Konflikti alkoi 3. toukokuuta 1919, kun afganistanilaiset joukot ylittivät rajan Khyberin solan länsipäässä ja valtasivat Baghin kaupungin. Bagh oli strategisesti tärkeä briteille ja intialaisille, sillä se tarjosi vettä Landi Kotalille, jonka varuskunnassa oli tuolloin vain kaksi komppaniaa Britannian Intian armeijan joukkoja. Vaikka hyökkäystä pidettiin aluksi vähäisenä rajarikkomuksena, se oli itse asiassa osa laajempaa hyökkäyssuunnitelmaa. Jostain syystä hyökkäys oli kuitenkin käynnistetty etuajassa, sillä Amanullahin tarkoituksena oli alun perin ajoittaa se samaan aikaan Peshawarissa 8. toukokuuta suunnitellun kansannousun kanssa. Tämä toimi hälytyksenä Luoteisrajan brittiläiselle pääkomissaarille Sir George Roos-Keppelille, joka oli saanut tietää suunnitelmasta, ja sen seurauksena hän pystyi menestyksekkäästi vakuuttamaan varakuningas lordi Chelmsfordin tarpeesta reagoida Baghin valtaukseen, ennen kuin se johti uusiin levottomuuksiin Peshawarissa.
Vastineena tähän Ison-Britannian Intian hallitus julisti 6. toukokuuta sodan Afganistania vastaan ja määräsi brittiläiset ja intialaiset joukot yleiseen liikekannallepanoon. Seuraavaksi päätettiin, että Landi Kotaliin lähetettyjä kahta sikhien ja gurkhojen komppaniaa oli vahvistettava, mutta mobilisointiprosessi oli kuitenkin vasta alkanut, ja siinä vaiheessa käytettävissä oli vain yksi pataljoona, joten 7. toukokuuta Somersetin kevyen jalkaväen 2. pataljoona tuotiin salaa Khyberin solan kautta 37 kuorma-auton saattueessa.
Sillä välin Peshawarin ympärille asetettiin eristyssulku ja väestöä vaadittiin luovuttamaan kapinan johtohenkilöt. Kaupungin vesihuollon katkaisemisella uhkailtiin, mutta asukkaat suostuivat, ja aamunkoitteessa 8. toukokuuta tilanne kaupungissa oli hallinnassa ja kansannousun uhka hälveni.
Tässä vaiheessa lisävahvistuksia oli jo saatavilla, ja Landi Kotalin varuskunta kasvoi prikaatin kokoiseksi, kun loputkin 1. jalkaväkiprikaatista saapuivat paikalle prikaatikenraali G.D. Crockerin johdolla. Toukokuun 9. päivänä britit ja intialaiset joukot aloittivat hyökkäyksen afgaaneja vastaan, jotka olivat vallanneet Baghin edellisellä viikolla. Hyökkäys kuitenkin epäonnistui, kun prikaatin komentaja päätti jakaa joukkonsa ja irrottaa lähes puolet joukostaan suojellakseen sivustaan, minkä seurauksena hän ei kyennyt saavuttamaan tarvittavaa voimien keskittämistä kaikkien tavoitteidensa valtaamiseksi. Samaan aikaan kolme kuninkaallisten ilmavoimien BE2c-konetta teki pommi-iskun Afganistanin Daccaan hyökäten vihamielisten heimolaisryhmän kimppuun.
Tämän jälkeen 1. jalkaväkidivisioonan 2. ja 3. jalkaväkiprikaati lähetettiin Nowsherasta ja Abbottabadista, ja ne keskittyivät Jamrudiin ja Kacha Garhiin. Samaan aikaan 2. jalkaväkidivisioonan 6. prikaati siirtyi Rawalpindistä Peshawariin auttamaan siellä vallitsevien levottomuuksien tukahduttamisessa. Kaksi päivää myöhemmin, 11. toukokuuta, kenraalimajuri Fowlerin johtamat 1. ja 2. jalkaväkiprikaati tekivät toisen hyökkäyksen Baghiin, ja tällä kertaa se onnistui. Hyökkäystä edelsi 22 konekiväärin ja 18 tykistön kanuunan tukema kolmenkymmenen minuutin valmistava pommitus, jonka jälkeen North Staffordshiren rykmentin 2. pataljoona ja kaksi 11. Gurkhas-rykmentin pataljoonaa rynnäköivät afganistanilaisten asemiin pistimet kiinnitettyinä ja ajoivat heidät Lower Khyberiin, jossa he saivat epäsuoraa tulitusta väijytystilanteessa olleista vuoristotykkeistä. Kun afgaanit pakotettiin takaisin rajan yli, RAF seurasi heitä rajan yli ja suoritti useita pommituslentoja. Taistelu oli totaalinen, ja heimolaiset, joiden olisi muutoin pitänyt ryhtyä vastahyökkäykseen afgaanien tueksi, päättivät olla tekemättä niin ja ryhtyivät sen sijaan ryöstelemään taistelukenttää ja keräämään aseita ja ampumatarvikkeita, jotka perääntyvät afgaanit olivat jättäneet taakseen. Tappiot taistelussa, joka myöhemmin tunnettiin nimellä Baghin toinen taistelu, olivat 100 afgaania kuollut ja 300 haavoittunutta, kun taas brittiläiset ja intialaiset joukot menettivät kahdeksan kuollutta ja 31 haavoittunutta.
Vaikka Amanullah jatkoi vakuutteluaan siitä, ettei hänellä ollut mitään pahansuopia aikomuksia, Roos-Keppel päätti, että etenemistä oli viisainta jatkaa, ja määräsi armeijan ajamaan afganistanilaisia takaa rajan yli. Toukokuun 13. päivänä brittiläiset ja intialaiset joukot valtasivat läntisen Khyberin ilman vastarintaa ja miehittivät Daccan. Brittiläisten leiri oli kuitenkin huonosti sijoitettu puolustuksen kannalta, ja sen vuoksi afganistanilaiset joutuivat afganistanilaisen tykistön voimakkaan pitkän kantaman tykistötulen kohteeksi, ennen kuin Amanullah aloitti jalkaväkirynnäkön heitä vastaan. Hyökkäys kukistettiin, ja britit aloittivat vastahyökkäyksen seuraavana päivänä, mutta he eivät kuitenkaan pystyneet vahvistamaan asemiaan, minkä seurauksena alue varmistui vasta 17. toukokuuta ja afganistanilaiset vetäytyivät.
Välillä edellisenä päivänä brittiläiset ja intialaiset joukot olivat aloittaneet hyökkäyksen ”Stonehenge Ridge” -harjanteelle, jonne noin 3000 miehen afganistanilaisjoukot olivat asettautuneet useiden tykistötykkien ja konekivääreiden kanssa. Alustavan pommituksen turvin, jonka tarkoituksena oli pehmentää afgaanien puolustusta, 11. Sikhs-joukkojen miehet olivat aloittaneet hyökkäyksen. He joutuivat kuitenkin keskeyttämään hyökkäyksensä, kun ampumatarvikkeet loppuivat kello 08.00, ja vaikka täydennystä saatiin kello 10.30, hyökkäys voitiin aloittaa uudelleen vasta kello 14.00. Siihen mennessä joukot olivat alttiina päivän kuumuudelle, mutta toisen sulkutulen jälkeen sikhit kuitenkin hyökkäsivät afgaanilinjaa vastaan kuumuudesta huolimatta, ja hyökkäys saatiin vietyä harjanteen huipulle asti. Päästyään jyrkänteelle he huomasivat, että afganistanilaiset olivat poistuneet taistelukentältä jättäen jälkeensä suurimman osan varusteistaan, tykistön ja useita standaareja. Hyökkäyksen aikana britit ja intialaiset menettivät 22 kaatunutta ja 157 haavoittunutta, kun taas afgaanien tappioiksi arvioitiin noin 200 kaatunutta ja 400 haavoittunutta.
Tänä aikana brittien selustaan iski kuitenkin vaikeuksia heidän Khyberin läpi kulkevalla yhdyslinjallaan, jossa Khyberin kiväärimiehet alkoivat olla tyytymättömiä tilanteeseen ja alkoivat joukoittain karata. Tämän seurauksena rykmentti päätettiin riisua aseista ja hajottaa, jotta estettäisiin vastaavien tunteiden leviäminen muihin rykmentteihin. Tämän jälkeen lordi Chelmsford päätti, että tilanne voitaisiin ratkaista jatkamalla etenemistä pidemmälle Afganistaniin, ja antoi Daccassa olevalle prikaatille käskyn marssia kohti Jalalabadia, mutta tätä käskyä ei voitu toteuttaa, koska taistelut puhkesivat etelämpänä ja itäisessä Khyberissä.
Osana hyökkäystä Khyberiin oheishyökkäyksiä suunniteltiin hyökkäyksiä Quettaan ja Kurramiin, pohjoisessa Chitralin osavaltioon ja etelässä Balutšistaniin ja Zhobin laaksoon. Brittiläiset asemat Kurramin laakson ympärillä jouduttiin hylkäämään 23. toukokuuta. Seuraavana päivänä Handley Page -pommikoneet hyökkäsivät Kabuliin; se ei kuitenkaan juurikaan pysäyttänyt tilannetta, ja huoltotilanne Landi Kotalissa paheni entisestään.
27. toukokuuta brittikomentaja Quettassa päätti hyökätä Spin Baldakin afganistanilaislinnoitukseen ja valloitti sen (viimeisen kerran, kun brittiarmeija käytti eskalaatiota) ja sai samalla haltuunsa aloitteen etelässä; sotatoimialueen keskellä Kurramin ympärillä tilanne pysyi kuitenkin edelleen brittiläisten kannalta epätoivoiseksi. Alueen afganistanilaiset joukot olivat kenraali Nadir Khanin komennossa, ja hänen joukoissaan oli noin 14 pataljoonaa. Thalissa briteillä oli prikaatikenraali Alexander Eustacen johdolla vain neljä pataljoonaa. Kaiken kukkuraksi ainoat Tochin laakson yläosaa suojaavat joukot olivat tyytymättömiä Pohjois-Waziristanin miliisijoukkoja. Koska Eustace pelkäsi, että ne nousisivat häntä vastaan, jos ne jätettäisiin oman onnensa nojaan, hän antoi käskyn hylätä miliisin etuvartioasemat, mutta näin tehdessään hän sai monet miliisimiehet karkuun. Tämä tyytymättömyys levisi, ja Etelä-Waziristanin miliisi kääntyi Vanassa upseereitaan ja uskollisina pysyneitä miehiä vastaan ja hyökkäsi heidän kimppuunsa. Eloonjääneet joutuivat komentaja majuri Russellin johdolla taistelemaan tiensä pohjoisen Zhobin miliisin kolonnalle, joka oli lähetetty vapauttamaan heidät.
Näkiessään tilanteen heikkenevän brittien kannalta ja nähdessään tilaisuuden Nadir Khan päätti hyökätä Thaliin. Koska rajavartiosto oli hylännyt asemansa, afgaanit pystyivät 28.-29. toukokuuta välisenä yönä valtaamaan tornin 500 metrin (460 m) päässä linnoituksesta, ja sieltä käsin he pystyivät sytyttämään tuleen useita ruokavarastoja. Tämä teki linnakkeen tilanteen tukalaksi, sillä huoltotilanne oli jo ennestään heikko. Brittejä vastaan puhuivat myös muut tekijät. Eustacen joukot olivat alakynnessä ja alivoimaisia. Hänellä ei ollut lainkaan brittiläistä jalkaväkeä, ja hänen neljä pataljoonaansa olivat kokemattomia intialaisia yksiköitä, jotka koostuivat pääasiassa nuorista alokkaista. Jalkaväen hyökkäys torjuttiin 29. toukokuuta, mutta seuraavana päivänä varuskunta joutui afganistanilaisten tykkien voimakkaan pommituksen kohteeksi. Tämän seurauksena britit päättivät tuoda 16. jalkaväkidivisioonan, joka koostui 45. ja 46. jalkaväkiprikaatista, Lahoresta Peshawariin Jalalabadiin etenemistä varten ja antaa sen siirtyä Kurramiin. Osa divisioonasta lähetettiin puolustamaan Kohatia, kun taas 45. jalkaväkiprikaati prikaatikenraali Reginald Dyerin johtama 45. jalkaväkiprikaati – joka oli ollut keskellä Amritsarin verilöylyä – lähti vapauttamaan Eustacen joukkoja Thalissa. Dyerin joukkoihin kuului vain yksi brittiläinen pataljoona, 1./25. Lontoon rykmentti, sekä dogroja, punjabeja ja gurkhoja, ja ne joutuivat marssimaan kovassa helteessä saadakseen apua.
Olosuhteista huolimatta Dyerin komennossa olevat brittiläiset ja intialaiset joukot pystyivät kuitenkin vastaamaan tilanteeseen ja kulkivat viimeiset 18 mailia (29 km) alle 12 tunnissa, ja 1. kesäkuuta he törmäsivät heimojoukkoihin, jotka estivät sekä pohjoisen että eteläisen lähestymistien Thaliin. Dyer hyökkäsi molempiin päihin tykistöllään ja lähetti jalkaväkensä eteläistä lähestymistietä vastaan. Heimomiehet eivät kestäneet hyökkäystä, vaan vetäytyivät, minkä seurauksena tie Eustacen varuskunnalle vapautui. Piirityksen aikana britit kärsivät 94 tappiota, joista kahdeksan kuoli, neljä kuoli haavoihin ja 82 haavoittui.
Seuraavana päivänä, 2. kesäkuuta, aamuyöllä Dyerin prikaati aloitti hyökkäyksen afgaanien kantajoukkoja vastaan, jotka olivat sijoittuneet kauemmaksi Thalin länsipuolelle, ja hyökkäyksen edetessä Nadir Khan lähetti lähettilään toimittamaan viestin prikaatin komentajalle. Viestissä kerrottiin Dyerille, että Amir Amanullah oli käskenyt Nadir Khania lopettamaan vihollisuudet, ja Nadir Khan pyysi Dyeria vahvistamaan, että hän kunnioittaisi aselepopyyntöä, jonka Amanullah oli lähettänyt 31. toukokuuta Britannian Intian hallitukselle. Koska Dyer ei tiennyt, että tämä pyyntö oli esitetty, ja koska hän oli epävarma siitä, oliko viesti ja tulitaukopyyntö Nadir Khanin juoni, hän päätti, ettei ota riskiä, ja lähetti vastauksen: ”Tykkini antavat välittömän vastauksen, mutta kirjeenne toimitetaan divisioonan komentajalle.”
Tämän jälkeen Dyer jatkoi hyökkäystään, ja kun Nadir Khanin joukot vetäytyivät alueelta, Dyer seurasi heitä 37. Lancers-joukkojen ratsuväellä ja panssariautoilla, kun taas RAF hyökkäsi konekivääreitä ja rautapommeja käyttäen ja hajotti noin 400 alueella ollutta heimolaismiestä, jotka uhkasivat vastahyökkäyksellä.
Kesäkuun 3. päivänä afgaanileiri Yusef Khelissä vallattiin kahden 1./25. lontoolaisjoukkueen kahden joukkueen ja kahden 37. Lancers-joukkueen joukkojen toimesta 89. patteriston tykkiosaston tukemana, ja pian sen jälkeen allekirjoitettiin aselepo. Sen myötä tuli voimaan tulitauko, mutta taistelut jatkuivat kuitenkin jonkin verran, erityisesti Chitralissa ja Pohjois-Baluchistanissa, ja vasta 8. elokuuta 1919 sovinto saatiin lopullisesti päätökseen, kun Rawalpindin sopimus allekirjoitettiin.
