Monet egyptiläiset jumalat ja jumalattaret saivat alkunsa yhdestä paikasta, ja koko historiansa ajan heillä oli oma kaupunkinsa, jossa heitä palvottiin, ja monet suuret kaupungit ja paikkakunnat tunnetaan jumalansa tai jumalattarensa kotikaupunkina. Ei ole kuitenkaan löydetty yhtään paikallista kaupunkia, jossa Isistä olisi palvottu; koko hänen varhaishistoriansa ajalta ei tunneta hänen temppeleitään. Isiksen palvonta alkoi vasta 30. dynastian aikana; siihen asti Isistä palvottiin muiden jumalien tai jumalattarien temppeleissä. Kuitenkin jo 30. dynastian aikana Isistä palvottiin yhdessä Horuksen ja Osiriksen kanssa. Isiksen temppelit yleistyivät roomalaisaikana. Hänelle rakennettiin temppeli Philaeen.
Tähän aikaan Isiksen temppelit alkoivat levitä Egyptin ulkopuolelle. Monin paikoin hänen seuraajansa ottivat haltuunsa seemiläisen jumalatar Astarten palvonnan nimien samankaltaisuuden vuoksi. Hellenistisellä aikakaudella hänestä tuli myös merenkulkijoita suojeleva jumalatar.
Ympäri kreikkalais-roomalaista maailmaa Isiksestä tuli yksi ”mysteeriuskontojen” tärkeimmistä hahmoista, ja monet klassiset kirjailijat kirjoittivat toisinaan hänen temppeleistään ja seuraajistaan. Isikselle rakennettiin temppeleitä Irakissa, Kreikassa, Roomassa ja jopa Pohjois-Englannissa, jossa Hadrianuksen muurilta löytyi temppelin jäänteitä. Philaessa Isistä palvottiin aina 6. vuosisadalle asti, kristinuskon nousun jälkeen. Hänen temppeliensä kaatumisen sanotaan yleensä merkitsevän muinaisen Egyptin loppua.
