Het conflict begon op 3 mei 1919 toen Afghaanse troepen de grens overstaken aan het westelijke einde van de Khyber Pas en de stad Bagh veroverden. Bagh was van strategisch belang voor de Britten en Indiërs omdat het water leverde aan Landi Kotal, dat op dat moment door slechts twee compagnieën van het Brits-Indiase leger werd bezet. Hoewel deze aanval aanvankelijk als een kleine grensovertreding werd beschouwd, maakte hij eigenlijk deel uit van het ruimere invasieplan. Om wat voor reden dan ook werd de aanval eerder dan gepland ingezet, want Amanullah was aanvankelijk van plan de aanval te laten samenvallen met een opstand die voor 8 mei in Peshawar was gepland. Hierdoor werd de Britse hoofdcommissaris van het noordwestelijk grensgebied, Sir George Roos-Keppel, gealarmeerd, die op de hoogte was geraakt van het plan en als gevolg daarvan was hij in staat om de onderkoning, Lord Chelmsford, met succes te overtuigen van de noodzaak om te reageren op de bezetting van Bagh voordat deze zou leiden tot verdere onrust in Peshawar.
In reactie hierop verklaarde de Brits-Indiase regering op 6 mei de oorlog aan Afghanistan en gaf opdracht tot een algemene mobilisatie van de Britse en Indiase strijdkrachten. Vervolgens werd besloten dat de twee compagnieën Sikhs en Gurkhas die naar Landi Kotal waren gestuurd versterkt moesten worden, maar het mobilisatieproces was nog maar net begonnen en in dat stadium was er maar één bataljon beschikbaar voor dit doel, dus op 7 mei werd het 2e Bataljon, Somerset Light Infantry clandestien via de Khyber Pass aan boord van een konvooi van 37 vrachtwagens gebracht.
Tussen werd een cordon om Peshawar gelegd en werden eisen gesteld aan de bevolking om de leiders van de opstand uit te leveren. Onder dreiging dat de watertoevoer naar de stad zou worden afgesneden, gaven de inwoners gehoor en tegen het ochtendgloren van 8 mei was de situatie in de stad onder controle en nam de dreiging van een opstand af.
In dit stadium waren er meer versterkingen beschikbaar en het garnizoen bij Landi Kotal groeide uit tot brigade-omvang, met de aankomst van de rest van de 1e Infanterie Brigade onder Brigadier G.D. Crocker. Op 9 mei lanceerden de Britse en Indiase troepen een aanval op de Afghanen die de week ervoor Bagh hadden ingenomen. De aanval mislukte echter toen de brigadecommandant besloot zijn troepen op te splitsen en bijna de helft van zijn troepenmacht te ontkoppelen om zijn flank te beschermen en als gevolg daarvan niet in staat was de noodzakelijke krachtsconcentratie te bereiken om al zijn doelen te veroveren. Tegelijkertijd voerden drie BE2c-vliegtuigen van de Royal Air Force een bombardement uit op Dacca in Afghanistan, waarbij ze een groep vijandige stamleden aanvielen.
Vervolgens werden de 2e en 3e infanteriebrigades van de 1e infanteriedivisie vanuit Nowshera en Abbottabad uitgezonden en geconcentreerd in Jamrud en Kacha Garhi. Tegelijkertijd trok de 6de Brigade van de 2de Infanteriedivisie vanuit Rawalpindi naar Peshawar om de onrust daar te helpen bedwingen. Twee dagen later, op 11 mei, werd een tweede aanval op Bagh uitgevoerd door de 1ste en 2de Infanteriebrigades, onder bevel van generaal-majoor Fowler, en deze keer was ze succesvol. De aanval, ondersteund door 22 machinegeweren en 18 artilleriestukken, werd voorafgegaan door een voorbereidend bombardement van dertig minuten voordat ze werd uitgevoerd door het 2de Bataljon, North Staffordshire Regiment en twee bataljons van de 11de Gurkhas, die de Afghaanse stellingen met bajonetten vast bestookten en hen naar de Beneden Khyber dreven, waar ze verder werden blootgesteld aan indirect vuur van bergkanonnen die in een hinderlaag waren opgesteld. Terwijl de Afghanen over de grens werden teruggedrongen, volgde de RAF hen naar de overkant en voerde een aantal bombardementen uit. De nederlaag was totaal en stamleden die anders misschien een tegenaanval zouden doen om de Afghanen te steunen, zagen daarvan af. In plaats daarvan begonnen ze het slagveld te plunderen en de wapens en munitie te verzamelen die de terugtrekkende Afghanen hadden achtergelaten. Tijdens de slag, die later bekend werd als de Tweede Slag om Bagh, vielen 100 doden en 300 gewonden, terwijl de Britse en Indiase troepen acht doden en 31 gewonden leden.
Hoewel Amanullah bleef beweren dat hij geen kwade bedoelingen had, besloot Roos-Keppel dat het verstandig was de opmars voort te zetten en gaf het leger opdracht de Afghanen te achtervolgen tot over de grens. Op 13 mei namen Britse en Indiase troepen zonder tegenstand de controle over de westelijke Khyber over en bezetten Dacca. Het Britse kamp was echter slecht gesitueerd ter verdediging en als gevolg daarvan kwamen zij onder een intens lange-afstands spervuur van Afghaanse artillerie te liggen voordat Amanullah een infanterieaanval op hen lanceerde. Deze aanval werd afgeslagen en de Britten lanceerden de volgende dag een tegenaanval. Ze waren echter niet in staat hun positie te consolideren en als gevolg daarvan duurde het tot 17 mei voordat het gebied was veiliggesteld en de Afghanen zich terugtrokken.
Ondertussen hadden Britse en Indiase troepen de dag ervoor een aanval gelanceerd op ‘Stonehenge Ridge’, waar een Afghaanse troepenmacht van ongeveer 3.000 man zich had gevestigd met een aantal artilleriestukken en machinegeweren. Onder dekking van een inleidend bombardement om de Afghaanse verdediging te verzachten, hadden mannen van de 11de Sikhs de eerste aanval ingezet, maar ze werden gedwongen hun aanval te staken toen ze om 08.00 uur zonder munitie kwamen te zitten, en hoewel er om 10.30 uur een herbevoorrading werd uitgevoerd, duurde het tot 14.00 uur voordat de aanval kon worden hervat. Tegen die tijd waren de troepen blootgesteld aan de hitte van de dag; niettemin vielen de Sikhs, nadat nog een spervuur was afgelast, de Afghaanse linie aan ondanks de hitte en de aanval werd doorgezet naar de top van de heuvelrug. Toen ze de helling bereikten, ontdekten ze dat de Afghanen het slagveld hadden verlaten, met achterlating van het grootste deel van hun uitrusting, artillerie en een aantal standaards. Tijdens de aanval verloren de Britse en Indiase strijdkrachten 22 doden en 157 gewonden, terwijl de Afghaanse verliezen werden geschat op ongeveer 200 doden en 400 gewonden.
Op dat moment sloeg het noodlot echter toe in de Britse achterhoede langs hun verbindingslijn door de Khyber, waar de Khyber Rifles ontevreden werden over de situatie en massaal begonnen te deserteren. Als gevolg hiervan werd besloten het regiment te ontwapenen en te ontbinden in een poging om de verspreiding van soortgelijke gevoelens naar andere regimenten te stoppen. Lord Chelmsford besloot daarop dat de situatie kon worden opgelost door de opmars verder Afghanistan in te zetten en gaf de brigade in Dacca opdracht naar Jalalabad op te rukken, maar deze opdracht kon niet worden uitgevoerd omdat verder naar het zuiden en in de oostelijke Khyber gevechten uitbraken.
Als onderdeel van de aanval op de Khyber waren secundaire aanvallen gepland op Quetta en Kurram, en in het noorden in de deelstaat Chitral en in het zuiden in Baluchistan en de Zhob Vallei. Op 23 mei moesten de Britse posten rond de Kurram Vallei worden verlaten. De volgende dag vielen Handley Page bommenwerpers Kaboel aan; het deed echter weinig om het tij te keren en de bevoorradingssituatie in Landi Kotal verslechterde.
Op 27 mei besloot de Britse commandant in Quetta het Afghaanse fort bij Spin Baldak aan te vallen, het te veroveren (de laatste keer dat het Britse leger een escalade gebruikte) en daarmee het initiatief in het zuiden te grijpen; de situatie in het centrum van het oorlogsgebied, rond Kurram, bleef echter wanhopig voor de Britten. De Afghaanse strijdkrachten in dit gebied stonden onder het bevel van generaal Nadir Khan en hij beschikte over een troepenmacht van ongeveer 14 bataljons. Daartegenover hadden de Britten in Thal, onder Brigadegeneraal Alexander Eustace, slechts vier bataljons. Tot overmaat van ramp waren de enige troepen die de hoger gelegen Tochi-vallei beschermden, de ontevreden Noord-Waziristan milities. Bezorgd dat zij tegen hem in opstand zouden komen als zij aan hun lot werden overgelaten, gaf Eustace het bevel om de buitenposten van de militie te verlaten, maar daarmee joeg hij de desertie van veel van de militieleden in de hand. Deze ontevredenheid verspreidde zich en de Zuid-Waziristan militie in Wana keerde zich tegen hun officieren en de mannen die loyaal waren gebleven en viel hen aan. De overlevenden, onder majoor Russell, de commandant, werden gedwongen zich een weg te vechten naar een colonne van de North Zhob Militia die was uitgestuurd om hen te ontzetten.
Toen Nadir Khan zag dat de situatie voor de Britten verslechterde en hij een kans zag, besloot hij Thal aan te vallen. Omdat de Frontier Constabulary hun posten hadden verlaten, konden de Afghanen in de nacht van 28 op 29 mei een toren op 500 yards (460 m) van het fort bezetten en van daaruit een aantal voedseldumps in brand steken. Hierdoor werd de situatie in het fort nijpend, want de bevoorrading was al slecht. Ook andere factoren werkten in het nadeel van de Britten. Eustace’s troepen waren in de minderheid en in de minderheid. Hij bezat geen reguliere Britse infanterie en zijn vier bataljons waren onervaren Indiaanse eenheden, voornamelijk bestaande uit jonge rekruten. Nadat hij op 29 mei een infanterie-aanval had afgeslagen, werd het garnizoen de volgende dag door Afghaans geschut zwaar gebombardeerd. Als gevolg hiervan besloten de Britten de 16de Infanteriedivisie, bestaande uit de 45ste en 46ste Infanteriebrigades, vanuit Lahore naar Peshawar te brengen, om Jalalabad op te rukken en naar Kurram te laten oprukken. Terwijl een deel van de divisie was gedetacheerd om Kohat te verdedigen, vertrok de 45ste Infanterie Brigade onder Brigadegeneraal Reginald Dyer – die een centrale rol had gespeeld in het bloedbad van Amritsar – om Eustace’s troepen bij Thal af te lossen. Dyer’s strijdmacht bestond uit slechts één Brits bataljon, het 1e/25e London Regiment, alsmede Dogra’s, Punjabis en Gurkha’s, en door gebrek aan rantsoenen en zonder transportmiddelen waren zij gedwongen door de intense hitte te marcheren om de aflossing te bewerkstelligen.
Ondanks de omstandigheden namen de Britse en Indiase troepen onder Dyer’s commando het heft in handen en legden de laatste 18 mijl (29 km) af in minder dan 12 uur. Op 1 juni stuitten ze op een blokkade van stamleden die zowel de noordelijke als de zuidelijke toegang tot Thal versperden. Dyer viel beide uiteinden aan met zijn artillerie, terwijl hij zijn infanterie stuurde tegen de zuidelijke benadering. Omdat zij de aanval niet konden weerstaan, trokken de stamleden zich terug en werd de doorgang naar Eustace’s garnizoen vrijgemaakt. Tijdens het beleg leden de Britten 94 slachtoffers, waarvan acht doden, vier gewonden en 82 gewonden.
De volgende dag, 2 juni, lanceerde Dyer’s brigade bij dageraad een aanval op de Afghaanse geregelde troepen die zich ten westen van Thal bevonden en toen deze aanval begon zond Nadir Khan een gezant uit om een boodschap over te brengen aan de brigadecommandant. Het bericht vertelde Dyer dat Amir Amanullah Nadir Khan had bevolen de vijandelijkheden te staken en Nadir Khan vroeg Dyer te bevestigen dat hij het verzoek om een wapenstilstand zou honoreren dat Amanullah op 31 mei aan de Brits-Indiase regering had gezonden. Dyer wist niet dat dit verzoek was gedaan en wist niet zeker of het bericht en het verzoek om een staakt-het-vuren een list van Nadir Khan was, besloot dat hij geen risico wilde nemen en stuurde het antwoord: “My guns will give an immediate reply, but your letter will be forwarded to the Divisional Commander”.
Daarop zette Dyer zijn aanval voort en toen Nadir Khan’s troepenmacht zich uit het gebied terugtrok, volgde Dyer hen op met cavalerie en pantserwagens van de 37th Lancers, terwijl de RAF met machinegeweren en ijzeren bommen ongeveer 400 stamleden die zich in het gebied bevonden en een dreiging vormden voor een tegenaanval, aanviel en uiteenjaagde.
Op 3 juni werd het Afghaanse kamp bij Yusef Khel in beslag genomen door twee pelotons van het 1st/25th London en twee troepen van het 37th Lancers ondersteund door een sectie kanonnen van de 89th Battery, en kort daarna werd de wapenstilstand getekend. Hiermee werd een staakt-het-vuren van kracht, maar er werd nog steeds gevochten, vooral in Chitral en in Noord-Baluchistan, en pas op 8 augustus 1919 werd de regeling definitief gesloten met de ondertekening van het Verdrag van Rawalpindi.
