好気性呼吸と発酵は、細胞にエネルギーを供給するために使われる2つの過程です。 好気性呼吸では、酸素の存在下で、二酸化炭素、水、およびアデノシン三リン酸（ATP）の形のエネルギーが生成される。 発酵は、酸素がない状態でエネルギーが産生される過程である。 それぞれのプロセスの生成物は、乳酸発酵かアルコール発酵かによって、乳酸とニコチンイミド・アデニンジヌクレオチドか、エタノールと二酸化炭素とニコチンイミド・アデニンジヌクレオチド（NAD+）のいずれかになる。 発酵は、大気中に酸素ができる以前に生きていた原始的な生物に多く見られる。 好気性呼吸と発酵は、解糖の後に起こること、最終的に細胞にエネルギーが取り込まれることなど、多くの共通点があるが、両者には特有の違いがある。 好気性呼吸と発酵の区別は、これらのプロセスを行う生物、プロセスが起こる条件、反応の順序、反応の生成物を理解することで容易にできるようになる
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