Le changement de pli (FC) est une mesure décrivant le degré de changement de quantité entre la valeur finale et la valeur originale. Par exemple, pour un ensemble de données avec une valeur originale de 20 et une valeur finale de 80, le changement de pli correspondant est de 3, ou en termes courants, une multiplication par trois. Le changement de plis est calculé simplement comme le rapport des changements entre la valeur finale et la valeur originale sur la valeur initiale. Ainsi, si la valeur initiale est X et la valeur finale est Y, le changement de pli est (Y – X)/X ou de manière équivalente Y/X – 1. Comme autre exemple, un changement de 60 à 30 serait un changement de pli de -0,5, tandis qu’un changement de 30 à 60 serait un changement de pli de 1 (un changement de 2 fois l’original).
Cependant, une confusion et une ambiguïté peuvent découler de cette utilisation. Par exemple, bien que 2 fold soit 200%, ou 2x, une augmentation de 2 fois, est, comme indiqué ci-dessus, comprise par certains comme signifiant une augmentation de 300% comme dans « 90 est 2 fois plus grand que 30. » Pourtant, plusieurs dictionnaires, dont l’Oxford English Dictionary et le Merriam-Webster Dictionary, ainsi que le Collins’s Dictionary of Mathematics, définissent « -fold » comme signifiant « fois », comme dans « 3-fold » = « 4 fois ». Probablement en raison de cette définition, de nombreux chercheurs utilisent les termes « fold » et « fold change » comme synonymes de « times », comme dans « 2-fold larger » = « 2 fois plus grand ». Certains experts dans ce domaine persistent à utiliser le terme « fold change » comme dans « 40 est 1 fois plus grand que 20 ». Par conséquent, on pourrait soutenir que l’utilisation du changement de pli, comme dans « X est 3 fois plus grand que 15 » devrait être complètement évitée, car certains l’interpréteront comme signifiant que X est 45 alors que d’autres comprendront que cela signifie que A est 60.
La méthode du changement de pli est souvent utilisée dans l’analyse des données d’expression génique en transcriptomique, protéomique et métabolomique, pour mesurer les changements dans différentes conditions. L’avantage évident de l’analyse des changements de plis est qu’elle a du sens pour les biologistes. Un inconvénient et un risque grave de l’utilisation de la méthode de changement de pli dans ce cadre est qu’elle est biaisée et peut manquer des gènes exprimés de manière différentielle avec de grandes différences (Y-X) mais de petits rapports (X/Y), ce qui conduit à un taux d’échec élevé à des intensités élevées.
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