DISCUSSION
Cette étude rétrospective a montré des modèles de commande et un rendement variables pour les trois types de tests de Legionella au cours de la période d’étude de 46 mois. Le test UAG, commandé deux fois plus fréquemment que la PCR et la culture, présentait le taux de positivité le plus élevé (2,7 %) et le coût le plus faible pour diagnostiquer un cas (remboursement Medicare de 16,32 $ × 14 539 tests/336 positifs uniques = 706,18 $). Il s’agit d’un taux de positivité de l’UAG beaucoup plus élevé que celui rapporté dans une étude canadienne de 1998 à 2000 de 0,6 % où le coût (basé sur le matériel et les fournitures uniquement) du diagnostic d’un cas par UAG était d’environ 5 770 $ (30 $ × 1 154 tests/6 positifs uniques) (13).
La sensibilité rapportée du test UAG pour la légionellose causée par Lp1 est de 70 % à 90 % (8, 14). La sensibilité du test UAG dans l’étude actuelle était plus élevée (96%), mais la performance clinique réelle dépend du contexte du test. Une sensibilité variable du test UAG a été rapportée pour les infections associées aux voyages, les infections communautaires et les infections nosocomiales (93,7 %, 86,5 % et 44,2 %, respectivement) (15). Dans notre cohorte de pneumonies communautaires, le test UAG était positif dans toutes les infections à Legionella prouvées, probables et possibles, sauf dans un cas. Le L. pneumophila dans ce cas peut avoir été un sérogroupe autre que 1 puisque la culture et la PCR étaient positives, et la sensibilité rapportée du test UAG pour les non-Lp1 est faible (moins de 50%) (1, 15).
Bien que le test UAG soit pratique et spécifique, la culture est recommandée pour assurer la détection des sérogroupes autres que Lp1 et des espèces autres que L. pneumophila (2) ainsi que des infections doubles à Legionella (16). Dans l’étude actuelle, l’utilité de cette approche n’a pas été confirmée car aucune espèce autre que L. pneumophila n’a été isolée à partir des 7 243 cultures réalisées. Il est difficile de déterminer si des isolats de Legionella ont été manqués par la culture en raison de problèmes techniques ou s’il y avait simplement une absence d’espèces non pneumophiles causant la maladie dans cette cohorte de patients. Legionella feeleii a été récupérée dans le lavage broncho-alvéolaire d’un patient ayant subi une greffe de moelle osseuse et présentant des infiltrats pulmonaires un an après cette période d’étude, mais le médecin infectiologue qui s’occupait du patient a conclu que l’isolat n’était pas cliniquement significatif. Il y a eu 14 rapports de L. feeleii comme agent étiologique de pneumonie depuis 1984 (17).
La culture a démontré la plus faible sensibilité des trois méthodes comparées dans notre étude et n’a pas contribué à des résultats uniques qui n’étaient pas déjà fournis par les tests UAG ou PCR (c’est-à-dire que 14 des 15 résultats positifs de culture avaient une PCR et/ou un UAG commandé qui était également positif). Sur la base du remboursement de 9,02 $ par Medicare, le coût de récupération de chaque culture positive était de 4 355 $. La sensibilité de la culture pour l’étude actuelle (50 % à 61 %) se situe au milieu de la fourchette de 20 % à 80 % rapportée par d’autres (18).
Les inconvénients de la culture comprennent la difficulté technique avec la nécessité de géloses sélectives et de prétraitement (chaleur ou acide) et la lenteur du délai d’exécution. Un examen minutieux des plaques avec un microscope à dissection est nécessaire. La gélose sélective BCYE peut inhiber la récupération de Legionella micdadei ou d’autres espèces en raison des agents antimicrobiens présents dans le milieu, tandis que la gélose non sélective BCYE peut être envahie par des bactéries qui peuvent masquer Legionella (1). L’inoculation des spécimens respiratoires dans le BCYE non sélectif uniquement après un traitement acide de 5 minutes peut avoir réduit la récupération de Legionella dans l’étude actuelle. Les approches alternatives à la culture comprennent l’inoculation de milieux BCYE sélectifs et non sélectifs, l’ensemencement des spécimens avant et après le traitement acide, la réalisation d’un traitement acide uniquement si les plaques BCYE sélectives et non sélectives sont envahies par des bactéries autres que Legionella après une incubation d’une nuit, et la digestion acide pendant une période plus courte (par exemple, 4 min) (1).
La détection de Legionella par PCR offre un délai d’exécution plus rapide et une sensibilité plus élevée que la culture, mais au coût le plus élevé. Avec un remboursement Medicare de 47,76 $, le coût d’un cas positif était de 12 540 $ (338 571 $/27). À l’heure actuelle, aucun test PCR de Legionella approuvé par la FDA n’est disponible aux États-Unis. Le test mip PCR utilisé dans la présente étude s’est avéré sensible à 100 % et spécifique à 100 % pour L. pneumophila, y compris les isolats non sérogroupes 1, lors d’une évaluation publiée précédemment et réalisée dans notre établissement (12). La même sensibilité de 100 % a été rapportée par deux études (19, 20), avec des spécificités de 93 % et 100 % pour une PCR de Legionella spp. réalisée sur des échantillons de lavage broncho-alvéolaire. Cependant, on a observé que la culture était plus performante que la PCR sur les tissus (20). Une étude rétrospective menée aux Pays-Bas a rapporté une sensibilité de 92 % et une spécificité de 98 % pour une PCR ciblant le gène mip (21).
Pour l’étude actuelle, il y avait une bonne corrélation entre le test UAG et la PCR. Il y avait sept cas d’infection probable ou possible par Legionella où le test UAG était positif alors que la culture et/ou la PCR étaient négatives. Cette divergence entre les résultats peut être attribuée à la différence entre les types d’échantillons, car un échantillon respiratoire inadéquat entraînerait des résultats négatifs par culture et PCR. Malheureusement, les dossiers des patients n’étaient pas disponibles pour les deux cas avec des résultats positifs par PCR et négatifs par culture (antigène non réalisé).
En considérant les 32 cas pour lesquels des données cliniques étaient disponibles, le test de diagnostic de Legionella a permis de passer d’une antibiothérapie multi-agents à large spectre à une thérapie mono-agents dans 72% des cas, réduisant les effets indésirables potentiels, diminuant le coût et minimisant la sélection pour les organismes résistants aux antibiotiques. Bien que le test UAG puisse rester positif jusqu’à un an après le traitement, il existe des rapports de PCR devenant négatifs peu de temps après le début du traitement (22, 23), ce qui rend ce dernier utile si la signification d’un résultat antigénique positif n’est pas claire (voir le deuxième patient dans le tableau S1 dans le matériel supplémentaire).
Bien qu’un grand nombre de tests aient été commandés au cours de la période d’étude de 46 mois, seule une petite fraction des patients a eu deux méthodes de test ou plus effectuées où au moins un résultat de test était positif. Il y a eu 304 résultats positifs de tests UAG pour lesquels la culture et la PCR n’ont pas été réalisées et, par conséquent, les comparaisons entre les tests n’ont pas été faites. La prédominance des tests UAG reflète les directives de pratique actuelles de l’Infectious Diseases Society of America (IDSA) pour les pneumonies communautaires, qui recommandent le test antigénique comme test de diagnostic primaire pour les patients présentant des facteurs de risque de Legionella (8). Cependant, la conformité aux directives de l’IDSA pour le suivi de la culture en cas de tests UAG positifs était faible dans l’étude actuelle.
Une autre limite de la présente étude était que la plupart des échantillons provenaient de patients de l’Ohio, et que tous les échantillons provenaient des États-Unis. Théoriquement, la culture pourrait se révéler plus utile dans d’autres régions géographiques où la prévalence de Lp1 est plus faible. Cependant, en Nouvelle-Zélande où L. longbeachae représente 85% des Legionella spp. causant des pneumonies, seulement 46% des échantillons positifs par un test NAAT/probe optimisé pour L. longbeachae ont donné des isolats par culture (24).
En conclusion, nos résultats illustrent la difficulté d’évaluer l’utilité des tests de diagnostic pour une maladie à faible prévalence. Le test UAG était le test le plus couramment utilisé avec la sensibilité la plus élevée et le coût le plus bas, mais la performance peut être encore améliorée par la couverture d’un plus grand nombre de sérogroupes et d’espèces de Legionella (25). Bien que la culture soit recommandée pour détecter des souches qui seraient manquées par un antigène spécifique de Lp1 et une PCR de L. pneumophila, elle est techniquement exigeante et sa sensibilité est faible. La PCR est plus sensible que la culture mais son coût est cinq fois plus élevé. Des TAAN homologués par la FDA et ciblant toutes les Legionella spp. (seuls ou dans le cadre de tests multiplex pour d’autres agents pathogènes respiratoires) sont nécessaires pour remplacer la culture. La tendance actuelle à la consolidation des laboratoires, qui s’accompagne de retards dans le traitement des échantillons, pourrait rendre encore plus difficile la détection de Legionella par culture. Bien que les enquêtes épidémiologiques soient améliorées par la récupération d’isolats cliniques et environnementaux pour le typage des souches, le séquençage du génome entier pourrait supplanter les techniques basées sur la culture dans un avenir proche.
