Informations de laboratoire
Un LIMS est un outil de gestion des « informations de laboratoire ». L’objectif principal d’un système LIMS est de capturer toutes sortes de données scientifiques produites ou utilisées par un laboratoire. La plupart des laboratoires doivent gérer trois catégories de données : l’inventaire, les échantillons et les résultats des tests. Certains laboratoires qui travaillent avec des animaux ou des plantes ont des besoins spécifiques en matière de gestion des données.
Gestion des stocks
Une mauvaise gestion des fournitures de laboratoire peut être une erreur coûteuse. Ne pas avoir suffisamment de fournitures sous la main peut retarder les expériences. Commander plus que les fournitures nécessaires entraîne des dépenses inutiles car il faut jeter les fournitures dont la durée de conservation est limitée. Commander les mauvaises fournitures peut entraîner des problèmes de reproductibilité.
La gestion des stocks est donc un élément clé d’un système LIMS. Il doit fournir aux membres du laboratoire une liste de fournitures standard, garder la trace des quantités disponibles de fournitures dans le laboratoire ainsi que leur date d’expiration. Enfin, il devrait faciliter la commande de fournitures et garder la trace du processus d’approvisionnement en fournitures.
Le suivi des échantillons
Une autre fonction importante des systèmes d’information de laboratoire (SIL) est de garder la trace des échantillons. Le suivi des échantillons signifie connaître le contenu et l’emplacement de chaque tube à essai et autres récipients dans le laboratoire. Cela peut être une tâche décourageante, car même un laboratoire de taille moyenne peut traiter des milliers d’échantillons par mois.
Un système robuste de suivi des échantillons repose sur deux éléments : la définition des types d’échantillons et une solution solide d’étiquetage des échantillons.
Définir différents types d’échantillons permet de préciser quelles données doivent être associées aux échantillons pour décrire correctement l’échantillon. Il faut s’attendre à ce que différents laboratoires définissent des types d’échantillons en fonction du type d’expériences qu’ils réalisent.
Un système robuste d’étiquetage des échantillons permet d’imprimer facilement des étiquettes qui peuvent être apposées sur tout type d’échantillon utilisé dans le laboratoire. Au minimum, les étiquettes doivent comporter un nom d’échantillon imprimé en clair et un code-barres 1D ou 2D (également appelé DataMatrix) codant un identifiant unique. Le personnel du laboratoire doit pouvoir scanner le code-barres et récupérer la description détaillée de l’échantillon dans le système d’information du laboratoire.
De nombreux laboratoires travaillent avec des animaux de laboratoire. D’autres travaillent avec des plantes. Bien que ces « objets » ne soient généralement pas considérés comme des « échantillons », ils pourraient l’être lorsque le LIMS est suffisamment souple pour permettre la définition d’une large gamme de types d’échantillons. Cependant, les animaux de laboratoire nécessitent des solutions d’identification spécifiques.
Lieux de stockage
Pour gérer les échantillons, il faut associer les échantillons à des lieux afin que le personnel de laboratoire sache où les trouver. Un système d’information de laboratoire doit permettre aux responsables de laboratoire de définir les lieux de stockage. Au minimum, cela devrait inclure les congélateurs de laboratoire, car ils ont tendance à avoir des structures complexes impliquant de multiples couches allant des compartiments, des étagères, des tiroirs, des boîtes, et jusqu’aux cellules permettant le stockage d’un seul tube.
Enfin, le système de gestion du stockage doit être suffisamment souple pour permettre aux utilisateurs de définir d’autres lieux de stockage. Tout endroit pouvant contenir un échantillon de façon permanente ou temporaire devrait être inclus dans le modèle de stockage. Cela inclut les réfrigérateurs, les chambres froides, les incubateurs, les étagères dans les armoires, et même les bancs.
Résultats des tests
Enfin, l’une des principales fonctions d’un système d’information de laboratoire est d’associer les résultats des tests aux échantillons. Lorsque le résultat d’un test est un point de données simple comme une concentration, il est possible d’enregistrer directement le résultat du test dans le dossier de l’échantillon. Cependant, il est de plus en plus fréquent que les résultats de tests se présentent initialement sous la forme de grands ensembles de données collectées sur un seul échantillon ou sur un lot d’échantillons. Une expérience de microscopie produisant une série d’images ou un film est un exemple d’ensemble de données associé à un seul échantillon. Les résultats d’une expérience de séquençage sont susceptibles d’inclure des données brutes provenant de plusieurs échantillons. Dans ces situations, le LIMS doit assurer l’intégrité des données grâce aux relations entre les échantillons, les ensembles de données brutes et les données traitées.
