Lynn Margulis, (született 1938. március 5., Chicago, Illinois, USA – meghalt 2011. november 22., Amherst, Massachusetts), amerikai biológus, akinek az eukarióta sejtek fejlődéséről szóló sorozatos endoszimbionta elmélete forradalmasította az élet földi keletkezésének modern felfogását.
Margulis Chicagóban nőtt fel. Intellektuálisan koraérett, 1957-ben bachelor fokozatot szerzett a Chicagói Egyetemen. Nem sokkal később feleségül ment Carl Sagan amerikai csillagászhoz, akitől két gyermeke született; egyikük, Dorion gyakori munkatársa lett. A házaspár 1964-ben vált el. Margulis 1960-ban mesterdiplomát szerzett zoológiából és genetikából a Madison-i Wisconsini Egyetemen, 1965-ben pedig genetikai doktori címet a Berkeley-i Kaliforniai Egyetemen. 1966-ban csatlakozott a Bostoni Egyetem biológia tanszékéhez, ahol 1988-ig tanított, amikor a Massachusetts-i Amhersti Egyetem botanika tanszékének kiváló egyetemi tanárává nevezték ki. Ezt a címet akkor is megtartotta, amikor 1993-ban az egyetemen a biológia tanszékre, majd 1997-ben a földtudományok tanszékre váltott.
Karrierje nagy részében Margulis radikálisnak számított a biológia hagyományos darwini “a legerősebb túlélése” megközelítését követő kollégái szemében. Elképzeléseit, amelyek a szimbiózisra összpontosítottak – két különböző organizmus életközösségére, amely lehet kedvező vagy kedvezőtlen – gyakran szkeptikusan, sőt ellenségesen fogadták. Legfontosabb munkái közé tartozott a sejtek eredetére vonatkozó sorozatos endoszimbiózis elmélet (SET) kidolgozása, amely szerint az eukarióta sejtek (sejtmaggal rendelkező sejtek) korábban egymástól függetlenül létező, mag nélküli baktériumok szimbiózisban történő egyesüléséből fejlődtek ki. Ebben az elméletben a mitokondriumok és a kloroplasztiszok, az eukarióta sejtek két fő szervezete, egykor szabadon élő baktériumfajok leszármazottai. Az elképzelést első könyvében, Az eukarióta sejtek eredete (1970) című könyvében fejtette ki. Akkoriban elméletét erőltetettnek tartották, de azóta széles körben elfogadottá vált. Az 1981-ben megjelent klasszikusában, a Symbiosis in Cell Evolution (Szimbiózis a sejtek evolúciójában) továbbfejlesztette, azt javasolva, hogy a sejtek egy másik szimbiózisos egyesülése a baktériumokkal – ezúttal a spirochéták, egy gyorsan hullámzó baktériumtípus – fejlődött ki a sejtmagvas sejt belső szállítórendszerévé. Margulis továbbá azt állította, hogy az eukarióta csillók eredetileg szintén spirochéták voltak, és hogy a citoplazma az eubaktériumok és az archaebaktériumok (lásd archaea) közötti szimbiózisból fejlődött ki.
Az 1982-ben Karlene V. Schwartz amerikai biológussal közösen írt Öt királyság című könyve egy öt királyságból álló rendszert fogalmaz meg a földi élet osztályozására – állatok, növények, baktériumok (prokarióták), gombák és őslények. A protisták birodalmát, amely más rendszerekben a legtöbb egysejtű élőlényt (és a többsejtű algákat) foglalja magában, túl általánosnak ítéli. Az általában a protistákhoz sorolt szervezetek közül sokan a másik négy királyság valamelyikébe sorolhatók; a protektisták alkotják a fennmaradó szervezeteket, amelyek mind vízi élőlények, beleértve az algákat és a nyálkás penészgombákat. Margulis szerkesztette a Handbook of Protoctista (1990) című kompendium egyes részeit.
A másik terület, amely Margulis érdeklődését felkeltette, James Lovelock brit tudóssal való hosszú együttműködése volt a vitatott Gaia-hipotézisen. Ez azt javasolja, hogy a Föld egyetlen önszabályozó organizmusnak tekinthető – vagyis olyan komplex egységnek, amelynek élő és szervetlen elemei kölcsönösen függenek egymástól, és amelynek életformái aktívan módosítják a környezetet a barátságos körülmények fenntartása érdekében.
Margulis tudományos publikációi mellett számos könyvet írt, amelyekben tudományos fogalmakat és dilemmákat értelmezett a népszerű közönség számára. Ezek között volt a Mystery Dance: Az emberi szexualitás evolúciójáról (1991), Mi az élet? (1995), What Is Sex? (1997), valamint a Káprázat fokozatosan: Reflections on Nature in Nature (2007), mindegyiket a fiával közösen írta. Írt egy mesekönyvet is, Luminous Fish (2007) címmel. Későbbi munkái a Chelsea Green Publishing Sciencewriters Books impresszuma alatt jelentek meg, amelyet 2006-ban Dorionnal közösen alapított.
Margulist 1983-ban beválasztották a Nemzeti Tudományos Akadémiába, és egyike volt az Orosz Természettudományi Akadémia három amerikai tagjának. 1999-ben megkapta a Sigma Xi nemzetközi kutatótársaság William Procter-díját és az amerikai Nemzeti Tudományos Érmet. 2008-ban megkapta a londoni Linnean Society of London Darwin-Wallace-érmét. Dorionnal együtt társszerzője volt az Encyclopædia Britannica életről szóló cikkének.
