Zuhlsdorf wurde 1959 in Minneapolis, Minnesota, geboren. Als junger Mann studierte er an der Universität von Minnesota. Als ehemaliger Lutheraner konvertierte er nach eigenen Angaben zum Katholizismus, nachdem er im Radio ein Stück geistlicher Polyphonie gehört hatte. Am 26. Mai 1991 wurde er in Rom von Papst Johannes Paul II. zum Priester geweiht.
Nach der Priesterweihe besuchte P. Zuhlsdorf das Patristische Institut Augustinianum, das ihm ein Lizenziat der heiligen Theologie verlieh.
Später wurde Zuhlsdorf wöchentlicher Kolumnist für die traditionalistische Zeitung The Wanderer und trat auf EWTN und dem Fox News Channel auf. Seit 2011 schreibt er eine wöchentliche Kolumne für den Catholic Herald in Großbritannien. Am bekanntesten ist er für seinen Blog Fr. Z’s Blog (früher: What Does the Prayer Really Say?), in dem er sich zur katholischen Tradition und zu aktuellen kirchlichen Ereignissen äußert, für die ehrfürchtige Feier der beiden autorisierten Formen der Messliturgie des Römischen Ritus, der Form nach dem Zweiten Vatikanischen Konzil und der tridentinischen Form von 1962, und für das Wachstum des Bußsakramentes eintritt. „The Staggers“, der Blog des britischen Magazins New Statesman, listete Zuhlsdorfs Seite als einen der zehn besten christlichen Blogs der Welt.
Im September 2017, nachdem Zuhlsdorf einen Beitrag mit dem Titel „Should a seminary headline a homosexualist activist as a speaker?“ über einen bevorstehenden Vortrag von Pater James Martin, SJ am Theological College, einem Seminar, das an der Catholic University of America angesiedelt, aber unabhängig von ihr ist, geschrieben hatte. Martin wurde zum Gegenstand von Online-Kritik. Zwei Tage nach der Veröffentlichung des Beitrags zog das Theological College die Einladung von Martin zurück. Die Katholische Universität von Amerika gab eine Erklärung ab, in der sie die Entscheidung zur Absage verurteilte.
Im Januar 2021 wurde Zuhlsdorf in einen öffentlichen Streit verwickelt, weil er einen per Live-Stream übertragenen Exorzismus gegen die Teilnehmer an der Auszählung der Stimmen für das US-Wahlkollegium 2021 durchführte. Er sagte, er habe die Erlaubnis seines örtlichen Ordinarius, Bischof Donald J. Hying, des Bischofs der Diözese Madison, erhalten, den Exorzismus im Zusammenhang mit der Wahl durchzuführen. Hying bestritt diese Aussage jedoch und sagte, er habe Zuhlsdorf die Erlaubnis erteilt, den Exorzismus gegen die COVID-19-Pandemie zu beten und nicht für politische Aktivitäten.
Zuhlsdorf ist Präsident der Tridentinischen Messgesellschaft von Madison, Wisconsin.
Am 16. Januar 2021 gab die Diözese Madison bekannt, dass Zuhlsdorf in gegenseitigem Einvernehmen mit Hying beschlossen hat, sein Amt dort aufzugeben und an einen ungenannten neuen Ort zu verlegen. Er bleibt in gutem kirchenrechtlichen Zustand und beabsichtigt, weiterhin seinen Blog zu schreiben. Nach kanonischem Recht muss er die Fakultäten eines anderen Bischofs einholen, bevor er seinen Dienst in dessen Jurisdiktion aufnehmen kann.
