De nombreux dieux et déesses égyptiens ont commencé à un endroit, et tout au long de leur histoire avaient leur propre ville où ils étaient vénérés, et beaucoup de grandes villes et de villes sont connues comme les villes natales de leur dieu ou déesse. Cependant, aucune ville locale où Isis était vénérée n’a été trouvée ; tout au long de son histoire, il n’y a pas de temples connus en son honneur. Le culte d’Isis n’a commencé qu’à la 30e dynastie ; jusqu’à cette époque, Isis était vénérée dans les temples d’autres dieux ou déesses. Cependant, même à la 30e dynastie, Isis était vénérée avec Horus et Osiris. Les temples d’Isis sont devenus courants à l’époque romaine. Un temple lui a été construit à Philae.
À cette époque, les temples à Isis ont commencé à se répandre en dehors de l’Égypte. Dans de nombreux endroits, ses adeptes ont repris le culte à la déesse sémitique Astarté, en raison de la similitude des noms. À l’époque hellénistique, elle devient également la déesse qui protège les marins.
Dans toutes les régions du monde gréco-romain, Isis est devenue l’une des figures les plus importantes des « religions à mystères », et de nombreux auteurs classiques ont parfois écrit sur ses temples, et ses adeptes. Des temples d’Isis ont été construits en Irak, en Grèce, à Rome, et même jusqu’au nord de l’Angleterre, où les vestiges d’un temple ont été découverts au mur d’Hadrien. À Philae, elle a été vénérée jusqu’au VIe siècle, après l’avènement du christianisme. On dit généralement que la chute de ses temples marque la fin de l’Égypte ancienne.