Lynn Margulis, (s. 5. maaliskuuta 1938, Chicago, Illinois, Yhdysvallat – kuollut 22. marraskuuta 2011, Amherst, Massachusetts), yhdysvaltalainen biologi, jonka sarjaperäinen endosymbioottinen teoria eukaryoottisolujen kehityksestä mullisti nykyaikaisen käsityksen siitä, miten elämä on syntynyt maapallolla.
Margulis kasvoi Chicagossa. Älyllisesti varhaiskypsä, hän suoritti kandidaatin tutkinnon Chicagon yliopistosta vuonna 1957. Pian sen jälkeen hän meni naimisiin amerikkalaisen tähtitieteilijä Carl Saganin kanssa, jonka kanssa hän sai kaksi lasta; toisesta, Dorionista, tuli hänen vakituinen yhteistyökumppaninsa. Pariskunta erosi vuonna 1964. Margulis suoritti eläintieteen ja genetiikan maisterin tutkinnon Wisconsinin yliopistossa Madisonissa vuonna 1960 ja tohtorin tutkinnon genetiikasta Kalifornian yliopistossa Berkeleyssä vuonna 1965. Hän siirtyi Bostonin yliopiston biologian laitokselle vuonna 1966 ja opetti siellä vuoteen 1988 asti, jolloin hänet nimitettiin Massachusettsin yliopiston Amherstin kasvitieteen laitoksen arvostetuksi yliopistoprofessoriksi. Hän säilytti tämän arvonimen, kun hänen asemansa yliopistossa muuttui biologian laitokseksi vuonna 1993 ja sitten geotieteiden laitokseksi vuonna 1997.
Margulisia pidettiin suurimman osan urastaan radikaalina niiden kollegojensa keskuudessa, jotka noudattivat perinteistä darwinistista ”vahvimman selviytymisen” lähestymistapaa biologiaan. Hänen ajatuksiinsa, jotka keskittyivät symbioosiin – kahden eri organismin elävään yhteenliittymään, joka voi olla joko hyödyllinen tai epäsuotuisa – suhtauduttiin usein epäilevästi ja jopa vihamielisesti. Hänen tärkeimpiin töihinsä kuului solujen alkuperää koskevan sarja-endosymbioottisen teorian (SET) kehittäminen, jonka mukaan eukaryoottiset solut (solut, joilla on tuma) kehittyivät aiemmin itsenäisesti olemassa olleiden tumanvaraisten bakteerien symbioottisesta yhdistymisestä. Tämän teorian mukaan mitokondriot ja kloroplastit, kaksi eukaryoottisten solujen tärkeintä organellia, ovat aikoinaan vapaasti eläneiden bakteerilajien jälkeläisiä. Hän selitti käsitteen ensimmäisessä kirjassaan Origin of Eukaryotic Cells (1970). Tuolloin hänen teoriaansa pidettiin kaukaa haettuna, mutta sittemmin se on hyväksytty laajalti. Hän tarkensi sitä vuonna 1981 ilmestyneessä klassikkoteoksessaan Symbiosis in Cell Evolution (Symbioosi solujen evoluutiossa), jossa hän esitti, että toinen solujen ja bakteerien symbioottinen yhdistyminen – tällä kertaa spirokeetat, nopeasti aaltoileva bakteerityyppi – kehittyi ytimellisen solun sisäiseksi kuljetusjärjestelmäksi. Margulis esitti lisäksi, että myös eukaryoottiset värekarvat olivat alun perin spirokeetoja ja että sytoplasma kehittyi eubakteerien ja arkebakteerien symbioottisesta suhteesta (ks. arkeobakteerit).
Hänen vuonna 1982 yhdessä yhdysvaltalaisen biologin Karlene V. Schwartzin kanssa kirjoittamassaan teoksessa Five Kingdoms (Viisi valtakuntaa) artikuloidaan viiden valtakunnan järjestelmä, jolla maapallolla esiintyvää elämää luokiteltaisiin: eläimet, kasvit, bakteerit (prokaryoottit), sienet ja alkueläimet. Protistien valtakunta, johon kuuluu suurin osa yksisoluisista organismeista (ja monisoluiset levät) muissa järjestelmissä, hylätään liian yleisenä. Monet yleensä protisteiksi luokitelluista organismeista sijoitetaan johonkin neljästä muusta valtakunnasta; protoctistit muodostavat loput organismit, jotka ovat kaikki vesieliöitä ja joihin kuuluvat levät ja limalevät. Margulis toimitti osia kokoomateoksesta Handbook of Protoctista (1990).
Muuten Margulisin kiinnostuksen kohteena oli hänen pitkä yhteistyönsä brittiläisen tiedemiehen James Lovelockin kanssa kiistellyn Gaia-hypoteesin parissa. Siinä ehdotetaan, että maapalloa voidaan pitää yhtenä itseään säätelevänä organismina – eli monimutkaisena kokonaisuutena, jonka elolliset ja epäorgaaniset elementit ovat riippuvaisia toisistaan ja jonka elämänmuodot muokkaavat aktiivisesti ympäristöä säilyttääkseen suotuisat olosuhteet.
Margulis kirjoitti tieteellisten julkaisujensa lisäksi lukuisia kirjoja, joissa hän tulkitsi tieteellisiä käsitteitä ja pulmatilanteita yleisölle. Niiden joukossa olivat muun muassa Mysteeritanssi: On the Evolution of Human Sexuality (1991), What Is Life? (1995), What Is Sex? (1997) ja Dazzle Gradually: Reflections on Nature in Nature (2007), jotka kaikki on kirjoitettu yhdessä hänen poikansa kanssa. Hän kirjoitti myös tarinakirjan Luminous Fish (2007). Hänen myöhemmät teoksensa julkaistiin Chelsea Green Publishingin Sciencewriters Books -lehdessä, jonka hän perusti yhdessä Dorionin kanssa vuonna 2006.
Margulis valittiin Kansallisen tiedeakatemian jäseneksi vuonna 1983, ja hän oli yksi kolmesta Venäjän luonnontieteiden akatemian amerikkalaisesta jäsenestä. Hänelle myönnettiin kansainvälisen Sigma Xi -tutkimusyhdistyksen William Procter -palkinto ja Yhdysvaltain kansallinen tiedemitali vuonna 1999. Vuonna 2008 hän sai Lontoon Linnean Society of Londonin Darwin-Wallace-mitalin. Hän oli Dorionin kanssa yksi Encyclopædia Britannican elämää käsittelevän artikkelin kirjoittajista.
Hän kirjoitti yhdessä Dorionin kanssa Encyclopædia Britannican artikkelin elämästä.
