Munkájában Mayr a fajfogalom különböző megközelítéseit az esszencializmus és a nominalizmus közötti filozófiai különbségtételhez kapcsolja. Az esszencializmust azzal a nézettel hozza összefüggésbe, amely szerint a fajfogalom egy univerzális vagy típusra utal. A fogalom referensének ez a felfogása a tipológiai fajfogalomhoz vezet, amelyet Linnaeustól kezdve Platónig és Arisztotelészig vezet vissza, és amelyről azt állítja, hogy “ma már általánosan elhagyatott” (1976 516). Érdemes megjegyezni, hogy Mayr “tipológiai fajfogalmának” történeti és filozófiai hitelességét is komoly kétségek övezik (lásd pl. Lennox, 1987; repr. in Lennox 2001b;Winsor 2001, 2006; Walsh 2006; Wilkins 2009). Az ellenkező véglet az ominalizmus, amely azt a nézetet egyesíti magában, hogy csak egyedek léteznek a természetben, és hogy a fajok olyan fogalmak, amelyeket azért találtak ki, hogy ezeket az egyedeket kollektíven csoportosítsák.
Mayr azt állítja, hogy a Biológiai Fajfogalma (BSC) mindkettőhöz képest előrelépés; a fajok egyes tagjai objektíve nem egy típushoz való közös kapcsolat, hanem az egymáshoz fűződő oksági és történelmi kapcsolatok révén kapcsolódnak egymáshoz. Ezáltal úgy értelmezhető, hogy az egyének fajokba való csoportosításának új, objektív megértési módja mellett érvel.Ez az új csoportosítási mód az egyének közötti történelmi, genetikai és különböző ökológiai kapcsolatokat hangsúlyozza, mint a fajhoz tartozás meghatározásának alapjait. Állítása szerint ez megbízhatóbb és objektívebb, mint a fenotípusos jellemzők hasonlósága. Ez értelmet ad annak a fontosságnak, amelyet végül annak a ténynek tulajdonít, hogy a BSC a fajokat relációsan határozza meg:
…species are relationally defined. A faj szó nagyon szorosan megfelel más relációs kifejezéseknek, mint például a testvér szónak. … Különböző fajnak lenni nem a különbözőség fokának, hanem a relációs megkülönböztethetőségnek a kérdése.” (Mayr 1976, 518)
Mayr arra gondol, hogy a testvérek vagy hasonlítanak egymásra, vagy nem; azt a kérdést, hogy két ember testvér-e, a közös ősökhöz való történelmi és genetikai kötődésük határozza meg. Vegyük azonban észre,hogy ez egy olyan állítás, amely arról szól, hogy a sok közül mely tulajdonságokat kell a legkomolyabban figyelembe venni, amelyek meghatározzák a “testvér” fogalmának rájuk való alkalmazhatóságát. Vagyis egyfajta esszencializmus védelméről van szó.
Számos kritikus rámutatott arra, hogy az esszencializmusnak nem kell elköteleznie magát az universalia inre-ként értelmezett “típusok” mellett; és bizonyos esszencia-elképzelések szerint bármely fajtaxon, amely megfelel a BSC szabványainak, bizonyos esszenciális (bár relációs és történeti) tulajdonságok alapján teszi ezt. Az egyik végletben Michael Ghiselin és David Hull azzal érvelt, hogy a fajoknak ez a kauzális/történelmi struktúrája – legalábbis az evolúciós biológián belül – megalapozza, hogy a fajokat egyedeknek tekintsük. Az organizmusok nem egy osztály vagy halmaz tagjai, hanem egy filogenetikai egység “részei”. Denis Walsh a közelmúltban egy egészen más irányt követve azt állította, hogy az “evolúciós esszencializmus” egy formája, amely feltűnő hasonlóságot mutat Arisztotelész zoológiai munkásságának esszencializmusával, implicit módon jelen van számos evolúciós fejlődéselméletíró munkájában (Walsh, 2006).
A darwinizmus számára legmegfelelőbb fajfogalomról szóló vita kritikus kérdése az, hogy a biológiai osztályozás folyamatát – a taxonómiát – milyen mértékben kell a biológiai elmélet fejlődésének befolyásolnia. A már tárgyaltak mellett a Robert Brandonhoz és Brent Mischlerhez köthető mérsékelt pluralizmus vagy a PhilipKitcher által képviselt radikálisabb pluralizmus azzal érvel, hogy a biológiai tudományokon belüli különböző magyarázó célok különböző kritériumokat igényelnek annak meghatározásához, hogy egy csoport fajnak minősül-e. A biológiai tudományok különböző magyarázó céljai különböző kritériumokat igényelnek annak meghatározásához, hogy egy csoport fajnak minősül-e. A kládisták ezzel szemben szigorúan meghatározott filogenetikai teszteket alkalmaznak a faji besorolás meghatározására (lásd Rheins 2011).
A darwinizmus történetét meghatározó számos más témával ellentétben ebben a kérdésben nincs egyértelműen “darwinista” vagy “neodarwinista” álláspont. Egy nemrégiben megjelent, a legtöbb jelenleg előterjesztett alternatívát védő tanulmánygyűjteményben (Ereshefsky1992) az a gyanúm, hogy a gyűjtemény gyakorlatilag minden szerzője darwinistának vallja magát. Ennek az lehet az oka, hogy bármennyire is különbözőek, a jelenleg védett álláspontok egy része Darwin saját elméletében és gyakorlatában gyökerezik (lásd Beatty 1985; újranyomtatva Ereshefsky 1992-ben).
