Mit 16 Jahren verließ er die Schule und meldete sich unter Vortäuschung seines Alters bei der Air Force. Sein Talent, ausgefallene Geschichten zu erfinden und sie in verschiedenen Dialekten darzustellen, veranlasste einige Mitglieder seiner Truppe zu dem Schluss, dass er „ausflippte“. Bald nannten ihn alle Flip. Sein befehlshabender Offizier, ein weißer Südstaaten-Major, überredete ihn, sein Studium wieder aufzunehmen und Schreibmaschinenkurse zu besuchen, und er begann, einige seiner Comedy-Stoffe aufzuschreiben. Als er 1954 entlassen wurde, beschloss er, seinen Lebensunterhalt als Komiker zu verdienen.
In einem Hotel in San Francisco, in dem er als Page arbeitete, bat er den Manager, ihm zu erlauben, zwischen den Tanzvorführungen im Nachtclub des Hotels einen Comedy-Sketch vorzuführen. Nach der ersten Nacht trat er regelmäßig auf.
In den nächsten acht Jahren arbeitete sich Wilson durch das ganze Land und trat in schwarzen Clubs und Theatern auf, wo er seine Fähigkeiten verfeinerte und Zwischenrufer mit Sprüchen wie „Wenn wir die Macht übernehmen, müssen wir auch einige von uns töten.“ zum Schweigen brachte. Mitte der 1960er Jahre war er in New York angekommen, wo er häufig als Komiker und Zeremonienmeister im Apollo Theater in Harlem auftrat. Sein großer Durchbruch kam 1965, als Johnny Carson Redd Foxx fragte, wer der witzigste Komiker der Welt sei. Flip Wilson“, antwortete Mr. Foxx ohne zu zögern.
Mr. Carson buchte Mr. Wilson sofort in die „The Tonight Show“, wo er Erfolg hatte und häufig eingeladen wurde. Diese Auftritte führten zu Auftritten in „Rowan and Martin’s Laugh-In“ (jeder durfte die Wilson-Lesung von „Heah come de judge!“ imitieren), „The Ed Sullivan Show“ und den Shows von Mike Douglas und Merv Griffin sowie zu Engagements in Nachtclubs wie dem New Yorker „Bitter End“, dem „Village Gate“, dem „Rainbow Grill“, dem „Latin Quarter“ und dem „hungry i“ in San Francisco. 1968 erhielt Wilson ein Fernsehspecial und 1970 seine eigene Varietéshow. Bis 1972 stieg sein Einkommen auf mehr als eine Million Dollar pro Jahr an.
Obwohl er in einer Zeit bekannt wurde, in der die Nation von rassistischen Spannungen, städtischen Unruhen und dem Ruf nach „Black Power“ geplagt wurde, konzentrierte er sich weiterhin auf die leichtere Seite der Komödie. Was Flip Wilson erreicht hat, ist in einer Zeit der Black Panther und der wilden Rhetorik fast unglaublich“, schrieb der Kritiker John Leonard im Magazin Life. “Er hat die Bedrohung aus der Tatsache des Schwarzseins herausgenommen.“
Während andere Kritiker ihn für seinen Humor lobten, der “ohne ein Fitzelchen Rassenhass“ auskam, kritisierten andere ihn für “die Entschärfung seines Schwarzseins.“
