Viele ägyptische Götter und Göttinnen hatten ihren Ursprung an einem Ort und hatten im Laufe ihrer Geschichte ihre eigene Stadt, in der sie verehrt wurden, und viele große Städte und Ortschaften sind als Heimatstädte ihres Gottes oder ihrer Göttin bekannt. Es wurden jedoch keine lokalen Städte gefunden, in denen Isis verehrt wurde; in ihrer gesamten frühen Geschichte sind keine Tempel für sie bekannt. Die Verehrung von Isis begann erst in der 30. Dynastie; bis dahin wurde Isis in Tempeln anderer Götter oder Göttinnen verehrt. Doch schon in der 30. Dynastie wurde Isis zusammen mit Horus und Osiris verehrt. Tempel für Isis wurden in der römischen Zeit üblich. In Philae wurde ihr ein Tempel errichtet.
Zu dieser Zeit begannen sich Isis-Tempel außerhalb Ägyptens zu verbreiten. Vielerorts übernahmen ihre Anhänger die Verehrung der semitischen Göttin Astarte, wegen der Namensähnlichkeit. In der hellenistischen Ära wurde sie auch zur Schutzgöttin der Seeleute.
In allen Teilen der griechisch-römischen Welt wurde Isis zu einer der wichtigsten Figuren der „Mysterienreligionen“, und viele klassische Schriftsteller schrieben manchmal über ihre Tempel und Anhänger. Isis-Tempel wurden im Irak, in Griechenland, in Rom und sogar im Norden Englands gebaut, wo die Überreste eines Tempels am Hadrianswall gefunden wurden. In Philae wurde sie bis ins 6. Jahrhundert, nach dem Aufkommen des Christentums, verehrt. Der Untergang ihrer Tempel wird gewöhnlich als das Ende des alten Ägyptens angesehen.
