John Donne syntyi varakkaalle lontoolaiselle rautakauppiaalle (jonka nimi oli myös John Donne) vuonna 1572. Donnen vanhemmat olivat katolisia, ja nuorta Johnia kouluttivat jesuiitat. Hänen isänsä kuoli, kun hän oli nuori, ja hänen äitinsä Elizabeth kasvatti hänet.
11-vuotiaana John Donne meni Hart Halliin Oxfordin yliopistoon, jossa hän opiskeli kolme vuotta ja jatkoi sitten Cambridgen yliopistoon vielä kolmeksi vuodeksi. Donne ei suorittanut tutkintoa kummassakaan yliopistossa, koska katolilaisena hän ei voinut vannoa vaadittua supervalaa valmistumisen yhteydessä.
Cambridgen jälkeen Donne opiskeli lakia Lincoln’s Innissä Lontoossa. Hänen uskonsa järkkyi pahasti, kun hänen nuorempi veljensä Henry kuoli vankilassa, jonne hänet oli lähetetty katolisen papin suojelemisesta. Donnen ensimmäinen kirjallinen teos, satiirit, syntyi tänä aikana. Sitä seurasi Songs and Sonnets. rakkausrunokokoelma, joka nautti huomattavaa menestystä yksityisen levityksen kautta.
Donne sai mukavan perinnön, jonka hän ryhtyi tuhlaamaan tuhlailevasti ”viiniin, naisiin ja lauluun”. Hän osallistui Essexin jaarlin hyökkäykseen Cádiziin vuonna 1596 ja seuraavana vuonna Azoreille suuntautuneeseen retkikuntaan.
Palattuaan Donne ryhtyi suuren sinetin lordin, sir Thomas Egertonin yksityissihteeriksi. Hänen mahdollisuutensa uralla etenemiseen tuhoutuivat, kun hän nai salaa Anne Moren, Sir George Moren tyttären. Annen raivostunut isä heitti Donnen Fleet-vankilaan useiksi viikoiksi, ja Egerton erotti hänet virastaan.
Donnen avioliitto oli onnellinen jatkuvista taloudellisista huolista huolimatta. Tyypillisellä vitsikkyydellä Donne kuvaili elämäänsä Annen kanssa seuraavasti: ”John Donne, Anne Donne, Undone”. Lopulta vuonna 1609 George More saatiin taipumaan ja maksamaan tyttärensä myötäjäiset. Sillä välin Donne työskenteli lakimiehenä ja tuotti teoksen Divine Poems (1607).
Donnen lopullinen irtiotto katolisesta menneisyydestään tapahtui, kun hän julkaisi teokset Pseudomarttyyri (1610) ja Ignatius hänen konklaavinsa. Näillä teoksilla hän saavutti kuningas Jaakobin suosion, joka painosti häntä ottamaan anglikaaniset tilaukset. Donne suostui vastahakoisesti, ja vuonna 1615 hänet nimitettiin kuninkaalliseksi kappalaiseksi, ja seuraavana vuonna hän sai Lincoln’s Innin jumaluusopin lukijan viran. Siellä hänen kiihkeä nokkeluutensa ja oppineisuutensa tekivät Donnesta yhden aikansa suosituimmista saarnaajista.
Silloin vuonna 1617 Anne Donne kuoli synnyttäessään pariskunnan 12. lasta. Hänen kuolemansa vaikutti suuresti Donneen, vaikka hän jatkoi kirjoittamista, erityisesti Pyhiä sonetteja (1618).
Vuonna 1621 Donne nimitettiin Pyhän Paavalin kirkon dekaaniksi, ja tätä virkaa hän hoiti loppuelämänsä ajan. Viimeisinä vuosinaan Donnen runoissa näkyy pakkomielle omaan kuolemaan, joka tapahtui 31. maaliskuuta 1631.
John Donne muistetaan runojensa nokkeluudesta ja runollisuudesta, vaikka omana aikanaan hänet tunnettiin yhtä lailla lumoavista saarnoistaan ja saarnaamistyylistään.
Sivuhuomautuksena mainittakoon, että Donnen muistomerkki Pyhän Paavalin katedraalissa oli ainoa muistomerkki, joka säilyi hengissä suuressa tulipalossa, joka tuhosi vanhan katedraalin vuonna 1666. Se on nykyään nähtävissä uudessa Pyhän Paavalin katedraalissa.
