Konflikten inleddes den 3 maj 1919 när afghanska trupper korsade gränsen i västra änden av Khyberpasset och intog staden Bagh. Bagh var strategiskt viktig för britterna och indierna eftersom den försåg Landi Kotal med vatten, som vid den tiden endast hade två kompanier med trupper från den brittisk-indiska armén som garnison. Även om attacken till en början betraktades som en mindre överträdelse av gränsen var den i själva verket en del av en bredare invasionsplan. Av någon anledning hade attacken dock inletts tidigare än planerat, eftersom Amanullah ursprungligen hade tänkt att den skulle sammanfalla med ett uppror som planerades i Peshawar för den 8 maj. Detta tjänade till att varna den brittiske överkommissarien för nordvästra gränsen, Sir George Roos-Keppel, som hade fått kännedom om planen och som ett resultat av detta kunde han framgångsrikt övertyga vicekungen, Lord Chelmsford, om behovet av att reagera på ockupationen av Bagh innan den ledde till ytterligare oroligheter i Peshawar.
Som svar på detta förklarade den brittisk-indiska regeringen krig mot Afghanistan den 6 maj och beordrade en allmän mobilisering av de brittiska och indiska styrkorna. Därefter beslutades att de två kompanier av sikher och gurkhas som hade skickats till Landi Kotal behövde förstärkas, men mobiliseringsprocessen hade precis börjat och i det skedet fanns det bara en bataljon tillgänglig för detta, så den 7 maj fördes 2:a bataljonen, Somerset Light Infantry, upp i hemlighet genom Khyberpasset ombord på en konvoj med 37 lastbilar.
Under tiden kastades en avspärrning runt Peshawar och krav ställdes på att befolkningen skulle överlämna upprorets ledare. Under hot om att stadens vattenförsörjning skulle stängas av, följde invånarna och i gryningen den 8 maj var situationen i staden under kontroll och hotet om ett uppror minskade.
I det här skedet fanns fler förstärkningar tillgängliga och garnisonen i Landi Kotal växte till brigadstorlek i och med ankomsten av resten av 1:a infanteribrigaden under ledning av brigadör G.D. Crocker. Den 9 maj inledde de brittiska och indiska trupperna en attack mot de afghaner som hade intagit Bagh veckan innan. Anfallet misslyckades dock då brigadchefen beslutade att dela upp sina styrkor och avdela nästan halva sin styrka för att skydda sin flank och som ett resultat av detta kunde han inte uppnå den nödvändiga kraftkoncentrationen för att erövra alla sina mål. Samtidigt med detta genomförde tre BE2c-flygplan från Royal Air Force en bombattack mot Dacca i Afghanistan och attackerade en grupp fientliga stammar.
Efter detta skickades 2:a och 3:e infanteribrigaden från 1:a infanteridivisionen från Nowshera och Abbottabad och koncentrerades till Jamrud och Kacha Garhi. Samtidigt flyttade 6:e brigaden från 2:a infanteridivisionen upp till Peshawar från Rawalpindi för att hjälpa till att stävja oroligheterna där. Två dagar senare, den 11 maj, genomfördes en andra attack mot Bagh av 1:a och 2:a infanteribrigaderna under generalmajor Fowler, och den här gången var den framgångsrik. Anfallet stöddes av 22 maskingevär och 18 artilleripjäser och föregicks av ett trettio minuter långt förberedande bombardemang innan det genomfördes av 2:a bataljonen från North Staffordshire Regiment och två bataljoner från 11:e gurkhas, som stormade in i de afghanska positionerna med bajonetter uppsatta och drev dem in i nedre Khyber, där de utsattes för ytterligare indirekt eld från bergskanoner som hade placerats ut i ett bakhåll. När afghanerna tvingades tillbaka över gränsen följde RAF efter dem och genomförde ett antal bombningar. Räddningen var total och stammar som annars hade kunnat förväntas gå till motattack till stöd för afghanerna avstod från att göra det, och i stället inriktade de sina ansträngningar på att plundra slagfältet och samla in de vapen och den ammunition som de retirerande afghanerna hade lämnat kvar. Förlusterna under slaget, som senare blev känt som det andra slaget vid Bagh, uppgick till 100 dödade och 300 sårade afghaner, medan de brittiska och indiska styrkorna förlorade åtta dödade och 31 sårade.
Och även om Amanullah fortsatte att hävda att han inte hade några obehagliga avsikter beslutade Roos-Keppel att det var klokt att fortsätta framryckningen och beordrade armén att förfölja afghanerna över gränsen. Den 13 maj tog brittiska och indiska trupper kontroll över västra Khyber utan motstånd och ockuperade Dacca, men det brittiska lägret var dåligt placerat för att försvara sig och som en följd av detta utsattes de för en intensiv långdistansartillerispärr från afghanskt artilleri innan Amanullah inledde ett infanteriangrepp mot dem. Detta angrepp besegrades och britterna inledde en motattack dagen därpå, men de lyckades inte befästa sin position, vilket ledde till att det dröjde till den 17 maj innan området säkrades och afghanerna drog sig tillbaka.
Under tiden hade brittiska och indiska styrkor dagen innan inlett ett angrepp på ”Stonehenge Ridge”, där en afghansk styrka på cirka 3 000 man hade etablerat sig med ett antal artilleripjäser och maskingevär. I skydd av ett preliminärt bombardemang för att mjuka upp det afghanska försvaret hade män från 11:e sikh-truppen inlett det inledande angreppet, men de tvingades avbryta attacken när ammunitionen tog slut klockan 08.00. Även om en ny leverans skedde klockan 10.30, var det inte förrän klockan 14.00 som attacken kunde återupptas. Vid den här tiden var trupperna utsatta för dagens hetta, men efter att ytterligare en spärreldning hade avfyrats attackerade sikherna den afghanska linjen trots hettan och attacken fördes fram till toppen av åsen. När de nådde branten fann de att afghanerna hade lämnat slagfältet och lämnat det mesta av sin utrustning, sitt artilleri och ett antal standar. Under anfallet förlorade de brittiska och indiska styrkorna 22 stupade och 157 sårade, medan de afghanska förlusterna uppskattades till cirka 200 stupade och 400 sårade.
Vid den här tiden uppstod dock problem i den brittiska bakre delen längs deras kommunikationslinje genom Khyber, där Khyber Rifles började bli missnöjda med situationen och började desertera i massor. Till följd av detta beslutade man att avväpna och upplösa regementet i ett försök att stoppa spridningen av liknande känslor till andra regementen. Efter detta beslutade Lord Chelmsford att situationen kunde lösas genom att fortsätta framryckningen längre in i Afghanistan och gav order till brigaden i Dacca att marschera mot Jalalabad, men denna order kunde inte genomföras eftersom striderna bröt ut längre söderut och i östra Khyber.
Som en del av angreppet mot Khyber hade sekundära angrepp planerats mot Quetta och Kurram, och i norr i delstaten Chitral och i söder i Baluchistan och Zhob-dalen. Den 23 maj måste de brittiska posterna runt Kurramdalen överges. Dagen därpå attackerade Handley Page-bombare Kabul; det gjorde dock föga för att hejda strömmen, och försörjningssituationen i Landi Kotal förvärrades.
Den 27 maj beslöt den brittiske befälhavaren i Quetta att attackera den afghanska fästningen vid Spin Baldak, och erövrade den (sista gången som den brittiska armén använde sig av en eskaleringsmetod), och tog på så sätt initiativet i söder; läget i krigszonens mitt, kring Kurram, förblev dock desperat för britterna. De afghanska styrkorna i detta område stod under ledning av general Nadir Khan och han hade en styrka på cirka 14 bataljoner. Britterna i Thal, under brigadgeneral Alexander Eustace, hade däremot bara fyra bataljoner. För att göra saken ännu värre var de enda trupper som skyddade den övre Tochi-dalen de missnöjda nordwaziristanska miliserna. Eustace var orolig för att de skulle resa sig mot honom om de lämnades åt sig själva och gav order om att överge milisens utposter, men i och med detta påskyndade han många av milismännen att desertera. Detta missnöje spred sig och milisen i södra Waziristan i Wana vände sig mot sina officerare och de män som hade förblivit lojala och attackerade dem. De överlevande, under major Russell, kommendanten, tvingades kämpa sig fram till en kolonn från norra Zhob-milisen som hade skickats ut för att avlösa dem.
Med tanke på att situationen försämrades för britterna och för att han såg ett tillfälle beslutade Nadir Khan att attackera Thal. Eftersom Frontier Constabulary hade övergivit sina poster kunde afghanerna natten mellan den 28 och 29 maj inta ett torn 500 yards (460 m) från fortet och därifrån kunde de sätta eld på ett antal matförråd. Detta gjorde situationen i fortet allvarlig, eftersom försörjningsläget redan hade varit dåligt. Andra faktorer talade också emot britterna. Eustaces styrka var underlägset i antal och underlägset med vapen. Han hade inget reguljärt brittiskt infanteri och hans fyra bataljoner var oerfarna indiska förband som huvudsakligen bestod av unga rekryter. Efter att ha slagit tillbaka ett infanteriangrepp den 29 maj utsattes garnisonen dagen därpå för ett tungt bombardemang från afghanska kanoner. Som ett resultat av detta beslutade britterna att föra upp den 16:e infanteridivisionen, bestående av 45:e och 46:e infanteribrigaderna, till Peshawar från Lahore i syfte att avancera mot Jalalabad och låta den flytta upp till Kurram. Medan en del av divisionen avdelades för att försvara Kohat, gav sig den 45:e infanteribrigaden under brigadgeneral Reginald Dyer – som hade stått i centrum för massakern i Amritsar – iväg för att avlösa Eustaces styrka vid Thal. Dyers styrka bestod av endast en brittisk bataljon, 1st/25th London Regiment, samt Dogras, Punjabis och Gurkhas, och eftersom de saknade ransoner och inte hade något transportmedel tvingades de marschera genom intensiv hetta för att genomföra avlösningen.
Trots förhållandena tog de brittiska och indiska trupperna under Dyers befäl sig dock an uppgiften och tog de sista 29 km på mindre än 12 timmar och den 1 juni stötte de på en blockeringsstyrka av stamfolk som spärrade av både den norra och den södra infarten till Thal. Dyer attackerade båda ändarna med sitt artilleri, medan han skickade sitt infanteri mot den södra infarten. Eftersom de inte kunde stå emot angreppet drog sig stamfolket tillbaka och därmed var vägen fram till Eustaces garnison fri. Under belägringen drabbades britterna av 94 förluster, varav åtta dödades, fyra dog av sår och 82 sårades.
Dagen därpå, den 2 juni, i gryningen inledde Dyers brigad ett anfall mot de afghanska reguljära styrkorna som var placerade långt väster om Thal och när anfallet gick in skickade Nadir Khan ut ett sändebud för att överlämna ett meddelande till brigadchefen. Meddelandet berättade för Dyer att Amir Amanullah hade beordrat Nadir Khan att upphöra med fientligheterna och Nadir Khan bad Dyer att bekräfta att han skulle uppfylla den begäran om vapenstillestånd som Amanullah hade skickat till den brittisk-indiska regeringen den 31 maj. Ovetande om att denna begäran hade gjorts och osäker på om meddelandet och begäran om eld upphör var ett knep från Nadir Khans sida, beslutade Dyer att han inte skulle ta några risker och skickade svaret: ”Mina kanoner kommer att ge ett omedelbart svar, men ditt brev kommer att vidarebefordras till divisionschefen”.
Efter detta fortsatte Dyer sin attack och när Nadir Khans styrka drog sig tillbaka från området följde Dyer upp dem med kavalleri och pansarbilar från 37th Lancers, medan RAF med hjälp av maskingevär och järnbomber attackerade och förskingrade cirka 400 stammedlemmar som befann sig i området och som utgjorde ett hot om motattack.
Den 3 juni intogs det afghanska lägret i Yusef Khel av två plutoner från 1st/25th London och två trupper från 37th Lancers med stöd av en sektion kanoner från 89th Battery, och kort därefter undertecknades vapenstilleståndet. I och med detta trädde ett eldupphör i kraft, men vissa strider fortsatte dock, särskilt i Chitral och i norra Baluchistan, och det var inte förrän den 8 augusti 1919 som uppgörelsen slutligen avslutades när fördraget i Rawalpindi undertecknades.
