Na zijn afstuderen aan Notre Dame in 1978, begon Weis zijn trainerscarrière op Boonton High School in New Jersey. Hij bracht de volgende vijf seizoenen door op Morristown High School in New Jersey als assistent bij de ontwikkeling van spelers als Michael Landsberg. In 1985 werd hij aangenomen door hoofdcoach Joe Morrison aan de Universiteit van South Carolina, waar hij zijn masterdiploma in onderwijs behaalde terwijl hij werkte als graduate assistent-positiecoach en assistent-wervingscoördinator. Hij werkte vier seizoenen voor de Gamecock staf tot Morrison overleed in 1989. Daarna keerde hij terug naar New Jersey als hoofdcoach op Franklin High School en leidde Franklin Township naar het staatskampioenschap van New Jersey, terwijl hij ook assisteerde op de pro-personeelsafdeling van de New York Giants.
Vroege jarenEdit
Weis begon zijn professionele coachingcarrière in 1990 toen hij werd benoemd tot offensief assistent en assistent speciale teams coach onder Giants hoofdcoach Bill Parcells. De Giants wonnen aan het eind van dat seizoen Super Bowl XXV en versloegen de Buffalo Bills met een score van 20-19.
Nadat Ray Handley in 1991 de leiding overnam als hoofdcoach, bleef Weis twee seizoenen aan als running back coach. In 1991 hielp hij tweedejaars running back Rodney Hampton aan 1.059 yards en 10 touchdowns op de grond. De Giants eindigden 6de in rushing yards en 7de in rushing touchdowns in de NFL. Het volgende jaar gebruikte Weis zowel Hampton (1.141 yards en 14 touchdowns) als Jarrod Bunch (501 yards en 3 touchdowns) om een potente running back combinatie te vormen. De Giants eindigden 6de in rushing yards en 2de in rushing touchdowns in de NFL.
Daarna begon hij aan een stint van vier jaar bij de New England Patriots. De eerste twee jaar (1993-1994) was Weis de tight end coach. In 1995 zou hij overschakelen naar running back coach en eindigde 1996 als wide receiver coach. In 1993 hielp hij Ben Coates uit te breken met 659 yards en 8 touchdowns. Marv Cook bewees ook een betrouwbare blocker te zijn. In 1994 had Coates één van de beste seizoenen voor een tight end ooit met 96 vangsten, 1174 yards, en 7 touchdowns. In 1995 hielp Weis het jaar van rookie Curtis Martin om te zetten in een Pro Bowl seizoen met 1.487 yards en 14 touchdowns op de grond. Dave Meggett en Sam Gash bewezen ook betrouwbare ontvangers uit het achterveld te zijn met een gecombineerde 78 vangsten. Terry Glenn brak uit met 90 vangballen voor 1.132 yards en 6 touchdowns. Weis hielp ook wide receiver Shawn Jefferson aan 771 yards en 4 touchdowns, en ontwikkelde Troy Brown tot een solide speler met 21 vangsten voor 222 yards.
In 1997 werd Weis de offensive coordinator van de Jets, naast zijn taken als receivers coach van het team. In zijn tweede jaar als offensive coordinator eindigden de Jets op de vierde plaats in de National Football League in offense. Weis diende als offensief coördinator van het team van 1997 tot 1999.
New England PatriotsEdit
Weis keerde terug naar New England Patriots na Parcells’ aangekondigde pensionering na het seizoen 1999. Hij diende als offensief coördinator onder hoofdcoach Bill Belichick van 2000 tot 2004, installeerde het Erhardt-Perkins offensief systeem, en assisteerde de Patriots in drie Super Bowl overwinningen (XXXVI, XXXVIII, XXXIX).
Notre DameEdit
Op 30 november 2004, na het beëindigen van zijn voetbalseizoen met een 6-5 record, ontsloeg Notre Dame hoofdcoach Tyrone Willingham. Nadat eerste keus Urban Meyer de hoofdcoach positie accepteerde aan de Universiteit van Florida, nam Notre Dame Weis aan op 12 december 2004, als de 28ste football coach in de geschiedenis van de school met een zes-jarig contract ter waarde van naar verluidt 2 miljoen dollar per jaar. Hij was de eerste afgestudeerde Notre Dame die de positie bekleedde sinds Hugh Devore (een afgestudeerde uit 1934) als interim coach in 1945 en 1963, en de eerste alumnus die als volwaardige Ierse football coach fungeerde sinds Joe Kuharich (een afgestudeerde Notre Dame uit 1938), die van 1959 tot 1962 in South Bend coachte.
2005
In zijn eerste seizoen als hoofdcoach van de Fighting Irish, werd Weis algemeen geciteerd toen hij zijn team vertelde dat ze een “beslist schematisch voordeel” zouden hebben tegen hun tegenstanders, blijkbaar in de overtuiging dat zijn schema’s en strategieën ontwikkeld in de NFL superieur waren aan de schema’s van andere college coaches. Inderdaad, het spel van het team, vooral dat van junior quarterback Brady Quinn en junior wide receiver Jeff Samardzija, verbeterde sterk. Samardzija, voorheen een weinig gebruikte wide receiver, werd Quinn’s favoriete doelwit en een regelmatige spelbreker, en vestigde schoolrecords voor de meeste touchdown ontvangsten in een seizoen (15), de meeste ontvangende yardage in een seizoen (1.249), en de meeste opeenvolgende wedstrijden met een touchdown ontvangst (8), nadat hij geen touchdown ontvangsten had in zijn vorige twee jaren bij Notre Dame. Notre Dame verloor van Michigan State in een dramatisch overtime verlies. Weis werd geciteerd toen hij zei dat ze nooit meer van Michigan State zouden verliezen onder zijn leiding. Met een record van 9-2 eindigde zijn team het reguliere seizoen op de zesde plaats in de Bowl Championship Series (BCS) stand, wat hen een plaats opleverde in de 2006 Fiesta Bowl in Tempe, Arizona, op 2 januari 2006, die ze verloren van de Ohio State Buckeyes met een score van 34-20. De Ieren eindigden negende in de laatste AP Poll en elfde in de Coaches Poll. Het succes van zijn team op het veld hielp Weis de winnaar te worden van de 2005 Eddie Robinson Coach of the Year Award, gekozen door de Football Writers Association of America.
Op 29 oktober 2005, nauwelijks halverwege het eerste jaar van een zesjarig contract, en met een 5-2 record, tekende Weis een contractverlenging met Notre Dame. De nieuwe 10-jarige overeenkomst, die begon met het seizoen 2006, en die naar verluidt 30-40 miljoen dollar waard zou zijn, zou Weis tot 2015 bij Notre Dame houden.
2006
Tijdens het seizoen 2006 leidde Weis de Fighting Irish naar een 10-2 record in het reguliere seizoen, en een tweede BCS ligplaats op rij, deze keer verloren ze met 41-14 in de Sugar Bowl van de LSU Tigers. Dit verlies was het tweede bowl-verlies op rij onder Weis en het negende bowl-verlies op rij voor de Ieren. De Ieren eindigden op nr. 17 in de laatste AP poll, en op nr. 19 in de laatste Coaches’ Poll. Hoewel dit seizoen als een teleurstelling kan worden beschouwd op basis van Notre Dame’s nummer 2 positie in het voorseizoen, leidde Weis de Ieren naar hun tweede seizoen op rij met negen overwinningen of meer, iets wat niet meer was bereikt sinds de seizoenen 1992 en 1993 onder Lou Holtz. Ook voor het tweede achtereenvolgende jaar stelde Weis een top 10 rekruteringsklasse samen, waaronder nationale speler van het jaar Jimmy Clausen.
2007
In het seizoen 2007 werd Notre Dame 3-9, met hun enige overwinningen tegen UCLA, Duke en Stanford. Hun verlies tegen Navy op 3 november verbrak een NCAA-record 43-wedstrijden winst op de Midshipmen, die teruggaat tot de Heisman Trophy-winnende periode van Roger Staubach op de Naval Academy. De ploeg stond onderaan in Division I FBS in zowel rushing yards per wedstrijd als total yards per wedstrijd. Naast de voorlaatste plaats in score per wedstrijd werd de ploeg tweemaal uitgeschakeld op weg naar het eerste negen-verliezen seizoen ooit. Weis schreef de ondergang van het team toe aan zijn eigen fouten, waaronder zijn falen om full-speed trainingen te gebruiken en zijn spelers goed te ontwikkelen, zijn installatie van twee aparte offensieve systemen, één voor elke potentiële startende quarterback, evenals het afstuderen van ster quarterback Brady Quinn. Ondanks het slechte seizoen, dat Notre Dame’s slechtste ooit was (door verliezen), slaagde Weis er toch in om een van de beste rekruteringsklassen in het land te rekruteren.
2008
In 2008 begonnen The Irish met 4-1, maar sloten het reguliere seizoen af met een 6-6 record, inclusief een 24-23 verlies tegen Syracuse, de eerste keer dat Notre Dame tegen een acht-verliezend team was gevallen. De gecombineerde 15 verliezen van 2007 tot 2008 zijn de meeste verliezen voor een periode van twee jaar. Ondanks speculaties dat de universiteit Weis zou ontslaan, werd kort na de afsluiting van het reguliere seizoen aangekondigd dat hij hoofdcoach zou blijven in 2009. Weis’s Notre Dame ploeg eindigde het seizoen op een positieve noot door eindelijk de NCAA recordreeks van negen wedstrijden verlies in de bowl te breken door Hawaii met 49-21 te verslaan. In het proces scoorde Notre Dame zijn hoogste puntentotaal van het seizoen, zijn hoogste puntentotaal ooit in een bowl-wedstrijd, en brak 8 andere bowl-records. De winst in de bowl hielp Notre Dame ook aan een 7-6 eindrecord, het 102e winnende seizoen in 120 jaar football en Weis’ derde in vier jaar. Notre Dame sloot het jaar af met een top 15 recruiting class, waaronder het tekenen van de top defensieve speler in het land.
2009
The Fighting Irish sloten het reguliere seizoen 2009 af met een 6-6 record. Een slecht record voor het seizoen in aanvulling op de hoge verwachtingen voor het team in het voorseizoen, met inbegrip van een voorseizoen top 25 ranking, zorgde voor wijdverbreide speculatie dat Notre Dame Weis zou ontslaan. Weis werd ontslagen op 30 november 2009. Hij werd opgevolgd door Brian Kelly.
Kansas City ChiefsEdit
Weis werd benoemd tot offensief coördinator van de Kansas City Chiefs voor 2010. In het eerste jaar van Weis verbeterden de Chiefs zich van een record van 4-12 naar 10-6 en keerden terug naar de play-offs na het winnen van de AFC West Division. Met Weis als offensief coördinator hadden de Chiefs de beste rushing aanval van de NFL, met een gemiddelde van 165 yards per wedstrijd op de grond. Offensief stonden de Chiefs op de 9e plaats in total offense, 11e in punten per wedstrijd en 1e in rushing, maar 28e in passing. De Chiefs stuurden echter ook vier aanvallers (WR Dwayne Bowe, RB Jamaal Charles, QB Matt Cassel en OG Brian Waters) naar de Pro Bowl. Cassel, Bowe en Charles maakten hun allereerste trip naar de Pro Bowl. Weis is ook gecrediteerd voor de verbetering van Cassel, die een carrièrejaar had met 27 touchdowns en slechts 5 interceptions in 14 wedstrijden.
FloridaEdit
Op 31 december 2010 meldde ESPN dat Weis werd beoogd door de Florida Gators om de volgende offensieve coördinator te worden onder de nieuwe hoofdcoach Will Muschamp. Op 2 januari 2011 kondigde Chiefs coach Todd Haley aan dat Weis inderdaad zou vertrekken naar Florida voor de functie van offensief coördinator, met ingang van het einde van het seizoen. Weis’ ambtstermijn werd breed bekritiseerd nadat het team eindigde op de 102e plaats nationaal met slechts 334,17 yards per wedstrijd.
KansasEdit
Op 8 december 2011 werd Weis benoemd tot de hoofd voetbal coach van de Universiteit van Kansas ter vervanging van Turner Gill. Hij verklaarde aanvankelijk dat hij niet langer zou blijven dan de duur van zijn vijfjarig contract, dat in 2016 zou aflopen, maar schoolfunctionarissen haalden hem over om een langer verblijf te overwegen. Zijn team van 2012 worstelde met een 1-11 record in wat werd omschreven als een wederopbouwjaar. Weis’ 2013 team toonde tekenen van verbetering. Hoewel ze slechts een 3-9 record behaalden, beëindigden Weis’ Jayhawks een 27-game Big 12 Conference losing streak met een 31-19 thuisoverwinning op West Virginia in november 2013. Weis werd ontslagen op 28 september 2014, vier wedstrijden na het seizoen. Schoolfunctionarissen waren van mening dat de Jayhawks niet genoeg vooruitgang hadden geboekt op het veld tijdens de ambtstermijn van Weis. Volgens ESPN waren ze ook bezorgd over de dalende bezoekersaantallen. Ondanks pleidooien van Weis, kwamen slechts 36.900 mensen naar wat zijn laatste wedstrijd in Lawrence zou zijn, tegen Texas.
