El conflicto comenzó el 3 de mayo de 1919 cuando las tropas afganas cruzaron la frontera por el extremo occidental del paso de Khyber y capturaron la ciudad de Bagh. Bagh era estratégicamente importante para los británicos y los indios, ya que proporcionaba agua a Landi Kotal, que en ese momento estaba guarnecida por sólo dos compañías de tropas del ejército indio británico. Aunque inicialmente se consideró una infracción fronteriza menor, este ataque formaba en realidad parte del plan de invasión más amplio. Sin embargo, por la razón que sea, el ataque se lanzó antes de lo previsto, ya que Amanullah pretendía inicialmente hacerlo coincidir con un levantamiento que se estaba planeando en Peshawar para el 8 de mayo. Esto sirvió para alertar al Comisionado en Jefe británico de la Frontera del Noroeste, Sir George Roos-Keppel, que se había enterado del plan y como resultado pudo convencer con éxito al Virrey, Lord Chelmsford, de la necesidad de responder a la ocupación de Bagh antes de que condujera a más disturbios en Peshawar.
En respuesta a esto el gobierno indio británico declaró la guerra a Afganistán el 6 de mayo y ordenó una movilización general de las fuerzas británicas e indias. A continuación se decidió que las dos compañías de Sikhs y Gurkhas que habían sido enviadas a Landi Kotal necesitaban ser reforzadas, sin embargo, el proceso de movilización acababa de comenzar y en ese momento sólo había un batallón disponible para ello, por lo que el 7 de mayo el 2º Batallón de Infantería Ligera de Somerset fue traído clandestinamente a través del Paso de Khyber a bordo de un convoy de 37 camiones.
Mientras tanto, se estableció un cordón alrededor de Peshawar y se exigió a la población que entregara a los cabecillas del levantamiento. En medio de las amenazas de que el suministro de agua de la ciudad sería cortado, los habitantes cumplieron y al amanecer del 8 de mayo la situación en la ciudad estaba bajo control y la amenaza de un levantamiento disminuyó.
Para esta etapa había más refuerzos disponibles y la guarnición en Landi Kotal creció al tamaño de una brigada, con la llegada del resto de la 1ª Brigada de Infantería bajo el mando del Brigadier G.D. Crocker. El 9 de mayo las tropas británicas e indias lanzaron un ataque contra los afganos que habían tomado Bagh la semana anterior. El ataque, sin embargo, fracasó cuando el comandante de la brigada decidió dividir sus fuerzas y separar casi la mitad de su fuerza para proteger su flanco y, como resultado, no pudo lograr la concentración de fuerzas necesaria para capturar todos sus objetivos. Coincidiendo con esto, tres aviones BE2c de la Royal Air Force realizaron un bombardeo en Dacca, en Afganistán, atacando a un grupo de tribus hostiles.
A continuación, las 2ª y 3ª Brigadas de Infantería de la 1ª División de Infantería fueron enviadas desde Nowshera y Abbottabad, concentrándose en Jamrud y Kacha Garhi. Al mismo tiempo, la 6ª Brigada de la 2ª División de Infantería se trasladó a Peshawar desde Rawalpindi para ayudar a sofocar los disturbios allí. Dos días más tarde, el 11 de mayo, las Brigadas de Infantería 1ª y 2ª, bajo el mando del General de División Fowler, realizaron un segundo ataque contra Bagh, que esta vez tuvo éxito. Apoyado con 22 ametralladoras y 18 piezas de artillería, el ataque fue precedido por un bombardeo de preparación de treinta minutos antes de ser llevado a cabo por el 2º Batallón del Regimiento de North Staffordshire y dos batallones de los 11º Gurkhas, que cargaron contra las posiciones afganas con las bayonetas caladas y los condujeron hacia el Bajo Khyber, donde fueron sometidos a más fuego indirecto de los cañones de montaña que habían sido colocados en una emboscada. Cuando los afganos se vieron obligados a volver a cruzar la frontera, la RAF los siguió y llevó a cabo una serie de bombardeos. La derrota fue total y los miembros de las tribus que, de otro modo, habrían podido contraatacar en apoyo de los afganos decidieron no hacerlo, y en su lugar se dedicaron a saquear el campo de batalla y a recoger las armas y municiones que los afganos en retirada habían dejado atrás. Las bajas durante la batalla, más tarde conocida como la Segunda Batalla de Bagh, ascendieron a 100 afganos muertos y 300 heridos, mientras que las fuerzas británicas e indias perdieron ocho muertos y 31 heridos.
Aunque Amanullah continuó profesando que no tenía intenciones adversas, Roos-Keppel decidió que era prudente continuar el avance y ordenó al ejército perseguir a los afganos a través de la frontera. El 13 de mayo, las tropas británicas e indias se hicieron con el control del Khyber occidental sin oposición y ocuparon Dacca; sin embargo, el campamento británico estaba mal situado para la defensa y, como consecuencia, sufrieron un intenso bombardeo de artillería de largo alcance por parte de la artillería afgana antes de que Amanullah lanzara un asalto de infantería contra ellos. Este asalto fue derrotado y los británicos lanzaron un contraataque al día siguiente, sin embargo, fueron incapaces de consolidar su posición, y como resultado no fue hasta el 17 de mayo que la zona fue asegurada y los afganos se retiraron.
Mientras tanto, el día anterior, las fuerzas británicas e indias habían lanzado un ataque en «Stonehenge Ridge», donde una fuerza afgana de unos 3.000 hombres se había establecido con varias piezas de artillería y ametralladoras. Bajo la cobertura de un bombardeo preliminar para ablandar las defensas afganas, los hombres del 11º Sikhs habían lanzado el asalto inicial, sin embargo, se vieron obligados a detener su ataque cuando se quedaron sin munición a las 08:00 horas, y aunque se efectuó un reabastecimiento a las 10:30 horas, no fue hasta las 14:00 horas que se pudo reanudar el ataque. Para entonces, las tropas estaban expuestas al calor del día; sin embargo, después de otra descarga, los sikhs atacaron la línea afgana a pesar del calor y el ataque se llevó a cabo hasta la cima de la cresta. Al llegar a la escarpa se encontraron con que los afganos habían abandonado el campo de batalla, dejando la mayor parte de su equipo, la artillería y varios estandartes. Durante el asalto, las fuerzas británicas e indias perdieron 22 muertos y 157 heridos, mientras que las pérdidas afganas se estimaron en unos 200 muertos y 400 heridos.
En este momento, sin embargo, se produjeron problemas en la retaguardia británica a lo largo de su línea de comunicaciones a través del Khyber, donde los Rifles Khyber comenzaron a desafiarse por la situación y empezaron a desertar en masa. Como resultado, se decidió desarmar y disolver el regimiento en un esfuerzo por detener la propagación de un sentimiento similar a otros regimientos. Tras esto, Lord Chelmsford decidió que la situación podría resolverse continuando el avance hacia Afganistán y dio la orden de que la brigada en Dacca marchara hacia Jalalabad, pero esta orden no pudo llevarse a cabo ya que los combates estallaron más al sur y en el Khyber oriental.
Como parte del ataque al Khyber, se habían planeado ataques secundarios en Quetta y Kurram, y en el norte en el estado de Chitral y en el sur en Baluchistán y el valle de Zhob. El 23 de mayo, los puestos británicos alrededor del valle de Kurram tuvieron que ser abandonados. Al día siguiente, los bombarderos Handley Page atacaron Kabul; sin embargo, no sirvió de mucho para frenar la marea, y la situación de los suministros en Landi Kotal empeoró.
El 27 de mayo, el comandante británico en Quetta decidió atacar la fortaleza afgana de Spin Baldak, capturándola (la última vez que el ejército británico utilizó una escalada) y, en el proceso, tomó la iniciativa en el sur; sin embargo, la situación en el centro de la zona de guerra, alrededor de Kurram, seguía siendo desesperada para los británicos. Las fuerzas afganas en esta zona estaban bajo el mando del general Nadir Khan y contaba con una fuerza de unos 14 batallones. Frente a esto, los británicos en Thal, bajo el mando del general de brigada Alexander Eustace, sólo disponían de cuatro batallones. Para empeorar las cosas, las únicas tropas que protegían la parte alta del valle de Tochi eran las milicias de Waziristán del Norte, que estaban descontentas. Preocupado por la posibilidad de que se sublevaran contra él si se les dejaba a su aire, Eustace dio la orden de abandonar los puestos avanzados de la milicia, pero al hacerlo, precipitó la deserción de muchos de los milicianos. Esta desafección se extendió y la milicia de Waziristán del Sur, en Wana, se volvió contra sus oficiales y los hombres que habían permanecido leales y los atacó. Los supervivientes, al mando del comandante Russell, se vieron obligados a abrirse paso hasta una columna de la Milicia del Norte de Zhob que había sido enviada para relevarlos.
Viendo que la situación se estaba deteriorando para los británicos y viendo una oportunidad, Nadir Khan decidió atacar Thal. Como la Policía de Fronteras había abandonado sus puestos, en la noche del 28/29 de mayo los afganos pudieron ocupar una torre a 500 yardas (460 m) del fuerte y desde allí pudieron incendiar varios depósitos de alimentos. Esto hizo que la situación en el fuerte fuera nefasta, ya que la situación de los suministros ya era baja. Otros factores también se pusieron en contra de los británicos. Las fuerzas de Eustace estaban en inferioridad numérica y de armamento. No contaba con infantería regular británica y sus cuatro batallones eran unidades indias sin experiencia, compuestas principalmente por jóvenes reclutas. Tras rechazar un asalto de la infantería el 29 de mayo, al día siguiente la guarnición fue sometida a un intenso bombardeo de los cañones afganos. Como consecuencia de ello, los británicos decidieron llevar la 16ª División de Infantería, compuesta por las Brigadas de Infantería 45ª y 46ª, hasta Peshawar desde Lahore, con el fin de avanzar sobre Jalalabad y hacerla avanzar hasta Kurram. Mientras una parte de la división se destacaba para defender Kohat, la 45ª Brigada de Infantería, al mando del general de brigada Reginald Dyer -que había estado en el centro de la masacre de Amritsar- se puso en marcha para relevar a la fuerza de Eustace en Thal. La fuerza de Dyer consistía en un solo batallón británico, el 1er/25º Regimiento de Londres, así como Dogras, Punjabis y Gurkhas, y escasos de raciones y sin transporte, se vieron obligados a marchar en medio de un intenso calor para efectuar el relevo.
Sin embargo, a pesar de las condiciones, las tropas británicas e indias bajo el mando de Dyer estuvieron a la altura de las circunstancias y cubrieron las últimas 18 millas (29 km) en menos de 12 horas y el 1 de junio se toparon con una fuerza de bloqueo formada por miembros de la tribu que bloqueaba los accesos norte y sur a Thal. Dyer atacó ambos extremos con su artillería, mientras enviaba a su infantería contra el acceso sur. Al no poder resistir el ataque, los miembros de la tribu se retiraron y, como resultado, se despejó el camino hacia la guarnición de Eustace. Durante el asedio, los británicos sufrieron 94 bajas, de las cuales ocho murieron, cuatro murieron por heridas y 82 resultaron heridos.
Al día siguiente, 2 de junio, al amanecer la brigada de Dyer lanzó un ataque contra los regulares afganos que estaban posicionados al oeste de Thal y mientras este ataque entraba Nadir Khan envió un enviado para entregar un mensaje al comandante de la brigada. El mensaje decía a Dyer que el emir Amanullah había ordenado a Nadir Khan el cese de las hostilidades y Nadir Khan pedía a Dyer que reconociera que cumpliría la petición de armisticio que Amanullah había enviado al gobierno indio británico el 31 de mayo. Sin saber que se había hecho esta petición, y sin saber si el mensaje y la petición de cese del fuego eran una treta por parte de Nadir Khan, Dyer decidió que no se arriesgaría y envió la respuesta: «Mis cañones darán una respuesta inmediata, pero su carta será remitida al Comandante de la División».
Después de esto Dyer continuó su ataque y mientras la fuerza de Nadir Khan se retiraba de la zona, Dyer les siguió con caballería y carros blindados del 37º de Lanceros, mientras que la RAF, utilizando ametralladoras y bombas de hierro, atacó y dispersó a unos 400 miembros de la tribu que estaban en la zona y que suponían una amenaza de contraataque.
El 3 de junio, el campamento afgano de Yusef Khel fue tomado por dos pelotones del 1º/25º de Londres y dos tropas del 37º de Lanceros apoyados por una sección de cañones de la 89ª Batería, y poco después se firmó el armisticio. Con esto entró en vigor un cese del fuego, sin embargo, algunos combates continuaron, particularmente en Chitral y en el norte de Baluchistán, y no fue hasta el 8 de agosto de 1919 que el acuerdo fue finalmente concluido cuando se firmó el Tratado de Rawalpindi.
