Abstract
Les espèces de Citrobacter, appartenant à la famille des Enterobacteriaceae, sont des organismes environnementaux que l’on trouve couramment dans le sol, l’eau et le tractus intestinal des animaux et des humains. Citrobacter koseri est connu pour être une cause rare mais grave de septicémie et de méningite sporadiques et épidémiques chez les nouveau-nés et les jeunes enfants. La plupart des cas rapportés sont survenus chez des hôtes immunodéprimés. Les infections causées par Citrobacter sont difficiles à traiter avec les antibiotiques à large spectre habituels en raison de la génération rapide de mutants et ont été associées à des taux de mortalité élevés dans le passé. Nous pensons que c’est le premier cas décrit dans la littérature d’une pneumonie et d’un empyème communautaires causés par Citrobacter koseri chez un patient adulte immunocompétent.
1. Introduction
Le genre Citrobacter appartient à la famille des Enterobacteriaceae et comprend 11 espèces différentes de bacilles à Gram négatif, anaérobies facultatifs et mobiles, qui sont oxydase négatifs et utilisent généralement le citrate comme seule source de carbone . Parmi les espèces de Citrobacter, les plus fréquemment isolées à partir de spécimens cliniques humains sont C. koseri (anciennement nommé C. diversus), C. freundii, C. youngae, C. braakii et C. amalonaticus . Les infections à Citrobacter surviennent généralement en milieu hospitalier chez des patients présentant de multiples comorbidités et sont rarement à l’origine de maladies dans la population générale. Les nouveau-nés et les hôtes immunodéprimés sont très sensibles aux infections à Citrobacter, qui sont principalement causées par Citrobacter freundii et Citrobacter koseri. C. freundii est généralement associé à des infections du tractus hépatobiliaire, tandis que C. koseri provoque une méningite néonatale et un abcès cérébral avec des taux de mortalité élevés .
Dans l’environnement, Citrobacter est couramment trouvé dans l’eau, le sol et les aliments et en tant que colonisateurs occasionnels du tractus gastro-intestinal des animaux et des humains . Bien que les souches de Citrobacter colonisant le tractus gastro-intestinal humain aient été traditionnellement considérées comme ayant une faible virulence, elles peuvent être la source de plusieurs types d’infections, telles que les infections des voies urinaires, respiratoires, intra-abdominales, des plaies, des os, du sang et du système nerveux central. Nous pensons qu’il s’agit du premier rapport de pneumonie et d’empyème communautaires causés par Citrobacter koseri chez un patient adulte immunocompétent.
2. Présentation du cas
Un homme espagnol de 72 ans a été admis dans notre hôpital, il y a 6 mois, après deux semaines de syndrome général marqué (asthénie, hyporexie et perte de poids de 3 Kg), accompagné de toux et d’expectorations mucopurulentes, de dyspnée modérée, de fièvre, de sueurs nocturnes et de douleur thoracique pleurétique droite. Il fumait depuis 25 ans et on lui avait diagnostiqué une hypertension artérielle (HTN) en 2001. Il travaillait comme architecte et n’avait pas d’antécédents chirurgicaux ni d’autres antécédents médicaux intéressants. Il prenait de l’Enalapril à ce moment-là.
Les résultats cliniques étaient les suivants : température corporelle 38°C ; pression artérielle 108/65 mmHg ; fréquence cardiaque 90 battements/min ; fréquence respiratoire 24 respirations/min ; et saturation en oxygène 93% (air ambiant). L’examen physique était normal, à l’exception de l’auscultation pulmonaire, où l’on a constaté une diminution des bruits respiratoires et des crépitations bilatérales à la base des deux poumons. Les tests de laboratoire ont révélé une numération de 24 800 × 109 L de globules blancs avec 88 % de neutrophiles ; une hémoglobine de 12,3 g/dL ; le taux de protéine C-réactive (CRP) qui était de 29 mg/L ; le taux de procalcitonine (PCT) 0.92 ng/mL ; le niveau de peptide natriurétique N-terminal probrain (NT-proBNP) qui était de 400 pg/mL ; le glucose 129 mg/dL ; et la numération plaquettaire, la coagulation du sang artériel et le reste des tests biochimiques qui étaient dans les limites de la normale. Les gaz du sang artériel ont montré une PaO2 de 69 mmHg, une PaCO2 de 36 mmHg, un pH de 7,38 et une HCO3 standard de 37 mEq/L (air ambiant).
La radiographie pulmonaire a révélé des infiltrats alvéolaires bilatéraux avec un épanchement pleural droit associé (figure 1). L’antigène urinaire pour le pneumocoque et la Legionella, la cytologie des expectorations, la culture mycobactérienne et les tests sérologiques du VIH étaient négatifs. Un traitement antibiotique par pipéracilline/tazobactam et lévofloxacine a été initié à l’admission. Une tomodensitométrie (TDM) thoracique et abdominale a été réalisée deux jours après l’admission. Le scanner a montré une consolidation alvéolaire du lobe inférieur droit avec bronchogramme aérien et dans le lobe inférieur gauche et le segment postérieur du lobe supérieur gauche des lésions similaires ont été identifiées en relation avec un processus pneumonique bilatéral avec un épanchement pleural droit localisé associé et un épaississement pleural diffus lié à un empyème (Figure 2). Une lésion sous-diaphragmatique a été écartée. Une thoracocentèse diagnostique a été réalisée et a permis d’obtenir un liquide purulent (l’empyème a été confirmé). La biochimie du liquide pleural a montré 430 000 globules blancs ; 3000 globules rouges ; un taux de glucose de 44 mg/dL ; 22 g/L de protéines ; et un pH de 6,99. Un cathéter en queue de cochon guidé par tomodensitométrie a été correctement placé, extrayant 500 ml de liquide purulent (Figure 3). Le patient a présenté une amélioration clinique avec disparition de la fièvre. La culture du liquide pleural a identifié Citrobacter koseri et aucun autre pathogène n’a été isolé. L’isolat était sensible à l’amoxicilline, à l’acide clavulanique et à la pipéracilline/tazobactam (résistant à l’ampicilline). La bacilloscopie, la PCR M. tuberculosis (XPERT MTB/RIF) et les cultures mycobactériennes étaient négatives.
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Après 12 jours d’antibiothérapie intraveineuse, la pipéracilline/tazobactam et la lévofloxacine ont été suspendues, et un traitement par amoxicilline clavulanique orale (1000 mg/62,5 mg deux comprimés deux fois par jour toutes les 12 heures) a été initié avec une bonne tolérance et une bonne observance. Le patient est sorti de l’hôpital avec le diagnostic de pneumonie bilatérale et d’empyème pleural droit causés par Citrobacter koseri. Lors de la visite de suivi d’octobre, le patient a montré une amélioration clinique (toux sèche résiduelle, absence de fièvre et diminution de la douleur thoracique droite) depuis sa sortie de l’hôpital. La radiographie thoracique de contrôle a montré une perte de volume du poumon droit et une amélioration de l’infiltrat basal alvéolaire droit par rapport à la dernière radiographie réalisée lors de l’admission (Figure 4).
Le patient a été de nouveau admis 2 semaines après sa sortie, en raison d’un gonflement et d’une douleur dans la zone où le cathéter en queue de cochon avait été précédemment placé. Une écographie de la paroi thoracique droite a été réalisée. L’écographie a montré une collection de liquide de 17 × 4 mm avec un tractus pleural fistuleux avec un épanchement pleural minimal (3,6 mm) associé à un petit abcès sous-cutané dans la zone où le cathéter en queue de cochon avait été initialement inséré, avec le risque de produire une fistule à la peau (Figure 5). L’abcès a été drainé par une petite incision sur la peau, et l’échantillon a été envoyé au service de microbiologie pour culture. Un nouveau cathéter de drainage en queue de cochon a été placé, drainant 200 ml de liquide purulent. Citrobacter koseri a été isolé à nouveau dans la zone de l’abcès sous-cutané et dans le liquide purulent de la queue de cochon. Le patient est sorti de l’hôpital avec de l’amoxicilline et de l’acide clavulanique pour un mois supplémentaire. Une radiographie pulmonaire de contrôle effectuée quatre semaines plus tard a montré une amélioration radiologique (figure 6). Au total, le patient a été traité pendant 12 jours par pipéracilline/tazobactam et lévofloxacine et pendant trois mois par amoxicilline-acide clavulanique. Un scanner de contrôle réalisé il y a deux mois a montré une résolution presque complète de la consolidation du lobe inférieur droit (figure 7). Le patient se portait toujours bien lors de la visite de contrôle à 3 mois.
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3. Discussion
Citrobacter, une bactérie Gram-négative appartenant aux Enterobacteriaceae, est une cause rare d’abcès pulmonaire. Les infections à Citrobacter surviennent généralement chez des patients présentant des comorbidités sous-jacentes ou une immunosuppression . Les infections causées par Citrobacter sont difficiles à traiter avec les antibiotiques à large spectre habituels en raison de la génération rapide de mutants et ont été associées à des taux de mortalité élevés dans le passé. Dans notre cas, le patient était un adulte immunocompétent sans comorbidités importantes sous-jacentes, ce qui en fait un cas clinique très inhabituel car cet organisme affecte couramment les nouveau-nés et les nourrissons immunodéprimés. Une étude rétrospective de Taiwan sur la bactériémie à Citrobacter a rapporté 45 patients sur une période de treize ans. Les patients atteints de tumeurs malignes (48,9%, principalement intra-abdominales) ou de calculs hépatobiliaires (22,2%) présentaient une prédilection élevée pour la bactériémie à Citrobacter. La cavité abdominale (51,1%) était le site le plus fréquent de l’infection initiale, les autres sites étant les voies urinaires (20%) et les poumons (11,1%). Les infections intra-abdominales comprenaient une infection de l’arbre hépatobiliaire (dont trois patients qui avaient des abcès du foie), une péritonite et un abcès périanal. Un autre rapport de trois cas a noté deux patients, l’un avec un abcès iliopsoas lié à Citrobacter et un autre patient avec un abcès rénal et hépatique chez un patient diabétique en raison de C. koseri .
La littérature sur les abcès de Citrobacter chez les adultes est peu abondante . Nous avons effectué une recherche dans PubMed avec les termes » Citrobacter koseri « , » Citrobacter koseri pneumonia » et » Citrobacter koseri empyema « . Neuf cas d’abcès secondaires à une infection par C. koseri chez des adultes ont été trouvés dans cette recherche. Aucun de ces cas n’était associé à un abcès pulmonaire, une pneumonie ou un empyème. Il s’agit du premier cas décrit dans la littérature de pneumonie et d’empyème communautaires causés par Citrobacter koseri chez un patient adulte immunocompétent. Concernant le traitement, il a été observé dans l’étude sur les bactériémies liées à Citrobacter que l’utilisation d’une céphalosporine dans les 14 jours favorisait l’émergence de souches résistantes à la céfotaxime et de souches multirésistantes . Une autre étude menée dans un institut tertiaire du nord de l’Inde a révélé un degré élevé de résistance aux céphalosporines de troisième et quatrième génération, ainsi qu’à la pipéracilline, à la gentamicine et à la ciprofloxacine. Dans notre cas, l’isolat était sensible à la pipéracilline et à toutes les céphalosporines de troisième et quatrième génération. Malgré un traitement antibiotique à large spectre selon les rapports de sensibilité, l’état du patient s’est amélioré très lentement ; Citrobacter koseri a encore été isolé du drainage du cathéter en queue de cochon et de l’abcès sous-cutané après 30 jours de traitement antibiotique. L’imipénème s’est avéré systématiquement actif contre Citrobacter spp. . Quant à la gentamicine, malgré des rapports antérieurs montrant la sensibilité de Citrobacter spp. à cet agent, les taux de résistance semblent augmenter. L’augmentation de la résistance à la ciprofloxacine est également préoccupante. Nous pourrions spéculer qu’un inhibiteur de la bêta-lactamase pourrait devenir le premier choix pour une infection compliquée de Citrobacter qui nécessite des cures prolongées d’antibiotiques.
4. Conclusion
Le présent cas met en évidence Citrobacter koseri comme une cause rare d’empyème. Bien que les infections à Citrobacter se produisent plus souvent chez les nouveau-nés et les jeunes enfants immunodéprimés causant principalement des méningites et des abcès du foie, la pneumonie et l’empyème devraient être ajoutés au spectre de la maladie chez les patients adultes immunocompétents, où un traitement combiné et prolongé (intervention invasive/drainage et médicaments) est probablement la solution plus rapide et plus efficace.
Abréviations
| HTN: | Hypertension |
| CRP : | Protéine C-réactive |
| PCT: | Procalcitonine |
| NT-proBNP : | Peptide natriurétique N-terminal probrain |
| HIV: | Virus de l’immunodéficience humaine |
| CT: | Tomographie par ordinateur. |
Consentement
Un consentement éclairé écrit a été obtenu du patient pour la publication de ce rapport de cas et de toutes les images qui l’accompagnent. Une copie du consentement écrit est disponible pour examen.
Conflit d’intérêts
Les auteurs déclarent qu’ils n’ont pas d’intérêts concurrents.
Contribution des auteurs
Miguel Angel Ariza-Prota, Ana Pando-Sandoval, Marta García-Clemente et Ramón Fernández ont effectué les recherches et collecté les données ; Miguel Angel Ariza-Prota a rédigé l’article ; Pere Casan a effectué la conception du rapport de cas et la révision de l’article et a aidé à la rédaction de l’article. Tous les auteurs ont lu et approuvé le document final.
