Regering
Puerto Ricos politiska status beskrivs officiellt i konstitutionen från 1952 som en ”fritt associerad stat” inom det federala systemet i USA. Den amerikanska regeringens Puerto Rico-Federal Relations Act (1950), som behåller många bestämmelser från de tidigare lagarna Foraker (1900) och Jones (1917), definierar ytterligare relationerna mellan USA och Puerto Rico. Allmän rösträtt har varit i kraft sedan 1932 (12 år efter det att den infördes för det kontinentala USA); innan dess hade varken puertoricanska kvinnor eller analfabeter tillåtits rösta. Även om puertoricaner har varit amerikanska medborgare sedan 1917 kan de inte rösta i amerikanska presidentval, men de som är 18 år och äldre kan rösta på en bosatt kommissionär till det amerikanska representanthuset – som får tala men endast rösta i kommittéer. (Puertoricanerna betalar alltså ingen federal skatt, eftersom de saknar representation). Samväldets konstitution, som är utformad efter sin amerikanska motsvarighet, innehåller bestämmelser om verkställande, lagstiftande och dömande grenar av regeringen. Konstitutionen kan ändras av samväldet så länge dess artiklar inte strider mot den amerikanska konstitutionen eller Puerto Rico-Federal Relations Act.
Guvernören, som leder den verkställande makten, väljs genom direkt folkomröstning till en fyraårig mandatperiod och kan söka omval. Den lagstiftande församlingen består av senaten (Senado) och representanthuset (Cámara de Representantes), vars ledamöter väljs för fyraåriga mandatperioder och också kan omväljas. Enligt konstitutionen kan särskilda platser läggas till för att begränsa majoritetspartiets medlemskap till två tredjedelar i båda kamrarna. Lagstiftare från öns 8 senatorsdistrikt (med 2 senatorer vardera) och 40 representantdistrikt (med 1 representant vardera) väljs genom ett system med proportionell representation. Dessutom väljs 11 senatorer och 11 representanter direkt i allmänna val. Ön är vidare indelad i 78 kommuner, som var och en styrs av en borgmästare och ett fullmäktige som väljs direkt för fyraåriga mandatperioder.
Puerto Ricos rättssystem leds av öns högsta domstol (Tribunal Supremo), vars sex domare utnämns till livstidsdomare av guvernören på inrådan och med samtycke av samväldets senat. Det finns 12 överdomstolar och ett stort antal kommunala domstolar. En amerikansk distriktsdomstol har jurisdiktion över tillämpningen av federala lagar i Puerto Rico, och överklaganden kan föras till USA:s högsta domstol i Washington D.C. Korruptionsnivån i det puertoricanska rättssystemet är förmodligen inte värre än den som finns i USA. Även om öns fängelser är överfulla och i sämre skick än USA:s fängelser är de generellt sett bättre än de som finns i andra delar av Latinamerika.
Puerto Rico har tre stora politiska partier, som alla förespråkar en annan politisk status för ön. De två ledande partierna är Demokratiska folkpartiet (Popular Democratic Party), som stöder en fortsatt status som samvälde, och Nya progressiva partiet (New Progressive Party), som förespråkar en amerikansk delstat. Tillsammans har dessa två partier fått praktiskt taget alla röster i valen sedan slutet av 1900-talet. Det puertoricanska självständighetspartiet, som fick en femtedel av rösterna 1952, stöds av cirka 5 procent av väljarkåren.