Op 16-jarige leeftijd stopte hij met school en ging, door te liegen over zijn leeftijd, bij de luchtmacht. Zijn aanleg voor het verzinnen van bizarre verhalen en het opvoeren ervan in verschillende dialecten bracht sommige leden van zijn compagnie tot de conclusie dat hij aan het “flippen” was. Al snel noemde iedereen hem Flip. Zijn commandant, een blanke, zuidelijke majoor, haalde hem over om weer te gaan studeren en typecursussen te gaan volgen, en hij begon wat van zijn komedie materiaal uit te schrijven. Tegen de tijd dat hij in 1954 werd ontslagen, had hij besloten om te proberen de kost te verdienen als komiek.
In een hotel in San Francisco waar hij werkte als piccolo, vroeg hij de manager of hij een komedie sketch mocht uitproberen tussen de dansacts in de nachtclub van het hotel. Na de eerste avond trad hij regelmatig op.
De volgende acht jaar werkte Mr. Wilson zich een weg door het land, trad op in zwarte clubs en theaters waar hij zijn vaardigheden aanscherpte en onderbrekers het zwijgen oplegde met zinnen als, ”Weet je, als wij het overnemen, moeten we sommigen van ons ook doden.” Tegen het midden van de jaren zestig was hij in New York aangekomen, waar hij vaak optrad als komiek en ceremoniemeester in het Apollo Theater in Harlem. Zijn grote doorbraak kwam in 1965, toen Johnny Carson aan Redd Foxx vroeg wie de grappigste komiek was die er was. Flip Wilson’, antwoordde Foxx zonder aarzelen.
Carson boekte Wilson onmiddellijk in The Tonight Show, waar hij een succes werd en regelmatig werd uitgenodigd. Deze optredens leidden tot boekingen bij Rowan en Martin’s Laugh-In (iedereen mocht de Wilson voordracht van “Heah kom de rechter!” imiteren), “The Ed Sullivan Show,” en de Mike Douglas en Merv Griffin shows, evenals nachtclub engagementen in New York’s Bitter End, Village Gate, Rainbow Grill en Latin Quarter, en San Francisco’s hungry i. Wilson kreeg een televisiespecial in 1968 en zijn eigen variété show in 1970. Tegen 1972 was zijn inkomen gestegen tot meer dan een miljoen dollar per jaar.
Hoewel hij bekendheid verwierf in een tijd dat de natie werd geteisterd door raciale spanningen, stadsrellen en een roep om zwarte macht, bleef hij zich richten op de lichtere kant van de komedie. Wat Flip Wilson heeft bereikt is bijna ongelooflijk in een tijd van Black Panthers en woeste retoriek”, schreef criticus John Leonard in het tijdschrift Life. Hij heeft de dreiging uit het feit van zwartheid gehaald.”
Terwijl andere critici hem prezen voor humor die ”zonder een greintje raciale rancune was,” bekritiseerden anderen hem voor het ”onschadelijk maken van zijn zwartheid.”
