16-vuotiaana hän lopetti koulunkäynnin ja liittyi ilmavoimiin valehtelemalla ikänsä. Hänen taitonsa keksiä outoja tarinoita ja esittää niitä eri murteilla sai jotkut hänen joukkojensa jäsenet päättelemään, että hän oli ”flippaamassa”. Pian kaikki kutsuivat häntä Flipiksi. Hänen komentava upseerinsa, valkoinen etelävaltiolainen majuri, suostutteli hänet jatkamaan opiskelua ja ottamaan konekirjoituskursseja, ja hän alkoi kirjoittaa komediamateriaalia. Kun hänet kotiutettiin vuonna 1954, hän oli päättänyt yrittää ansaita elantonsa koomikkona.
Eräässä San Franciscossa sijaitsevassa hotellissa, jossa hän työskenteli portsarina, hän pyysi hotellinjohtajalta lupaa kokeilla koomista sketsiä hotellin yökerhon tanssiesitysten välissä. Ensimmäisen illan jälkeen hän esiintyi säännöllisesti.
Kahdeksan seuraavan vuoden ajan Wilson kierteli ympäri maata esiintyen mustien klubeilla ja teattereissa, joissa hän hioi taitojaan ja vaiensi väittelijöitä repliikeillä, kuten: ”Kun me otamme vallan, meidän on tapettava myös joitakin meistä.” ”Kun me otamme vallan, meidän on tapettava myös joitakin meistä. 1960-luvun puoliväliin mennessä hän oli saapunut New Yorkiin, jossa hän esiintyi usein koomikkona ja seremoniamestarina Harlemin Apollo Theaterissa. Hänen suuri läpimurtonsa tapahtui vuonna 1965, kun Johnny Carson kysyi Redd Foxxilta, kuka on hauskin koomikko. ”Flip Wilson”, Foxx vastasi epäröimättä.
Carson varasi Wilsonin heti Tonight Show’hun, jossa hän menestyi ja hänet kutsuttiin usein takaisin. Nämä esiintymiset johtivat varauksiin ”Rowan and Martin’s Laugh-In” -ohjelmassa (kaikki saivat matkia Wilsonin lukemista ”Heah come de judge!”), ”The Ed Sullivan Show’ssa” ja Mike Douglasin ja Merv Griffinin show’ssa sekä yökerhoihin New Yorkin Bitter Endissä, Village Gatessa, Rainbow Grillissä ja Latinalaisessa Korttelissa sekä San Franciscossa nälkäisessä i:ssä. Wilson sai televisio-erikoisnäytöksen 1968 ja oman varietee-ohjelman 1970. Vuoteen 1972 mennessä hänen tulonsa olivat nousseet yli miljoonaan dollariin vuodessa.
Vaikka hän nousi julkisuuteen aikana, jolloin kansakuntaa raastivat rotujännitteet, kaupunkimellakat ja mustan vallan vaatimus, hän keskittyi edelleen komiikan kevyempään puoleen. ”Se, mitä Flip Wilson on saanut aikaan, on melkein uskomatonta mustien panttereiden ja julman retoriikan aikana”, kriitikko John Leonard kirjoitti Life-lehdessä. ”Hän on ottanut uhan pois mustuuden tosiasioista.”’
Toisat kriitikot ylistivät häntä huumorista, jossa ”ei ollut häivääkään rasistista vihamielisyyttä”, toiset taas arvostelivat häntä siitä, että hän oli ”puolustanut mustuuttaan.”’
