Focus on coding regions of the genome
Whole Exome Sequencing (WES) oferece cobertura de mais de 95% dos exons, (as regiões expressas ou codificadoras de proteínas do genoma), que abrigam a maioria das grandes variantes genéticas e polimorfismos de nucleotídeos únicos (SNPs) associados aos fenótipos das doenças humanas.1 Das ~3 X 109 bases que compõem o genoma humano, apenas cerca de 1% é representado por sequências de codificação.1 Ao focar nesta porção mais relevante do genoma, a WES oferece aos investigadores a capacidade de utilizar recursos de sequenciação e análise de forma mais eficiente. A estratégia WES começa por reduzir os detalhes das variantes a serem estudadas através da filtragem contra bases de dados como o HapMap, a partir dos aproximadamente 3,5 milhões de SNPs identificados no projeto do genoma humano. Este enfoque permite uma forma mais simples de descoberta e validação de genes causadores e variantes comuns e raras. O sequenciamento de exomas provou ser útil na identificação de mutações envolvidas em doenças Mendelianas raras.2
Sequenciamento de todo o genoma (WGS) vs sequenciamento de todo o exoma
Bambos o WGS e o WES têm as suas próprias vantagens. A compreensão das grandes diferenças entre eles poderia ajudar a determinar qual método funcionaria melhor para um determinado propósito de pesquisa.
- WES cobre apenas as regiões expressas do genoma enquanto WGS fornece cobertura tanto para exons (as sequências expressas) quanto para introns (as sequências intervenientes)
- WES usa estratégias de enriquecimento com sondas contra regiões específicas de interesse enquanto WGS usa um genoma de referência para alinhamento de todas as sequências do genoma
- De acordo com o fato de que o genoma inteiro precisa ser sequenciado, WES é mais rentável que WGS
Porquê toda a sequência exome?
- Permite uma cobertura abrangente de exons para regiões genómicas clinicamente relevantes, incluindo locais associados a doenças conhecidas e regiões não traduzidas (UTRs)
- Aprimora o potencial de descoberta de variantes, incluindo mutações raras e de baixa frequência usando a tecnologia de sequenciação de próxima geração (NGS)
- Eliminar a necessidade de sequenciar todo o genoma, oferecendo uma alternativa económica ao WGS
WES pode ser útil em múltiplos cenários:
- Quando o gene causador é conhecido por uma doença específica (monogénico) e precisa de ser investigado para encontrar as variantes específicas
- Em casos em que o gene causador é desconhecido e precisa de ser investigado
- Em casos em que se suspeita que vários genes estão envolvidos numa doença específica (poligénico)
Como é que o WES funciona?
Durante a preparação da biblioteca, o DNA genómico é fragmentado e as regiões alvo são capturadas por hibridação usando sondas de oligonucleótidos biotinylated oligonucleotide probes in solution. As sequências alvo capturadas são isoladas usando contas de estreptavidina e, após lavagem e passos de eluição, são usadas para amplificação e sequenciamento subseqüentes.
Soluções de Sequenciamento de Roque oferece um conjunto completo de produtos para o preparo de amostras NGS, desde o CQ da amostra, enriquecimento do alvo até a quantificação da biblioteca que permite o preparo de bibliotecas de DNA de alta qualidade, essenciais para a obtenção de dados de sequenciamento de exomos inteiros de alta qualidade.
