Fold Change (FC) とは、最終値と元の値の間の量の変化の度合いを表す尺度です。 たとえば、元の値が 20 で最終値が 80 のデータセットでは、対応するフォールドチェンジは 3、つまり一般的な用語で言えば 3 倍の増加ということになります。 Fold Changeは、単純に初期値に対する最終値とオリジナル値の変化の比率として計算されます。 例えば、60から30への変化は-0.5倍、30から60への変化は1倍（元の値の2倍の変化）となります。
しかし、この使い方によって混乱やあいまいさが生じることがあります。 たとえば、2 倍は 200%、または 2 倍ですが、前述のように、2 倍の増加は、”90 は 30 の 2 倍” のように 300% の増加を意味すると理解されている人もいます。 しかし、Oxford English DictionaryやMerriam-Webster Dictionary、Collins’s Dictionary of Mathematicsなどいくつかの辞書では、「3-fold」＝ “4 times” のように「-fold」を「倍」の意味で定義しています。 この定義のためか、多くの研究者は「2-fold larger」＝「2倍大きい」のように、「fold」と「fold change」の両方を「倍」と同義に使っています。 この分野の専門家の中には、”40 is 1-fold greater than 20 “のようにfold changeを使用する人もいます。 そのため、「X is 3-fold greater than 15」のようなfold changeの使用は、Xが45であると解釈する人もいれば、Aが60であると解釈する人もいるので、完全に避けるべきであるという意見もあります。 フォールドチェンジ解析の明らかな利点は、生物学者にとって理にかなっているということである。 この設定でfold change法を使用するデメリットと深刻なリスクは、バイアスであり、大きな差（Y-X）であるが小さな比率（X/Y）で差次的に発現した遺伝子を見逃す可能性があり、高い強度で高いミス率につながる。
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