingeværer og 18 artilleripjecer, blev indledt med et tredive minutters forberedende bombardement, inden det blev gennemført af 2. bataljon, North Staffordshire Regiment og to bataljoner fra 11. Gurkhas, der stormede ind i de afghanske stillinger med bajonetterne påsat og drev dem ind i Lower Khyber, hvor de blev udsat for yderligere indirekte beskydning fra bjergkanoner, der var blevet opstillet i baghold. Da afghanerne blev tvunget tilbage over grænsen, fulgte RAF dem over grænsen og gennemførte en række bombeflyvninger. Rækken var total, og stammefolk, som ellers kunne have forventet at gå til modangreb til støtte for afghanerne, besluttede sig for ikke at gøre det, men i stedet at bruge deres kræfter på at plyndre slagmarken og samle de våben og den ammunition, som de tilbagetrækkende afghanere havde efterladt. Tabene under slaget, der senere blev kendt som det andet slag ved Bagh, beløb sig til 100 dræbte og 300 sårede afghanere, mens de britiske og indiske styrker mistede otte dræbte og 31 sårede.
Selv om Amanullah fortsat erklærede, at han ikke havde nogen uheldige hensigter, besluttede Roos-Keppel, at det var klogt at fortsætte fremrykningen og beordrede hæren til at forfølge afghanerne over grænsen. Den 13. maj overtog de britiske og indiske tropper kontrollen med den vestlige Khyber uden modstand og besatte Dacca, men den britiske lejr var dårligt placeret til forsvar, og som følge heraf blev de udsat for en intens langtrækkende artillerispærreild fra afghansk artilleri, før Amanullah indledte et infanteriangreb på dem. Dette angreb blev slået ned, og briterne iværksatte et modangreb den følgende dag, men de var ikke i stand til at konsolidere deres stilling, og som følge heraf var det først den 17. maj, at området blev sikret, og afghanerne trak sig tilbage.
I mellemtiden havde britiske og indiske styrker dagen før iværksat et angreb på “Stonehenge Ridge”, hvor en afghansk styrke på omkring 3.000 mand havde etableret sig med en række artilleripjecer og maskingeværer. Under dække af et indledende bombardement for at blødgøre det afghanske forsvar havde mænd fra 11th Sikhs indledt det indledende angreb, men de blev tvunget til at stoppe deres angreb, da de løb tør for ammunition kl. 08.00, og selv om der blev foretaget en genforsyning kl. 10.30, var det først kl. 14.00, at angrebet kunne genoptages. På dette tidspunkt var tropperne udsat for dagens varme; ikke desto mindre angreb sikherne trods varmen den afghanske linje efter endnu en spærreild, og angrebet blev ført frem til toppen af højderyggen. Da de nåede op på skrænten, fandt de ud af, at afghanerne havde forladt slagmarken og efterladt det meste af deres udstyr, artilleri og en række standarter. Under angrebet mistede de britiske og indiske styrker 22 dræbte og 157 sårede, mens de afghanske tab blev anslået til omkring 200 dræbte og 400 sårede.
På dette tidspunkt opstod der imidlertid problemer i den britiske bagtrop langs deres kommunikationslinje gennem Khyber, hvor Khyber Rifles begyndte at blive utilfredse med situationen og begyndte at desertere i massevis. Som følge heraf blev det besluttet at afvæbne og opløse regimentet i et forsøg på at stoppe spredningen af lignende følelser til andre regimenter. Efter dette besluttede Lord Chelmsford, at situationen kunne løses ved at fortsætte fremrykningen længere ind i Afghanistan og gav ordre til brigaden i Dacca om at marchere mod Jalalabad, men denne ordre kunne ikke gennemføres, da kampene brød ud længere mod syd og i den østlige Khyber.
Som en del af angrebet på Khyber var der planlagt sekundære angreb på Quetta og Kurram og i nord i Chitral-staten og i syd i Baluchistan og Zhob-dalen. Den 23. maj måtte de britiske poster omkring Kurram-dalen opgives. Den følgende dag angreb Handley Page-bombefly Kabul; det gjorde dog ikke meget for at dæmme op for tidevandet, og forsyningssituationen i Landi Kotal blev værre.
Den 27. maj besluttede den britiske kommandant i Quetta at angribe den afghanske fæstning ved Spin Baldak og erobrede den (sidste gang den britiske hær brugte en eskalade) og tog dermed initiativet i syd; situationen i centrum af krigszonen, omkring Kurram, var dog fortsat desperat for briterne. De afghanske styrker i dette område var under kommando af general Nadir Khan, og han var i besiddelse af en styrke på omkring 14 bataljoner. Mod dette havde briterne i Thal, under brigadegeneral Alexander Eustace, kun fire bataljoner. For at gøre tingene endnu værre var de eneste tropper, der beskyttede den øvre Tochi-dal, de utilfredse nordwaziristanske militser. Eustace var bekymret for, at de ville rejse sig mod ham, hvis de blev overladt til sig selv, og gav derfor ordre til at opgive militsens forposter, men det fremskyndede mange af militsens soldater til at desertere. Denne utilfredshed spredte sig, og sydwaziristanske militsfolk i Wana vendte sig mod deres officerer og alle de mænd, der var forblevet loyale, og angreb dem. De overlevende, under major Russell, kommandanten, blev tvunget til at kæmpe sig ud til en kolonne fra den nordlige Zhob-milits, som var blevet sendt ud for at afløse dem.
Da Nadir Khan så, at situationen blev forværret for briterne og så en mulighed, besluttede Nadir Khan at angribe Thal. Da Frontier Constabulary havde forladt deres poster, var afghanerne natten mellem den 28./29. maj i stand til at besætte et tårn 500 yards (460 m) fra fortet, og herfra kunne de sætte ild til en række fødevarelagre. Dette gjorde situationen i fortet forfærdelig, da forsyningssituationen i forvejen havde været dårlig. Andre faktorer spillede også op imod briterne. Eustace’s styrke var i undertal og i undertal. Han besad intet regulært britisk infanteri, og hans fire bataljoner var uerfarne indiske enheder, der hovedsageligt bestod af unge rekrutter. Efter at have afvist et infanteriangreb den 29. maj blev garnisonen den følgende dag udsat for et kraftigt bombardement fra afghanske kanoner. Som følge heraf besluttede briterne at bringe 16. infanteridivision, bestående af 45. og 46. infanteribrigade, op til Peshawar fra Lahore med det formål at rykke frem mod Jalalabad og få den til at rykke op til Kurram. Mens en del af divisionen blev udstationeret for at forsvare Kohat, tog den 45. infanteribrigade under brigadegeneral Reginald Dyer – som havde været i centrum af massakren i Amritsar – af sted for at afløse Eustaces styrke ved Thal. Dyers styrke bestod kun af en britisk bataljon, 1st/25th London Regiment, samt Dogras, Punjabis og Gurkhas, og da de manglede rationer og ikke havde nogen transportmidler, var de tvunget til at marchere gennem intens varme for at gennemføre afløsningen.
Trods forholdene var de britiske og indiske tropper under Dyers kommando imidlertid klar til lejligheden og tilbagelagde de sidste 29 km (18 miles) på under 12 timer, og den 1. juni stødte de på en blokeringsstyrke af stammefolk, der spærrede både den nordlige og sydlige indfaldsvej til Thal. Dyer angreb begge ender med sit artilleri, mens han sendte sit infanteri mod den sydlige indfaldsvej. Da stammefolkene ikke kunne modstå angrebet, trak de sig tilbage, og som følge heraf blev vejen igennem til Eustaces garnison ryddet. Under belejringen led briterne 94 tab, hvoraf otte blev dræbt, fire døde af sår og 82 blev såret.
Den næste dag, den 2. juni, ved daggry indledte Dyers brigade et angreb på de afghanske regulære styrker, der var placeret væk vest for Thal, og da dette angreb gik ind sendte Nadir Khan en udsending ud for at overbringe en besked til brigadechefen. Beskeden fortalte Dyer, at Amir Amanullah havde beordret Nadir Khan til at indstille fjendtlighederne, og Nadir Khan bad Dyer om at anerkende, at han ville efterkomme den anmodning om våbenhvile, som Amanullah havde sendt til den britisk-indiske regering den 31. maj. Uvidende om, at denne anmodning var blevet fremsat, og usikker på, om budskabet og anmodningen om våbenhvile var et kneb fra Nadir Khans side, besluttede Dyer, at han ikke ville tage nogen chancer, og sendte svaret: “Mine kanoner vil give et øjeblikkeligt svar, men dit brev vil blive videresendt til divisionschefen.”
Efter dette fortsatte Dyer sit angreb, og da Nadir Khans styrke trak sig tilbage fra området, fulgte Dyer dem op med kavaleri og panservogne fra 37th Lancers, mens RAF ved hjælp af maskingeværer og jernbomber angreb og spredte omkring 400 stammefolk, der befandt sig i området, og som udgjorde en trussel om et modangreb.
Den 3. juni blev den afghanske lejr ved Yusef Khel indtaget af to delinger fra 1st/25th London og to tropper fra 37th Lancers støttet af en sektion kanoner fra 89th Battery, og kort efter blev våbenhvilen underskrevet. Dermed trådte en våbenhvile i kraft, men nogle kampe fortsatte dog, især i Chitral og i det nordlige Baluchistan, og det var først den 8. august 1919, at forliget blev endeligt afsluttet, da traktaten i Rawalpindi blev underskrevet.
