Många egyptiska gudar och gudinnor började på en plats och hade under hela sin historia en egen stad där de dyrkades, och många stora städer och orter är kända som sina gudars eller gudinnors hemstäder. Inga lokala städer där Isis dyrkades har dock hittats; under hela hennes tidiga historia finns det inga kända tempel för henne. Tillbedjan av Isis började inte förrän så sent som under den 30:e dynastin; fram till dess dyrkades Isis i tempel för andra gudar eller gudinnor. Även under den 30:e dynastin dyrkades dock Isis tillsammans med Horus och Osiris. Tempel till Isis blev vanliga under romartiden. Det byggdes ett tempel till henne i Philae.
Vid den här tiden började tempel till Isis spridas utanför Egypten. På många platser tog hennes anhängare över dyrkan av den semitiska gudinnan Astarte, på grund av namnlikheten. Under den hellenistiska eran blev hon också den gudinna som skyddade sjömännen.
I alla delar av den grekisk-romerska världen blev Isis en av de viktigaste figurerna i ”mysteriereligionerna”, och många klassiska författare skrev ibland om hennes tempel och anhängare. Tempel till Isis byggdes i Irak, Grekland, Rom och till och med så långt norrut som i England där resterna av ett tempel hittades vid Hadrianus mur. I Philae dyrkades hon fram till 600-talet, efter kristendomens uppkomst. Fallet av hennes tempel brukar sägas markera slutet för det gamla Egypten.
