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L’invasion espagnole du Mexique, représentée sur une illustration du XIXe siècle, a été suivie d’une série d’épidémies de cause inconnue.
L’une des pires épidémies de l’histoire de l’humanité, une peste du XVIe siècle qui a dévasté la population indigène du Mexique, pourrait avoir été causée par une forme mortelle de salmonelle provenant d’Europe, suggèrent deux études.
Dans une étude, les chercheurs disent avoir récupéré l’ADN de la bactérie de l’estomac dans des sépultures au Mexique liées à une épidémie des années 1540 qui a tué jusqu’à 80% des habitants indigènes du pays. L’équipe rapporte ses conclusions dans une préimpression publiée sur le serveur bioRxiv le 8 février1.
C’est potentiellement la première preuve génétique de l’agent pathogène qui a provoqué le déclin massif des populations autochtones après la colonisation européenne, dit Hannes Schroeder, un chercheur en ADN ancien au Musée d’histoire naturelle du Danemark à Copenhague qui n’a pas été impliqué dans le travail. « C’est une étude super cool. »
Corps morts et fossés
En 1519, lorsque les forces menées par le conquistador espagnol Hernando Cortés sont arrivées au Mexique, la population indigène était estimée à environ 25 millions. Un siècle plus tard, après une victoire espagnole et une série d’épidémies, les chiffres avaient plongé à environ 1 million.
Les plus grandes de ces épidémies étaient connues sous le nom de cocoliztli (du mot pour « pestilence » en nahuatl, la langue aztèque). Deux cocoliztli majeurs, débutant en 1545 et 1576, ont tué environ 7 à 18 millions de personnes vivant dans les régions montagneuses du Mexique.
« Dans les villes et les grands villages, de grands fossés étaient creusés, et du matin au coucher du soleil, les prêtres ne faisaient rien d’autre que de porter les cadavres et de les jeter dans les fossés », a noté un historien franciscain qui a assisté à l’épidémie de 1576.
La cause du cocoliztli n’a guère fait l’objet d’un consensus – bien que la rougeole, la variole et le typhus aient tous été évoqués. En 2002, des chercheurs de l’Université nationale autonome du Mexique (UNAM) à Mexico ont proposé qu’une fièvre hémorragique virale, exacerbée par une sécheresse catastrophique, soit à l’origine du carnage2. Ils ont comparé l’ampleur de l’épidémie de 1545 à celle de la peste noire dans l’Europe du XIVe siècle.
Génomique bactérienne
Pour tenter de trancher la question, une équipe dirigée par le généticien évolutionniste Johannes Krause de l’Institut Max Planck pour la science de l’histoire humaine à Iéna, en Allemagne, a extrait et séquencé l’ADN des dents de 29 personnes enterrées sur les hauts plateaux de l’Oaxaca, dans le sud du Mexique. Toutes sauf cinq étaient liées à un cocoliztli qui, selon les chercheurs, a duré de 1545 à 1550.
L’ADN bactérien ancien récupéré sur plusieurs de ces personnes correspondait à celui de Salmonella, d’après des comparaisons avec une base de données de plus de 2 700 génomes bactériens modernes.
Un séquençage plus poussé de courts fragments d’ADN endommagés provenant des restes a permis à l’équipe de reconstruire deux génomes d’une souche de Salmonella enterica connue sous le nom de Paratyphi C. Aujourd’hui, cette bactérie provoque une fièvre entérique, une maladie semblable au typhus, qui survient surtout dans les pays en développement. Si elle n’est pas traitée, elle tue 10 à 15% des personnes infectées.
Il est parfaitement raisonnable que cette bactérie ait pu causer cette épidémie, dit Schroeder. « Ils présentent un très bon dossier ». Mais María Ávila-Arcos, généticienne évolutionniste à l’UNAM, n’est pas convaincue. Elle note que certaines personnes suggèrent qu’un virus a causé le cocoliztli, et cela n’aurait pas été détecté par la méthode de l’équipe.
La question de l’origine
La proposition de Krause et de ses collègues est aidée par une autre étude postée sur bioRxiv la semaine dernière, qui soulève la possibilité que Salmonella Paratyphi C soit arrivée au Mexique depuis l’Europe3.
Une équipe dirigée par Mark Achtman, un microbiologiste de l’Université de Warwick à Coventry, au Royaume-Uni, a recueilli et séquencé le génome de la souche bactérienne provenant des restes d’une jeune femme enterrée vers 1200 dans un cimetière de Trondheim, en Norvège. Selon l’étude, il s’agit de la plus ancienne preuve de l’existence de cette souche de Salmonella, aujourd’hui rare, et de la preuve qu’elle circulait en Europe. (Les deux équipes ont refusé de commenter leurs recherches car leurs articles ont été soumis à une revue à comité de lecture.)
« Vraiment, ce que nous aimerions faire, c’est examiner les deux souches ensemble », déclare Hendrik Poinar, biologiste de l’évolution à l’Université McMaster de Hamilton, au Canada. Et si des génomes plus anciens peuvent être collectés en Europe et en Amérique, il devrait être possible de découvrir de manière plus concluante si des agents pathogènes mortels tels que Salmonella sont arrivés dans le Nouveau Monde en provenance d’Europe.
L’existence de Salmonella Paratyphi C en Norvège 300 ans avant son apparition au Mexique ne prouve pas que les Européens ont transmis la fièvre entérique aux Mexicains autochtones, dit Schroeder, mais cette hypothèse est raisonnable. Un faible pourcentage de personnes infectées par Salmonella Paratyphi C sont porteuses de la bactérie sans tomber malades, donc des Espagnols apparemment en bonne santé auraient pu infecter des Mexicains qui n’avaient pas de résistance naturelle.
Paratyphi C est transmise par les matières fécales, et un effondrement de l’ordre social pendant la conquête espagnole pourrait avoir conduit aux mauvaises conditions sanitaires qui sont mûres pour la propagation de la salmonelle, Krause et son équipe notent dans le document.
L’étude de Krause offre un plan pour identifier les agents pathogènes derrière les épidémies anciennes, dit Schroeder. Sa propre équipe prévoit de rechercher des agents pathogènes anciens dans les sites funéraires des Caraïbes qui semblent être liés à des épidémies catastrophiques, et qui ont été établis après l’arrivée des Européens. « L’idée que certains d’entre eux aient pu être causés par Salmonella est maintenant une possibilité distincte », dit-il.
