W swojej pracy Mayr odnosi różne podejścia do koncepcji gatunku do filozoficznego rozróżnienia między esencjalizmem i nominalizmem. Kojarzy on esencjalizm z poglądem, że pojęcie gatunku odnosi się do uniwersum lub typu. Ten pogląd na odniesienie pojęcia prowadzi do Typologicznego Pojęcia Gatunku, które prześledził od Linneusza do Platona i Arystotelesa, i które, jak twierdzi, „jest obecnie powszechnie porzucone” (1976 516). Warto zauważyć, że poważne wątpliwości budzi zarówno historyczna, jak i filozoficzna wiarygodność „typologicznej koncepcji gatunków” Mayra (zob. np. Lennox, 1987; repr. w Lennox 2001b; Winsor 2001, 2006; Walsh 2006; Wilkins 2009). Na przeciwległym biegunie znajduje się nominalizm, który łączy pogląd, że tylko jednostki istnieją w naturze, a gatunki są pojęciami wymyślonymi w celu zgrupowania tych jednostek w jedną całość.
Mayr twierdzi, że jego Biologiczna Koncepcja Gatunków (BSC) stanowi postęp w stosunku do obu tych koncepcji; poszczególni członkowie gatunków są ze sobą obiektywnie powiązani nie przez wspólną relację z typem, ale przez przyczynowe i historyczne związki ze sobą. Można go zatem rozumieć jako zwolennika nowego, obiektywnego sposobu rozumienia podstaw teologicznych grupowania jednostek w gatunki. Ten nowy sposób grupowania podkreśla historyczne, genetyczne i różnoekologiczne związki między jednostkami jako podstawy określania przynależności gatunkowej. Twierdzi on, że jest to bardziej wiarygodne i obiektywne niż podobieństwo cech fenotypowych. To nadaje sens znaczeniu, jakie on ostatecznie kładzie na fakt, że BSC definiuje gatunki relacyjnie:
…species are relationally defined. Słowo speciescorresponds bardzo blisko do innych terminów relacyjnych, takich jak, na przykład, słowo brat. … Bycie innym gatunkiem nie jest kwestią stopnia różnicy, ale relacyjnej odrębności.(Mayr 1976, 518)
Mayr ma na myśli to, że bracia mogą, ale nie muszą wyglądać tak samo; pytanie o to, czy dwie osoby są braćmi, jest określane przez ich historyczne i genetyczne powiązania ze wspólnym przodkiem. Zauważmy jednak, że jest to twierdzenie o tym, które cechy, spośród wielu, które posiadają, powinny być brane pod uwagę najbardziej poważnie przy określaniu możliwości zastosowania do nich pojęcia „brata”. To znaczy, jest to obrona pewnego rodzaju esencjalizmu.
Liczba krytyków zwróciła uwagę, że esencjalizm nie musi być przywiązany do „typów” rozumianych jako universalia inre; a na pewnych kontach esencji każdy takson gatunkowy, który spełnia standardy BSC, czyni to na mocy pewnych istotnych (choć relacyjnych i historycznych) własności. Na jednym z krańców Michael Ghiselin i David Hull argumentowali, że ta przyczynowo-historyczna struktura gatunków daje podstawy, przynajmniej w obrębie biologii ewolucyjnej, do uznania gatunków za jednostki. Organizmy nie są członkami klasy czy zbioru, lecz „częściami” jednostki afilogenetycznej. Przyjmując zupełnie inne stanowisko, Denis Walsh argumentował ostatnio, że pewna forma „ewolucyjnego esencjalizmu”, która wykazuje uderzające podobieństwo do esencjalizmu w pracach zoologicznych Arystotelesa, jest implicite obecna w pracach wielu teoretyków ewolucyjnego rozwoju (Walsh, 2006).
Krytyczną kwestią w tej debacie na temat koncepcji gatunku najbardziej odpowiedniej dla darwinizmu jest zakres, w jakim proces biologicznej klasyfikacji – taksonomii – powinien być kształtowany przez postępy w teorii biologicznej. Poza już omówionymi, umiarkowany pluralizm Roberta Brandona i Brenta Mischlera lub bardziej radykalny pluralizm Philipa Kitchera, argumentuje, że różne cele wyjaśniające w naukach biologicznych będą wymagały różnych kryteriów dla określenia, czy dana grupa stanowi gatunek. Z drugiej strony, kladyści stosują ściśle określone testy filogenetyczne, aby określić rangę gatunku (zob. Rheins 2011).
Podobnie jak w przypadku wielu innych tematów, które definiują historię darwinizmu, nie ma jednoznacznego stanowiska w tej kwestii, które można by określić jako „darwinowskie” lub „neodarwinowskie”. W niedawno opublikowanym zbiorze prac broniących większości obecnie proponowanych alternatyw (Ereshefsky1992) podejrzewam, że praktycznie każdy autor w tym zbiorze określiłby się jako darwinista. Może to wynikać z faktu, że tak różne, jak się różnią, liczne stanowiska, których się obecnie broni, mają swoje korzenie w teorii i praktyce samego Darwina (zob. Beatty 1985; przedrukowany w Ereshefsky 1992).
