Muchos dioses y diosas egipcios comenzaron en un lugar, y a lo largo de su historia tuvieron su propia ciudad donde fueron adorados, y muchas grandes ciudades y pueblos son conocidos como las ciudades natales de su dios o diosa. Sin embargo, no se han encontrado ciudades locales donde se adorara a Isis; a lo largo de su historia temprana no se conocen templos para ella. El culto a Isis no comenzó hasta la 30ª dinastía; hasta ese momento se adoraba a Isis en templos de otros dioses o diosas. Sin embargo, ya en la 30ª dinastía se adoraba a Isis junto con Horus y Osiris. Los templos a Isis se hicieron comunes en la época romana. Hubo un templo construido para ella en Philae.
Por esta época, los templos a Isis comenzaron a extenderse fuera de Egipto. En muchos lugares sus seguidores asumieron el culto a la diosa semítica Astarté, por la similitud de nombres. En la época helenística, también se convirtió en la diosa protectora de los navegantes.
En todo el mundo grecorromano, Isis se convirtió en una de las figuras más importantes de las «religiones de misterio», y muchos escritores clásicos escribieron a veces sobre sus templos y seguidores. Se construyeron templos a Isis en Irak, Grecia, Roma, incluso en el norte de Inglaterra, donde se encontraron los restos de un templo en el Muro de Adriano. En Filae se le rindió culto hasta el siglo VI, tras el auge del cristianismo. Se suele decir que la caída de sus templos marcó el fin del antiguo Egipto.
