Zuhlsdorf is geboren in Minneapolis, Minnesota, in 1959. Als jongeman studeerde hij aan de Universiteit van Minnesota. Hij was lutheraan, maar zegt dat zijn bekering tot het katholicisme in gang werd gezet na het horen van een stukje gewijde polyfonie op de radio. Op 26 mei 1991 werd hij in Rome tot priester gewijd door paus Johannes Paulus II.
Na de wijding bezocht pater Zuhlsdorf het Patristisch Instituut Augustinianum, dat hem een Licentiaat in de Heilige Theologie verleende.
Later werd Zuhlsdorf wekelijks columnist voor de traditionalistische krant The Wanderer, en was hij te zien op EWTN en Fox News Channel. Sinds 2011 schrijft hij een wekelijkse column voor de Catholic Herald in het Verenigd Koninkrijk. Hij is het meest bekend om zijn blog Fr. Z’s Blog (voorheen genaamd: What Does the Prayer Really Say?), waarin hij commentaar geeft op katholieke traditie en actuele kerkelijke gebeurtenissen, pleit voor eerbiedige viering van beide geautoriseerde vormen van de Romeinse ritusliturgie van de Mis, de post-Vatican II vorm en de Tridentijnse vorm uit 1962, en voor de groei van het sacrament van Penitentie. “The Staggers”, de blog van het Britse tijdschrift New Statesman, vermeldde de site van Zuhlsdorf als een van de top tien christelijke blogs in de wereld.
In september 2017, nadat Zuhlsdorf een post schreef met de titel “Should a seminary headline a homosexualist activist as a speaker?” over een aanstaande lezing door pater James Martin, SJ aan Theological College, een seminarie gevestigd aan maar onafhankelijk van de Catholic University of America. Martin werd het onderwerp van online kritiek. Twee dagen na de publicatie van het bericht trok Theological College de uitnodiging van Martin in. De Katholieke Universiteit van Amerika gaf een verklaring uit waarin het besluit om te annuleren werd ontkend.
In januari 2021 raakte Zuhlsdorf betrokken bij een publiek geschil over zijn uitvoering van een live-streamed exorcisme tegen deelnemers aan de telling van de stemmen van het kiescollege in de Verenigde Staten in 2021. Hij zei dat hij toestemming had gekregen van zijn plaatselijke ordinaris, bisschop Donald J. Hying, de bisschop van het bisdom Madison, om het exorcisme uit te voeren voor zover het betrekking had op de verkiezingen. Hying betwistte deze verklaring echter en zei dat hij toestemming had gegeven aan Zuhlsdorf om het exorcisme te bidden tegen de COVID-19 pandemie, en niet voor politieke activiteiten.
Zuhlsdorf is voorzitter van de Tridentijnse Misvereniging van Madison, Wisconsin.
Op 16 januari 2021 kondigde het Bisdom van Madison aan dat Zuhlsdorf tot een wederzijds besluit was gekomen met Hying om zijn ambt daar te verlaten, en te verhuizen naar een niet nader genoemde nieuwe locatie. Hij blijft in goede canonieke staat, en is van plan zijn blog te blijven schrijven. Volgens het canonieke recht zal hij van een andere bisschop een machtiging moeten krijgen voordat hij in zijn rechtsgebied kan gaan dienen.
