Après avoir travaillé comme professeur associé, puis comme professeur titulaire, à l’Université d’État de New York à Buffalo, il a rejoint les National Institutes of Health en 1984.
Controverse sur les ESTEdit
Alors qu’il était employé par les NIH, Venter a appris à identifier les ARNm et a commencé à en savoir plus sur ceux exprimés dans le cerveau humain. Les courts fragments de séquence d’ADNc qui l’intéressaient sont appelés étiquettes de séquence exprimée, ou EST. L’Office of Technology Transfer du NIH et Venter ont décidé de prendre les EST découverts par d’autres pour tenter de breveter les gènes identifiés à partir des études sur l’expression de l’ARNm dans le cerveau humain. Lorsque Venter a révélé cette stratégie lors d’une audition au Congrès, une vive polémique a éclaté. Le NIH a par la suite mis fin à cet effort et abandonné les demandes de brevet qu’il avait déposées, suite au tollé public.
Projet du génome humainEdit
Venter était passionné par le pouvoir de la génomique de transformer radicalement les soins de santé. Venter croyait que le séquençage shotgun était le moyen le plus rapide et le plus efficace d’obtenir des données utiles sur le génome humain. La méthode a cependant été rejetée par le projet du génome humain, car certains généticiens estimaient qu’elle ne serait pas assez précise pour un génome aussi compliqué que celui des humains, qu’elle serait plus difficile d’un point de vue logistique et qu’elle coûterait beaucoup plus cher.
Venter considérait la lenteur des progrès du projet du génome humain comme une occasion de poursuivre son intérêt pour le brevetage des gènes, il a donc cherché des fonds dans le secteur privé pour lancer Celera Genomics. La société prévoyait de tirer profit de ses travaux en créant des données génomiques auxquelles les utilisateurs pourraient s’abonner moyennant paiement. Cet objectif a donc mis la pression sur le programme public du génome et a incité plusieurs groupes à redoubler d’efforts pour produire la séquence complète. Les efforts de Venter lui ont valu une certaine renommée puisque lui et son équipe de Celera Corporation ont partagé le crédit du séquençage de la première ébauche du génome humain avec le projet de génome humain financé par des fonds publics.
En 2000, Venter et Francis Collins des National Institutes of Health et du U.S. Public Genome Project ont conjointement fait l’annonce de la cartographie du génome humain, trois années entières avant la fin prévue du programme de génome public. L’annonce a été faite en compagnie du président américain Bill Clinton et du premier ministre britannique Tony Blair. Venter et Collins ont ainsi partagé le prix de la « Biographie de l’année » du réseau A&E.Le 15 février 2001, le consortium du projet du génome humain a publié le premier génome humain dans la revue Nature, suivi un jour plus tard par une publication de Celera dans Science. Malgré certaines affirmations selon lesquelles le séquençage shotgun était à certains égards moins précis que la méthode clone par clone choisie par le Projet Génome Humain, la technique est devenue largement acceptée par la communauté scientifique.
Venter a été licencié par Celera au début de 2002. Selon sa biographie, Venter a été licencié en raison d’un conflit avec l’investisseur principal, Tony White, lui interdisant spécifiquement d’assister à la cérémonie de la Maison Blanche célébrant l’accomplissement du séquençage du génome humain.
Global Ocean Sampling ExpeditionEdit
La Global Ocean Sampling Expedition (GOS) est un projet génomique d’exploration des océans dont l’objectif est d’évaluer la diversité génétique des communautés microbiennes marines et de comprendre leur rôle dans les processus fondamentaux de la nature. Lancé sous la forme d’un projet pilote d’échantillonnage dans la mer des Sargasses en août 2003, Venter a annoncé l’expédition complète le 4 mars 2004. Le projet, qui a utilisé le yacht personnel de Venter, Sorcerer II, a débuté à Halifax, au Canada, a fait le tour du monde et est revenu aux États-Unis en janvier 2006.
Génomique synthétiqueEdit
En juin 2005, Venter a cofondé Synthetic Genomics, une entreprise dédiée à l’utilisation de micro-organismes modifiés pour produire des carburants propres et des produits biochimiques. En juillet 2009, ExxonMobil a annoncé une collaboration de 600 millions de dollars avec Synthetic Genomics pour la recherche et le développement de biocarburants de nouvelle génération. Venter continue de travailler à la création de microalgues diatomées pour la production de biocarburants.
Venter cherche à breveter la première espèce partiellement synthétique qui pourrait s’appeler Mycoplasma laboratorium. Il y a des spéculations selon lesquelles cette ligne de recherche pourrait conduire à la production de bactéries qui ont été modifiées pour effectuer des réactions spécifiques, par exemple, produire des carburants, fabriquer des médicaments, lutter contre le réchauffement climatique, et ainsi de suite.
En mai 2010, une équipe de scientifiques dirigée par Venter est devenue la première à créer avec succès ce qui a été décrit comme une « vie synthétique ». Pour ce faire, elle a synthétisé une très longue molécule d’ADN contenant le génome entier d’une bactérie et l’a introduite dans une autre cellule, par analogie avec la réalisation du groupe d’Eckard Wimmer, qui a synthétisé et ligaturé le génome d’un virus à ARN et l’a « boosté » dans un lysat cellulaire. L’organisme unicellulaire contient quatre « filigranes » inscrits dans son ADN pour l’identifier comme étant synthétique et pour aider à retracer ses descendants. Les filigranes comprennent
- Tableau de code pour l’alphabet entier avec les ponctuations
- Noms des 46 scientifiques contributeurs
- Trois citations
- L’adresse électronique secrète de la cellule.
Le 25 mars 2016, Venter a signalé la création de Syn 3.0, un génome synthétique ayant le moins de gènes de tout organisme librement vivant (473 gènes). Leur objectif était de dépouiller tous les gènes non essentiels, ne laissant que l’ensemble minimal nécessaire au maintien de la vie.Cette cellule dépouillée, à reproduction rapide, devrait être un outil précieux pour les chercheurs dans le domaine.
En août 2018, Venter a pris sa retraite en tant que président du conseil d’administration, disant qu’il voulait se concentrer sur son travail à l’Institut J. Craig Venter. Il restera conseiller scientifique auprès du conseil.
J. Craig Venter InstituteEdit
Venter est actuellement le directeur général de l’Institut J. Craig Venter, un organisme à but non lucratif qui mène des recherches en biologie synthétique. Venter a fondé l’organisation en 2006. Elle possède des installations à La Jolla et à Rockville, dans le Maryland, et emploie plus de 200 personnes.
Génome humain individuelEdit
Le 4 septembre 2007, une équipe dirigée par Sam Levy a publié l’un des premiers génomes d’un humain individuel – la propre séquence d’ADN de Venter. Certaines des séquences du génome de Venter sont associées au cérumen humide, à un risque accru de comportement antisocial, à la maladie d’Alzheimer et aux maladies cardiovasculaires. Cette publication était particulièrement intéressante car elle tentait de séparer les deux haplotypes (les deux copies de chaque chromosome), bien qu’elle n’y soit parvenue que de manière limitée. Le génome tel qu’il a été publié ne comptait que 3 milliards de bases, au lieu des 6 milliards que compterait une séquence entièrement diploïde. Dix autres années ont passé avant que les premiers génomes humains résolus par haplotype ne commencent à apparaître.
Le Human Reference Genome Browser est une application web pour la navigation et l’analyse du génome récemment publié par Venter. La base de données HuRef est constituée d’environ 32 millions de lectures d’ADN séquencées à l’aide du séquençage Sanger microfluidique, assemblées en 4 528 échafaudages et de 4,1 millions de variations d’ADN identifiées par l’analyse du génome. Ces variantes comprennent les polymorphismes mononucléotidiques (SNP), les substitutions de blocs, les indels courts et grands, et les variations structurelles comme les insertions, les délétions, les inversions et les changements de nombre de copies.
Le navigateur permet aux scientifiques de naviguer dans l’assemblage du génome HuRef et les variations de séquence, et de le comparer à l’assemblage NCBI human build 36 dans le contexte des annotations NCBI et Ensembl. Le navigateur fournit une vue comparative entre les séquences consensus NCBI et HuRef, le multi-alignement des séquences de l’assemblage HuRef, les annotations Ensembl et dbSNP, les variantes HuRef, ainsi que les preuves de variantes sous-jacentes et l’analyse fonctionnelle. L’interface représente également les blocs d’haplotype à partir desquels la séquence du génome diploïde peut être déduite et la relation entre les variants et les annotations de gènes. L’affichage des variantes et des annotations de gènes est lié à des ressources publiques externes, notamment dbSNP, Ensembl, Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM) et Gene Ontology (GO).
Les utilisateurs peuvent rechercher le génome HuRef en utilisant les noms de gènes HUGO, les identifiants Ensembl et dbSNP, les emplacements des contigs ou des échafaudages HuRef, ou les emplacements des chromosomes NCBI. Les utilisateurs peuvent ensuite parcourir facilement et rapidement n’importe quelle région génomique via les commandes de panoramique et de zoom simples et intuitives ; en outre, les données pertinentes pour des loci spécifiques peuvent être exportées pour une analyse plus approfondie.
Human Longevity, Inc.Edit
Le 4 mars 2014, Venter et les cofondateurs Peter Diamandis et Robert Hariri ont annoncé la formation de Human Longevity, Inc, une société axée sur l’allongement de la durée de vie humaine saine et « performante ». Au moment de l’annonce, la société avait déjà levé 70 millions de dollars en financement à risque, qui devait durer 18 mois. Venter a occupé le poste de président et de directeur général (PDG) jusqu’en mai 2018, date à laquelle il a pris sa retraite. La société a déclaré qu’elle prévoyait de séquencer 40 000 génomes par an, en se concentrant initialement sur les génomes du cancer et les génomes des patients atteints de cancer.
Human Longevity a intenté un procès en 2018 contre Venter, l’accusant de voler des secrets commerciaux. Les allégations ont été faites en déclarant que Venter avait quitté avec l’ordinateur de son entreprise qui contenait des informations précieuses qui pourraient être utilisées pour démarrer une entreprise concurrente.Le procès a finalement été rejeté par un juge californien sur la base que Human Longevity n’ont pas été en mesure de présenter un cas qui répond au seuil juridique requis pour une entreprise, ou un individu, de poursuivre en justice lorsque ses secrets commerciaux ont été volés.
La mission de Human Longevity est de prolonger la durée de vie humaine en bonne santé par l’utilisation de diagnostics big data à haute résolution issus de la génomique, de la métabolomique, de la microbiomique et de la protéomique, et par l’utilisation de la thérapie par cellules souches.
