W większości grup, po udanym zbliżeniu się samca do samicy i dosiadaniu jej, wkłada on lewy pedipalp do lewego otworu jej genitaliów, a prawy pedipalp do prawego otworu. U niektórych prymitywnych pająków (np. haplogynes, mygalomorphs) i kilku innych samiec wkłada oba pedipalpy jednocześnie do szczeliny genitalnej samicy.
Struktura genitalna samicy, czyli epigynum, to utwardzona płytka na spodniej stronie odwłoka przed gonoporem. Po przeniesieniu plemników do epigynum, przechodzą one do naczyń (spermathecae), które łączą się z jajowodami. Jaja są zapładniane, gdy przechodzą przez jajowody i wydostają się przez gonopory.
Siła, która powoduje wstrzyknięcie spermy z pedipalp samca do receptora samicy nie została ustalona z całą pewnością, ale może obejmować zwiększone ciśnienie krwi rozszerzające miękką tkankę naczyniową (hematodocha) pomiędzy twardymi płytkami pedipalp. Powoduje to, że bulwiasta struktura zawierająca przewód skręca się i zahacza o napletek samicy i wstrzykuje plemniki tak, jakby były wyciskane ze strzykawki.
Rozród może wymagać tylko sekund u niektórych gatunków, ale godzin u innych. Niektóre samce ładują swoje pedipalpy i kopulują ponownie z tą samą samicą. Po kopulacji samce niektórych gatunków pokrywają nasieniowody wydzieliną, zwaną korkiem nasiennym, która uniemożliwia samicy kopulację po raz drugi. Samce pająków giną zwykle wkrótce po, a nawet w trakcie godów. Samica jednego z europejskich gatunków tkacza obłego wgryza się w odwłok samca i trzyma się go podczas godów. Niektóre samice zjadają samca po kopulacji, ale nie jest to częsta praktyka. Samiec czarnej wdowy (rodzaj Latrodectus), na przykład, zwykle umiera kilka dni po kopulacji, chociaż czasami jest tak słaby po kopulacji, że zostaje schwytany i zjedzony przez samicę. Uważa się, że samce pająków Nephilengys malabarensis z Azji Południowo-Wschodniej i południowo-zachodniego Pacyfiku unikają kanibalizmu seksualnego dzięki zdalnej kopulacji, w której narząd kopulacyjny samca odrywa się podczas godów i pozostaje w samicy, umożliwiając długotrwały transfer spermy. Samice niektórych gatunków kopulują tylko raz, podczas gdy inne kopulują kilka razy z tym samym samcem lub z kilkoma różnymi samcami. Długowieczne samice pająków mygalomorficznych muszą kopulować wielokrotnie, ponieważ raz lub dwa razy w roku zrzucają skórę, w tym wyściółkę spermathecae.
