Zuhlsdorf föddes i Minneapolis, Minnesota, 1959. Som ung man studerade han vid University of Minnesota. Han var tidigare lutheran, men säger att hans omvändelse till katolicismen sattes igång efter att ha hört ett stycke helig polyfoni på radion. Han prästvigdes i Rom av påven Johannes Paulus II den 26 maj 1991.
Efter prästvigningen deltog Zuhlsdorf i det patristiska institutet Augustinianum, som gav honom en licentiat i helig teologi.
Senare blev Zuhlsdorf veckokrönikör för den traditionalistiska tidningen The Wanderer, och han har framträtt på EWTN och Fox News Channel. Sedan 2011 har han skrivit en veckokrönika för Catholic Herald i Storbritannien. Han är mest känd för sin blogg Fr. Z’s Blog (tidigare benämnd: What Does the Prayer Really Say?), där han kommenterar katolsk tradition och aktuella kyrkliga händelser, förespråkar ett vördnadsfullt firande av de båda auktoriserade formerna av mässans liturgi i den romerska riten, den efter andra Vatikankonciliet och den tridentinska formen från 1962, och förespråkar en ökning av botens sakrament. ”The Staggers”, bloggen för den brittiska tidskriften New Statesman, listade Zuhlsdorfs webbplats som en av de tio bästa kristna bloggarna i världen.
I september 2017 skrev Zuhlsdorf, efter att ha skrivit ett inlägg med titeln ”Should a seminary headline a homosexualist activist as a speaker?”, ett inlägg om ett kommande föredrag av fader James Martin, SJ, vid Theological College, ett seminarium som ligger vid, men är fristående från Catholic University of America. Martin blev föremål för kritik på nätet. Två dagar efter att inlägget publicerades drog Theological College tillbaka Martins inbjudan. Catholic University of America utfärdade ett uttalande där man fördömde beslutet att avbryta.
I januari 2021 blev Zuhlsdorf inblandad i en offentlig tvist om hans utförande av en livestreamad exorcism mot deltagare i 2021 års rösträkning i USA:s elektorskollegium. Han sade att han hade fått tillstånd av sin lokala ordinarie, biskop Donald J. Hying, biskop i stiftet Madison, att genomföra exorcismen i samband med valet. Hying bestred dock detta uttalande och sade att han hade gett Zuhlsdorf tillstånd att be exorcism mot COVID-19-pandemin, och inte för politisk verksamhet.
Zuhlsdorf är ordförande för Tridentine Mass Society of Madison, Wisconsin.
Den 16 januari 2021 meddelade stiftet i Madison att Zuhlsdorf hade kommit fram till ett ömsesidigt beslut tillsammans med Hying om att han skulle lämna sitt ämbete där, och flytta till en icke namngiven ny plats. Han är fortfarande i god kanonisk ställning och har för avsikt att fortsätta att skriva sin blogg. Enligt kanonisk lag kommer han att behöva erhålla fakulteter från en annan biskop innan han börjar tjänstgöra i hans jurisdiktion.
