Mubarak 1981 októberében megsérült a Szadat elnök elleni merénylet során, amelyet a Khalid Iszlambouli hadnagy által vezetett katonák követtek el. Szadat halála után Mubarak lett Egyiptom negyedik elnöke.
Egyiptom visszatérése az Arab Ligába
Az Arab Ligából való líbiai polgárháború kezdetén történt líbiai kizárásáig Egyiptom volt az egyetlen állam a szervezet történetében, amelynek tagságát felfüggesztették, Szadat elnök Izraellel kötött békeszerződése miatt. 1982 júniusában Mubarak találkozott Fahd szaúd-arábiai királlyal, ami az egyiptomi-szaúdi közeledés kezdetét jelentette. Mivel Egyiptom a legnépesebb arab ország, Szaúd-Arábia pedig a leggazdagabb, a szaúdi-egyiptomi tengely hatalmas erő volt az arab világban. Később, 1982-ben Fezben az Arab Liga csúcstalálkozóján Szaúd-Arábia egy egyiptomi béketervet terjesztett elő, amelyben az egész arab világ békét kötne Izraellel, cserébe azért, hogy Izrael megoldja az izraeli-palesztin konfliktust egy palesztin állam létrehozásával.
Az Iráni Iszlám Köztársaság 1979-től kezdve az iszlám világ vezetőjének követelte magát, és különösen Khomeini ajatollah szólított fel Irak, Szaúd-Arábia, Kuvait és más arab államok kormányainak megbuktatására a Perzsa-öböl déli partjainál, illegitimnek nevezve ezeket az államokat. Khomeini ajatollah azon állítása, hogy ő az iszlám világ jogos vezetője, és az iráni forradalom exportálására tett kísérletei azáltal, hogy a Khomeini által iszlámellenesnek tartott kormányok megdöntésén dolgozott, mélységes riadalmat és félelmet keltett a kiszemelt kormányokban, például Irakban és Szaúd-Arábiában. Az iráni kihívással szemben a többi arab állam szövetségesként tekintett Egyiptomra. Fahd szaúd-arábiai király és az Arab-öböl menti államok többi vezetője számára az izraeli-palesztin konfliktus háttérbe szorult, és a fő gond az iráni igényekkel szembeni ellenállás volt, hogy az iszlám világ vezetője legyen, ami azt jelentette, hogy Egyiptomot nem lehetett figyelmen kívül hagyni.
Az 1980 és 1988 közötti iráni-iraki háború alatt Egyiptom katonailag és gazdaságilag támogatta Irakot, egymillió egyiptomi dolgozott Irakban a fronton szolgáló iraki férfiak helyett. 1983 decemberében Mubarak fogadta Jasszer Arafatot a PLO-tól egy kairói csúcstalálkozón, ami a PLO-hoz való közeledést jelentette, és ettől kezdve Egyiptom a PLO legfőbb szövetségese lett. 1985-ben az Achille Lauro gépeltérítése komoly válságot okozott a kapcsolatokban, amikor az amerikai légierő arra kényszerítette az EgyptAir Tunéziába tartó, Achille Lauro gépeltérítőit szállító gépét, hogy Olaszországban szálljon le; ellenkező esetben a gépet lelőtték volna. Mubarak 1985. október 12-én sajtótájékoztatón kijelentette: “Nagyon megsebesültem. Most hűvösség és feszültség van az incidens következtében”. Egyiptomot a többi arab állam kiközösítette, mert 1979-ben aláírta a Camp David-i egyezményt, de Egyiptom súlya az arab világon belül azt eredményezte, hogy 1989-re Egyiptom visszanyerte “központi helyét az arab világban”. 1989-ben Egyiptomot újra teljes jogú tagként vették fel az Arab Ligába, és a Liga székhelye visszakerült eredeti helyére, Kairóba.
Kormányzási stílus
Az 1980-as években Mubarak növelte a megfizethető lakások, ruházat, bútorok és gyógyszerek termelését. Mikor elnök lett, Mubarak egyike volt azon kevés egyiptomi tisztviselőknek, akik nem voltak hajlandóak Izraelbe látogatni, és megfogadta, hogy kevésbé lelkesen közelíti meg a kapcsolatok normalizálását az izraeli kormánnyal. Mubarak alatt az izraeli újságírók gyakran írtak az Egyiptommal kötött “hideg békéről”, megfigyelve, hogy az izraeli-egyiptomi kapcsolatok a legjobb esetben is fagyosak voltak. Mubarak gyorsan tagadta, hogy politikája a jövőben nehézségeket okozna az egyiptomi-izraeli kapcsolatokban.
Efraim Karsh izraeli történész őrnagy 2006-ban azt írta, hogy Egyiptomban “…számtalan cikk, tudományos írás, könyv, karikatúra, nyilvános nyilatkozat, rádió- és televíziós műsor a zsidókat az elképzelhető legfeketébben festi le”. Karsh azzal vádolta Mubarakot, hogy személyesen antiszemita, és azt írta, hogy “nyilvánvalóan osztja propagandájának premisszáit”.
Egyiptom nagymértékű függősége az amerikai segélyektől és az Egyesült Államok Izraelre gyakorolt, a palesztin rendezést célzó amerikai nyomástól való reménye Mubarak alatt is folytatódott. Csendben javította a kapcsolatokat a volt Szovjetunióval. 1987-ben Mubarak megnyerte a választásokat egy második hatéves ciklusra.
Hatalomra kerülésének első éveiben Mubarak kibővítette az Egyiptomi Állambiztonsági Nyomozószolgálatot (Mabahith Amn ad-Dawla) és a Központi Biztonsági Erőket (lázadásellenes és megfékező erők). Tarek Osman szerint az a tapasztalat, hogy látta, amint elődjét “a szeme láttára” meggyilkolják, valamint hosszú katonai pályafutása – amely hosszabb volt Nasszer vagy Szadat pályafutásánál – talán nagyobb figyelmet és elmélyültebb biztonságra nevelte, mint az utóbbi államfők esetében. Mubarak nem vezető miniszterektől, vezető tanácsadóktól vagy vezető értelmiségiektől kért tanácsot és bizalmat, hanem biztonsági főnökeitől – “belügyminiszterektől, hadseregparancsnokoktól és a rendkívül befolyásos hírszerző szolgálatok vezetőitől”. Az 1980-as, 1990-es és 2000-es években a biztonsági szolgálatok által elkövetett emberi jogi jogsértéseket Egyiptomban az Amnesty International “szisztematikusnak” minősítette. Az Amnesty International 2007-ben arról számolt be, hogy az egyiptomi rendőrség rendszeresen alkalmaz “veréseket, áramütéseket, hosszan tartó csukló- és bokafeszítést torzított helyzetben, halálos fenyegetéseket és szexuális visszaéléseket”. Az állam Mubarak alatt is nagy maradt, 8 millió embert foglalkoztatva a 75 milliós lakosságból.
Az iszlám fundamentalizmus elleni állásfoglalásai és az Izraellel szembeni diplomáciája miatt Mubarak többször merényletkísérletek célpontja volt. A BBC szerint Mubarak hat merényletet élt túl. 1995 júniusában állítólag mérgező gázok és az egyiptomi Iszlám Dzsihád részvételével merényletet követtek el, miközben Mubarak Etiópiában tartózkodott az Afrikai Egységszervezet konferenciáján. A jelentések szerint 1999 szeptemberében Port Szaidban egy késes támadó is megsebesítette.
1991-es Öbölháború
Egyiptom tagja volt a szövetséges koalíciónak az 1991-es Öbölháborúban; az egyiptomi gyalogság az elsők között szállt partra Szaúd-Arábiában, hogy eltávolítsa az iraki erőket Kuvaitból. Egyiptom részvétele a háborúban megszilárdította központi szerepét az arab világban, és pénzügyi előnyöket hozott az egyiptomi kormánynak. A hírmédiában akár 20 milliárd USD értékű adósságelengedésről szóló beszámolók jelentek meg. A The Economist szerint:
A program úgy működött, mint egy bűbáj: tankönyvi eset, mondja a . Valójában a szerencse Hoszni Mubarak oldalán állt; amikor az USA katonai szövetségre vadászott, hogy kiszorítsa Irakot Kuvaitból, az egyiptomi elnök habozás nélkül csatlakozott. A háború után az volt a jutalma, hogy Amerika, a Perzsa-öböl arab államai és Európa mintegy 20 milliárd dollárnyi adósságot engedett el Egyiptomnak.
Állásfoglalás Irak 2003-as inváziójáról
Mubarak elnök felszólalt a 2003-as iraki invázió ellen, azzal érvelve, hogy először az izraeli-palesztin konfliktust kellett volna megoldani. Azt is mondta, hogy a háború “100 Bin Ladent” okozna. Elnökként azonban nem támogatta az USA azonnali kivonulását Irakból, mert szerinte az valószínűleg káoszhoz vezetne.
2005-ös választások
Mubarak elnököt négy egymást követő ciklusra, 1987-ben, 1993-ban és 1999-ben népszavazáson többségi szavazattal újraválasztották. Mubarak minden alkalommal úgy biztosította pozícióját, hogy a parlament jelölte, majd ellenzék nélkül népszavazáson megerősítette.
A 2005. szeptemberi szavazás nem népszavazás, hanem több jelöltet tartalmazó választás volt, de a választási intézmények és a biztonsági apparátus továbbra is az elnök ellenőrzése alatt áll. 2005. július 28-án Mubarak bejelentette jelöltségét. A választást 2005. szeptember 7-re tűzték ki; a választást megfigyelő civil szervezetek szerint azt tömeges manipulációs tevékenységek árnyékolták be. Egy széles körben politikai üldözésnek tekintett lépésben Ayman Nour disszidenst, az El-Ghad párt (“Holnap párt”) jelöltjét 2005. december 24-én hamisításért öt év kényszermunkára ítélték.
Állami korrupció Mubarak elnöksége alatt
A Mubarak-kormányzat belügyminisztériumában hivatali ideje alatt drámaian megnőtt a politikai korrupció. Politikai személyiségeket és fiatal aktivistákat börtönöztek be tárgyalás nélkül. Illegális, iratok nélküli, rejtett fogdákat hoztak létre, és egyetemeket, mecseteket és újságok munkatársait utasították el politikai nézeteik miatt.
2005-ben a Freedom House, egy demokráciakutatással foglalkozó nem kormányzati szervezet arról számolt be, hogy a Mubarak alatti egyiptomi kormány kiterjesztette a bürokratikus előírásokat, regisztrációs követelményeket és egyéb ellenőrzéseket, amelyek gyakran táplálják a korrupciót. A Freedom House szerint “a korrupció jelentős probléma maradt Mubarak alatt is, aki sokat ígért, de valójában soha nem tett semmi jelentőset a korrupció hatékony kezelése érdekében”.
A Transparency International Korrupcióérzékelési Index 2010-es jelentése 3,1-es CPI-pontszámmal értékelte Egyiptomot, az üzletemberek és országelemzők által a korrupció mértékéről alkotott elképzelések alapján, ahol 10 a nagyon tiszta és 0 a nagyon korrupt. Egyiptom a jelentésben szereplő 178 ország közül a 98. helyen állt.
Vagyon és a személyes korrupcióval kapcsolatos vádak
2011 februárjában az ABC News arról számolt be, hogy szakértők szerint Mubarak és családja személyes vagyona 40 és 70 milliárd dollár között van, amely a légierő tisztjeként töltött idő alatt kötött katonai szerződésekből származik. A The Guardian arról számolt be, hogy Mubarak és családja akár 70 milliárd dolláros vagyonra is szert tehet korrupcióból, kenőpénzekből és törvényes üzleti tevékenységekből. A pénz állítólag különböző bankszámlákon van elhelyezve, többek között Svájcban és az Egyesült Királyságban, és külföldi ingatlanokba van befektetve. Az újság szerint a család vagyonáról szóló információk egy része tízéves lehet. A Newsweek szerint ezek az állítások kevéssé megalapozottak és hiteltelenek.
2011. február 12-én a svájci kormány bejelentette, hogy befagyasztja Mubarak és családja svájci bankszámláit. 2011. február 20-án az egyiptomi főügyész elrendelte Mubarak és felesége, Suzanne, fiai, Alaa és Gamal Mubarak, valamint menyei, Heidi Rasekh és Khadiga Gamal vagyonának befagyasztását. A főügyész arra is utasította az egyiptomi külügyminisztert, hogy ezt közölje más olyan országokkal is, ahol Mubarak és családja vagyonnal rendelkezhet. A végzés két nappal azután született, hogy egyiptomi lapok arról számoltak be, hogy Mubarak benyújtotta pénzügyi kimutatását. Az egyiptomi szabályozás előírja, hogy a kormánytisztviselők pénzügyi nyilatkozatot nyújtsanak be, amelyben felsorolják vagyonukat és jövedelemforrásaikat, miközben kormányzati munkát végeznek. 2011. február 21-én az egyiptomi katonai tanács, amely a 2011. január 25-i forradalmat követően ideiglenesen megkapta az elnöki hatalmat, közölte, hogy nincs kifogása az ellen, hogy Mubarak ellen korrupció vádjával eljárást indítsanak.
2011. február 23-án az Eldostor című egyiptomi újság arról számolt be, hogy egy “jól értesült forrás” szerint a főügyész Mubarak vagyonának befagyasztására vonatkozó utasítása és a jogi eljárással való fenyegetés nem más, mint jelzés Mubarak számára, hogy hagyja el Egyiptomot, miután többször is megpróbálták arra ösztönözni, hogy önként távozzon. 2011 februárjában az Amerika Hangja arról számolt be, hogy Egyiptom legfőbb ügyésze utazási tilalmat és vagyonbefagyasztást rendelt el Mubarak és családja számára, miközben további lépéseket fontolgatott. május 21-én egy kairói bíróság elítélte Mubarakot és fiait 17,6 millió dollárnak megfelelő összegű állami pénzeszköz elsikkasztásáért, amelyet az elnöki paloták felújítására és karbantartására különítettek el, ehelyett azonban családi magánházak korszerűsítésére fordították. A bíróság elrendelte 17,6 millió USD visszafizetését, 2,9 millió USD pénzbírsággal sújtotta a triót, és Mubarakot három év börtönre, fiait pedig egyenként négy évre ítélte.
Az elnöki utódlás
2009-ben Margaret Scobey amerikai nagykövet azt mondta: “a szüntelen suttogások ellenére Egyiptomban senkinek sincs bizonyossága arról, hogy végül ki és milyen körülmények között követi Mubarakot”. Szerinte az elnök fia, Gamal Mubarak a legvalószínűbb utód; egyesek szerint a hírszerzés vezetője, Omar Szulejmán pályázhat a tisztségre, vagy az Arab Liga főtitkára, Amr Músza indulhat. Mubarak elnök és fia tagadta ezt; szerintük “a 2005-ben bevezetett, több jelöltet tartalmazó választási rendszer átláthatóbbá tette a politikai folyamatot”. Abiodun Awolaja, a Nigerian Tribune újságírója Gamal Mubarak esetleges utódlását “örökletes álmonarchiának” nevezte.”
Az Egyiptomi Nemzeti Demokrata Párt továbbra is azt állította, hogy Hoszni Mubarak lesz a párt egyetlen jelöltje a 2011-es elnökválasztáson. Mubarak 2011. február 1-jén közölte, hogy nem áll szándékában indulni a 2011-es elnökválasztáson. Amikor ez a nyilatkozat nem enyhítette a tiltakozásokat, Mubarak alelnöke kijelentette, hogy Gamal Mubarak nem indul az elnökválasztáson. A tüntetések eszkalálódásával és Mubarak bukásával Hamdy el-Sayed, a Nemzeti Demokrata Párt egykori befolyásos személyisége szerint Gamal Mubarak az akkori belügyminiszter, Habib el-Adly segítségével bitorolni akarta az elnökséget.
Izraeli-palesztin konfliktus
Elnöksége idején Mubarak fenntartotta az Egyesült Államok által közvetített Camp David-i egyezményt, amelyet Egyiptom és Izrael 1978-ban írt alá. Mubarak alkalmanként az izraeli-palesztin konfliktussal kapcsolatos találkozóknak is otthont adott, és számos kísérletet tett arra, hogy közvetítő szerepet töltsön be közöttük. Mubarakot aggasztotta, hogy Menachem M. Schneerson rabbi nem bízik benne ebben a kérdésben, és fontolgatta, hogy New Yorkban találkozik vele.
2000 októberében Mubarak rendkívüli csúcstalálkozót rendezett Sarm el-Sejkben az izraeli-palesztin konfliktus megvitatására. A tanácskozáson részt vettek: dr: Bill Clinton amerikai elnök, Jasszer Arafat, a PFSZ elnöke, Ehud Barak izraeli miniszterelnök, Abdullah jordániai király, Javier Solana NATO-főtitkár és Kofi Annan ENSZ-főtitkár.
Mubarak részt vett az Arab Ligában, támogatva az arabokat a tartós béke elérésében a régióban. A 2002. március 28-i bejrúti csúcstalálkozón a liga elfogadta az arab békekezdeményezést, egy szaúdi ihletésű tervet az arab-izraeli konfliktus lezárására.
2006-ban Mubarak elítélte az izraeli katonai támadást Libanonban, de közvetve bírálta a Hezbollahot is az arab érdekek megsértéséért.
2007 júniusában Mubarak csúcstalálkozót tartott Sarm el-Sejkben II Abdullah jordániai királlyal, Mahmúd Abbász elnökkel és Ehud Olmert miniszterelnökkel. 2008. június 19-én lépett életbe az Egyiptom által közvetített szünet az Izrael és a Hamász közötti ellenségeskedésekben. A The New York Times szerint egyik fél sem tartotta be teljes mértékben a tűzszünet feltételeit.
A megállapodás értelmében a Hamásznak be kellett szüntetnie az Izrael elleni rakétatámadásokat, és érvényre kellett juttatnia a tűzszünetet Gáza egész területén. Cserébe a Hamász elvárta, hogy a blokád megszűnjön, a gázai kereskedelem újrainduljon, és a teherautó-szállítások visszaálljanak a 2005-ös szintre. Izrael a blokád enyhítését a rakétatűz csökkenéséhez kötötte, és fokozatosan újra megnyitotta az ellátási vonalakat, és engedélyezte, hogy naponta mintegy 90 teherautó-szállítmányt engedjenek be Gázába. A Hamász kritizálta Izraelt a blokád fenntartása miatt, míg Izrael azzal vádolta a Hamászt, hogy folytatja a fegyvercsempészetet az Egyiptomba vezető alagutakon keresztül, és rámutatott a folyamatos rakétatámadásokra.
2009-ben Mubarak kormánya betiltotta a kairói háborúellenes konferenciát, amely bírálta az Izraellel szembeni fellépés hiányát.
