Zuhlsdorf nació en Minneapolis, Minnesota, en 1959. De joven estudió en la Universidad de Minnesota. Anteriormente luterano, dice que su conversión al catolicismo se produjo tras escuchar una pieza de polifonía sagrada en la radio. Fue ordenado sacerdote en Roma por el Papa Juan Pablo II el 26 de mayo de 1991.
Después de la ordenación, el P. Zuhlsdorf asistió al Instituto Patrístico Augustinianum, que le confirió una Licenciatura en Sagrada Teología.
Más tarde, Zuhlsdorf se convirtió en columnista semanal del periódico tradicionalista The Wanderer, y ha aparecido en EWTN y en el Fox News Channel. Desde 2011 escribe una columna semanal para el Catholic Herald del Reino Unido. Es más conocido por su blog Fr. Z’s Blog (antes llamado: ¿Qué dice realmente la oración?), en el que comenta la tradición católica y los acontecimientos actuales de la Iglesia, aboga por la celebración reverente de las dos formas autorizadas de la liturgia de la Misa de rito romano, la forma posterior al Vaticano II y la forma tridentina de 1962, y por el crecimiento del sacramento de la Penitencia. «The Staggers», el blog de la revista británica New Statesman, incluyó el sitio de Zuhlsdorf como uno de los diez mejores blogs cristianos del mundo.
En septiembre de 2017, después de que Zuhlsdorf escribiera un post titulado «¿Debería un seminario titular a un activista homosexualista como orador?» sobre una próxima charla del padre James Martin, SJ en el Theological College, un seminario ubicado en la Universidad Católica de América, pero independiente de ella. Martin se convirtió en objeto de críticas en Internet. Dos días después de la publicación del post, el Theological College retiró la invitación a Martin. La Universidad Católica de América emitió un comunicado denunciando la decisión de cancelación.
En enero de 2021, Zuhlsdorf se vio envuelto en una disputa pública por su ejecución de un exorcismo transmitido en directo contra los participantes en el recuento de votos del Colegio Electoral de Estados Unidos de 2021. Dijo que había recibido el permiso de su ordinario local, el obispo Donald J. Hying, obispo de la diócesis de Madison, para celebrar el exorcismo en relación con las elecciones. Sin embargo, Hying refutó esa afirmación, diciendo que había concedido permiso a Zuhlsdorf para rezar el exorcismo contra la pandemia del COVID-19, y no para la actividad política.
Zuhlsdorf es presidente de la Sociedad de Misa Tridentina de Madison, Wisconsin.
El 16 de enero de 2021, la Diócesis de Madison anunció que Zuhlsdorf había llegado a una decisión mutua con Hying para dejar su posición de ministerio allí, y trasladarse a un nuevo lugar sin nombre. Sigue en buena posición canónica y tiene la intención de seguir escribiendo su blog. Según el derecho canónico, tendrá que obtener facultades de otro obispo antes de empezar a ejercer su ministerio en su jurisdicción.
