Immunosuppressiivisten lääkkeiden käytöstä migreenin hoidossa on hyvin vähän kirjallisuutta. Immunosuppressiivisia aineita käytetään harvoin, jos koskaan, säännöllisin väliajoin migreenikohtausten estolääkkeinä, eikä niitä koskaan käytetä migreenin ennaltaehkäisevinä lääkkeinä pitkäaikaisen käytön mukanaan tuomien sivuvaikutusten riskin vuoksi. Immunosuppressiivisia lääkkeitä on käytetty päivystyspoliklinikalla vaikeiden migreenikohtausten hoitoon (suonensisäiset kortikosteroidit), jatkuvan migreenin tai statusmigreenin hoitoon (suun kautta tai suonensisäisesti annettavat kortikosteroidit), lääkkeiden liikakäytön aiheuttaman päänsäryn hoitoon (suun kautta tai suonensisäisesti annettavat kortikosteroidit) ja immunosuppressiivisten lääkeaineiden aiheuttaman päänsäryn hoitoon elinsiirron saaneilla. Kortikosteroideja käytetään yleisesti statusmigreenin hoidossa. Oraalisten kortikosteroidien (prednisoni tai deksametasoni) lyhyet, nopeasti kapenevat annokset voivat lievittää statusmigreeniä. Suonensisäisiä kortikosteroideja (metyyliprednisoloni) kerta-annoksena (päivystyspoliklinikka tai avohoidon infuusioyksikkö) tai usean päivän toistuvana annosteluna (sairaalan sisäinen strategia) voidaan käyttää pitkäkestoisten migreenikohtausten katkaisemiseen. Kortikosteroidien uusi käyttötarkoitus migreenin hoidossa on lääkkeiden liikakäytön aiheuttaman päänsäryn hoito. Lääkkeiden liikakäyttöä tai ”rebound”-päänsärkyä sairastavien potilaiden päänsärky paranee vasta, kun heidän oireenmukainen lääkityksensä on lopetettu. Rebound-lääkityksen lopettaminen lyhyellä aikavälillä voi johtaa vieroitusoireisiin ja päänsäryn pahenemiseen. Pitkällä aikavälillä se johtaa päänsäryn paranemiseen. On olemassa sekä avohoito- että laitoshoitostrategioita, joiden avulla potilaat voidaan vieroittaa pois väärinkäytetyistä lääkkeistä. Kortikosteroideja on käytetty päänsäryn hoidossa vieroitusprosessin aikana sekä avohoitona lyhyillä suun kautta otettavilla kortikosteroidikuurilla että toistuvana suonensisäisenä hoitona sairaalahoidossa. Päänsärky on elinsiirron hyvin tunnettu mutta vähän raportoitu sivuvaikutus. Päänsäryn arviointiin ja hoitoon elinsiirron yhteydessä sovellettava lähestymistapa on ainutlaatuinen. Lääkäreiden on tutkittava kaikki mahdolliset päänsäryn syyt lääkkeiden hyvänlaatuisista sivuvaikutuksista mahdollisesti katastrofaalisten neurologisten poikkeavuuksien esiasteisiin. Päänsäryn farmakologisia ja ei-farmakologisia syitä on tarkasteltava erikseen. Immunosuppressiivisiin aineisiin, joiden tiedetään yleisesti aiheuttavan päänsärkyä, kuuluvat siklosporiini, takrolimuusi (FK506) ja muromonabi CD3 (OKT3).