Kabuki-zan avasi alun perin Meiji-kauden toimittaja Fukuchi Gen’ichirō. Fukuchi kirjoitti kabukidraamoja, joissa Ichikawa Danjūrō IX ja muut näyttelivät; Danjūrōn kuoltua vuonna 1903 Fukuchi vetäytyi teatterin johtamisesta. Nykyään teatteria johtaa Shochiku Corporation, joka otti sen haltuunsa vuonna 1914.
Alkuperäinen Kabuki-za oli puurakennus, joka rakennettiin vuonna 1889 tontille, joka oli ollut joko Kumamotosta kotoisin olevan Hosokawa-klaanin tai Izusta kotoisin olevan Matsudaira-klaanin Tokion-residenssi.
Rakennus tuhoutui 30. lokakuuta 1921 sähköpalossa. Vuonna 1922 aloitettu jälleenrakennus suunniteltiin siten, että se ”olisi paloturvallinen, mutta kantaisi perinteistä japanilaista arkkitehtuurityyliä”, mutta siinä käytettäisiin länsimaisia rakennusmateriaaleja ja valaistuslaitteita. Jälleenrakentamista ei oltu saatu päätökseen, kun rakennus paloi jälleen vuoden 1923 suuren Kantōn maanjäristyksen aikana. Uudelleenrakentaminen saatiin lopulta päätökseen vuonna 1924.
Teatteri tuhoutui jälleen kerran liittoutuneiden pommituksissa toisen maailmansodan aikana. Se restauroitiin vuonna 1950 säilyttäen vuoden 1924 jälleenrakennuksen tyyli, ja se oli viime aikoihin asti yksi Tokion dramaattisimmista ja perinteisimmistä rakennuksista.
Vuoden 1950 rakenne purettiin keväällä 2010, ja se rakennettiin uudelleen seuraavien kolmen vuoden aikana. Uudelleenrakentamisen syiksi mainittiin muun muassa huoli rakennuksen kyvystä selviytyä maanjäristyksistä sekä esteettömyysongelmat. Kabuki-za Sayonara Kōen (歌舞伎座さよなら公演, ”Kabuki-za jäähyväisnäytökset”) -nimellä kulkenut jäähyväisnäytösten sarja järjestettiin tammikuun ja huhtikuun 2010 välisenä aikana, minkä jälkeen kabuki-esityksiä pidettiin läheisessä Shinbashi Enbujōssa ja muualla uuden teatterikompleksin avajaisiin asti, jotka pidettiin 28. maaliskuuta 2013.
