Työssään Mayr liittää erilaiset lähestymistavat lajikäsitteeseen filosofiseen eroon essentialismin ja nominalismin välillä. Essentialismiin hän liittää näkemyksen, jonka mukaan lajikäsitteellä viitataan universaaliin tai tyyppiin. Tämä näkemys käsitteen referenssistä johtaa typologiseen lajikäsitykseen, jonka Mayr jäljittää Linnaeuksesta Platoniin ja Aristoteleeseen ja jonka hän väittää ”olevan nykyään yleisesti hylätty” (1976 516). On syytä huomata, että Mayrin ”TypologicalSpecies Concept” -käsitteen historiallinen ja filosofinen uskottavuus on asetettu vakavasti kyseenalaiseksi (ks. esim. Lennox 1987, uudelleenjulkaisu teoksessa Lennox 2001b, Winsor 2001, 2006, Walsh 2006, Wilkins 2009). Vastakkaisessa ääripäässä on nominalismi, jossa yhdistyy näkemys, jonka mukaan vain yksilöt ovat luonnossa olemassa ja että lajit ovat käsitteitä, jotka on keksitty näiden yksilöiden kollektiivista ryhmittelyä varten.
Mayr väittää, että hänen biologinen lajikäsityksensä (Biological Species Concept, BSC) on edistysaskel kumpaankin nähden; yksittäiset lajinjäsenet ovat objektiivisesti yhteydessä toisiinsa, ei jaetun suhteen kautta johonkin tyyppiin, vaan kausaalisten ja historiallisten suhteiden kautta toisiinsa. Näin ollen hänen voidaan ymmärtää puolustavan uutta, objektiivista tapaa ymmärtää epistemologiset perusteet yksilöiden ryhmittelylle lajeihin. Tässä uudessa ryhmittelytavassa korostetaan yksilöiden välisiä historiallisia, geneettisiä ja vaihtelevia ekologisia suhteita perusteina lajin jäsenyyden määrittelylle. Hänen mukaansa tämä on luotettavampaa ja objektiivisempaa kuin fenotyyppisten ominaisuuksien samankaltaisuus. Tämä selittää sen merkityksen, jonka hän lopulta antaa sille, että BSC määrittelee lajit suhteellisesti:
…species are relationally defined. Sana laji vastaa hyvin läheisesti muita relationaalisia termejä, kuten esimerkiksi sanaa veli. … Ollakseen erilainen laji ei ole kysymys eron asteesta vaan relationaalisesta erillisyydestä.(Mayr 1976, 518)
Mayr pitää mielessä, että veljekset voivat näyttää tai olla näyttämättä samalta; kysymys siitä, ovatko kaksi ihmistä veljeksiä, määräytyy heidänhistoriallisten ja geneettisten siteidensä perusteella, jotka liittyvät yhteiseen syntyperään. Huomaa kuitenkin, että kyseessä on väite siitä, mitkä ominaispiirteet niiden monien ominaisuuksien joukosta, joita heillä on, olisi otettava vakavimmin huomioon määrittelemättä käsitteen ”veli” sovellettavuutta heihin. Toisin sanoen kyseessä on eräänlaisen essentialismin puolustaminen.
Monet kriitikot ovat huomauttaneet, että essentialismin ei tarvitse sitoutua ”tyyppeihin”, jotka ymmärretään universalia inre -käsitteenä; ja tietyissä essenssiajatteluissa mikä tahansa lajitaksoni, joka täyttää BSC:n standardit, tekee niin tiettyjen olennaisten (vaikkakin relationaalisten ja historiallisten) ominaisuuksiensa ansiosta. Toisessa ääripäässä Michael Ghiselin ja David Hull ovat väittäneet, että tämä lajien kausaalinen/historiallinen rakenne antaa ainakin evoluutiobiologiassa perusteet pitää lajeja yksilöinä. Eliöt eivät ole luokan tai joukon jäseniä, vaan fylogeneettisen yksikön ”osia”. Denis Walsh on hiljattain väittänyt, että eräänlainen ”evolutiivinen essentialismi”, joka muistuttaa hämmästyttävän paljon Aristoteleen koulutieteellisen työn essentialismia, sisältyy implisiittisesti useiden evolutiivisen kehityksen teoreetikkojen työhön (Walsh, 2006).
Kriittinen kysymys tässä keskustelussa darwinismiin parhaiten soveltuvasta lajin käsitteen kuvauksesta on se, missä määrin biologisen luokitteluprosessin – taksonomian – tulisi ottaa huomioon biologisen teorian edistysaskeleet. Robert Brandonin ja Brent Mischlerin edustaman maltillisen pluralismin tai Philip Kitcherin puolustaman radikaalimman pluralismin mukaan biologisten tieteiden erilaiset selitystavoitteet edellyttävät erilaisia kriteerejä sen määrittämiseksi, muodostaako ryhmä lajin. Kladistit puolestaan käyttävät tiukasti määriteltyjä fylogeneettisiä testejä lajiluokan määrittämiseksi (ks. Rheins 2011).
Toisin kuin monissa muissa darwinismin historiaa määrittävissä aiheissa, tässä kysymyksessä ei ole selkeää kantaa, joka voitaisiin määritellä ”darwinistiseksi” tai ”uusdarwinistiseksi”. Tuoreessa artikkelikokoelmassa, jossa puolustetaan useimpia tällä hetkellä esitettyjä vaihtoehtoja (Ereshefsky1992), epäilen, että lähes jokainen kokoelman kirjoittaja identifioi itsensä darwinistiksi. Tämä saattaa johtua siitä, että niin erilaisia kuin ne ovatkin, useiden tällä hetkellä puolustettavien kantojen juuret ovat Darwinin omassa teoriassa ja käytännössä (ks. Beatty 1985; uudelleen painettu teoksessa Ereshefsky 1992).
