Kabuki-za öppnades ursprungligen av en journalist från Meiji-eran, Fukuchi Gen’ichirō. Fukuchi skrev kabukidramer som Ichikawa Danjūrō IX och andra spelade huvudrollerna i. Vid Danjūrōs död 1903 drog sig Fukuchi tillbaka från ledningen av teatern. Teatern drivs nu av Shochiku Corporation som tog över 1914.
Den ursprungliga Kabuki-za var en träkonstruktion som byggdes 1889 på mark som antingen hade varit residens i Tokyo för Hosokawa-klanen i Kumamoto eller för Matsudaira-klanen i Izu.
Byggnaden förstördes den 30 oktober 1921 av en elektrisk brand. Rekonstruktionen, som påbörjades 1922, utformades för att ”vara brandsäker, men ändå bära traditionell japansk arkitektonisk stil”, samtidigt som man använde västerländska byggnadsmaterial och belysningsutrustning. Rekonstruktionen hade inte slutförts när den återigen brann ner under den stora Kantō-jordbävningen 1923. Återuppbyggnaden avslutades slutligen 1924.
Teatern förstördes ännu en gång av allierade bombningar under andra världskriget. Den restaurerades 1950 med bevarandet av stilen från 1924 års återuppbyggnad och var tills nyligen en av Tokyos mer dramatiska och traditionella byggnader.
Strukturen från 1950 revs våren 2010 och återuppbyggdes under de följande tre åren. Som skäl för återuppbyggnaden angavs bland annat oro över byggnadens förmåga att överleva jordbävningar samt tillgänglighetsfrågor. En serie avskedsföreställningar med titeln Kabuki-za Sayonara Kōen (歌舞伎座さよなら公演, ”Kabuki-za Farewell Performances”) hölls från januari till april 2010, varefter kabukiföreställningar ägde rum i den närbelägna Shinbashi Enbujō och på andra ställen fram till öppnandet av det nya teaterkomplexet, som ägde rum den 28 mars 2013.
